minimap2参数设置+解释【全网最详细】

Indexing

-H:      使用同源聚合的k-mer(适用于PacBio数据)
-k INT:  k-mer的大小(不超过28)【默认值:15】
-W INT:  minimizer窗口大小【默认值:10】
-I NUM:  每个~NUM输入碱基分割索引【默认值:4G】
-d FILE: 将索引转储到文件中

Mapping:

-f FLOAT: 过滤掉顶部FLOAT比例的重复minimizer 【默认值:0.00027】
-g NUM:如果在INT-bp内没有minimizer，则停止链条延伸【默认值:5000】
-G NUM:最大内含子长度(在-xsplice模式下有效;更改-r)【默认值:200k】
-F NUM: 最大片段长度(在-xsr模式下有效或片段模式中)【默认值:800】
-r NUM[,NUM]: 链接/比对带宽和长连接带宽【默认值:500,20000】
-n INT:在链条上的最小minimizer数量【默认值:3】
-m INT: 最小链接分数(匹配碱基减去对数缺口惩罚)【默认值:40】
-X: 跳过自身和双重比对(用于全对全模式)
-p FLOAT: 次要比对分数与主要比对分数的最小比例[默认值:0.8]
-N INT: 最多保留INT个次要比对【默认值:5】

Alignment:

-A INT: 匹配得分【默认值:2】
-B INT:不匹配的惩罚【默认值:4】
-O INT[,INT]: 缺口开启惩罚【默认值:4,24】
-E INT[,INT]:缺口扩展惩罚;k个长缺口的成本是min{01+kE1,02+kE2}【默认值:2,1】
-z INT[,INT]:Z-drop得分和反转Z-drop得分【默认值:400,200】
-S INT: 最小峰值DP比对得分【默认值:80】
-u CHAR:如何找到GT-AG。f:转录本链，b:两条链，n:不匹配GT-AG【默认值:n】

Input/0utput:

-a:以SAM格式输出【默认为PAF】
-0 FILE:将比对结果输出到FILE中【默认值:stdout】
-L:在CG标签中写入具有>65535个操作的CIGAR
-R STR:SAM读组行，格式如'@RG\tID:foo\tSM:bar'
-c:在PAF中输出CIGAR
--cs[-STR]:输出cs标签;STR为'short'(如果省略)或'long'【默认值:none】
--MD:输出MD标签
--eqx:写入=/X CIGAR操作符-Y:对于补充比对，使用软剪辑
-t INT: 线程数【默认值:3】
-K NUM:映射的迷你批次大小 【默认值:500M】
--version:显示版本号

Preset:

-x STR:预设选项(总是在其他选项之前应用;详见minimap2.1)
        -map-pb/map-ont:PacBio CLR/Nanoporevs 参考基因组比对
        -map-hifi: PacBio HiFi reads vs 参考基因组比对
        -ava-pb/ava-ont:PacBio/Nanopore读取重叠
        -asm5/asm10/asm20:asm-to-ref比对，适用于约0.1/1/5%的序列差异
        -splice/splice:hg:.长读取/Pacbio-CcS剪接比对
        -sr:基因组短读比对