Modeller建模初学
文章平均质量分 88
三份鱼香茄子
不做建模对接工作了,软件没有啃下去的动力,文章就不更了~
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Modeller建模(二)-多模版、loop优化、配体
此篇对应官网教程第二个实例:advanced-example.zip,共三个大部分:多模版建模、loop优化、基于配体的优化。搜模版、选模版步骤与单模板建模相似,这里不再赘述——2mdh、1bdm、1b8p最合适。多模板建模的好处是有多个同源蛋白序列,在同源性的基础上,通过对比多样性的序列结构可以发现相对更保守的区域,在模版对齐这一步有较大贡献。1. 多模版建模1.1 模版间的对齐(salign.py)没啥可以说的,如果做别的项目,换掉输入...原创 2021-11-12 13:06:36 · 2910 阅读 · 2 评论 -
Modeller-单模板建模(basic-example实例)
本文对应第一个实例:basic_example.zip,分为七部分。七个部分即运行七个脚本,需要安装python后,在cmd命令行下运行。所有文件应该放在同一个文件夹中。我的在d盘demo文件夹中。运行“cmd”(或者打开modeller程序)输入“d:”回车输入“cd demo”回车(你得告诉程序脚本要处理的文件在哪儿放着,把运行目录设置好了)一、搜模版(build_profile.py脚本)蓝框里的文件名都可以改成自己的,当然,不改肯定不会出错。...原创 2021-09-25 16:17:11 · 1564 阅读 · 0 评论