Modeller建模（二）-多模版、loop优化、配体

        此篇对应官网教程第二个实例：advanced-example.zip，共三个大部分：多模版建模、loop优化、基于配体的优化。搜模版、选模版步骤与单模板建模相似，这里不再赘述——2mdh、1bdm、1b8p最合适。

        多模板建模的好处是有多个同源蛋白序列，在同源性的基础上，通过对比多样性的序列结构可以发现相对更保守的区域，在模版对齐这一步有较大贡献。

1. 多模版建模

1.1 模版间的对齐（salign.py）

        没啥可以说的，如果做别的项目，换掉输入的蛋白名跟链编号就行了，输出文件名大可不必改。

        此时需要注意一点：如果做别的项目时，需要对齐模版间的多条链（即需要对多条链建模）则需要通过以下代码实现（我为了解释，在原来文件上改的，现实中这三个蛋白可能没有四条链）：

 

 ABCD：分别对应四条链

chain[0]跟chain[-1]：chain是一个字符串参数，[0]表示这个字符串的第一个字符，即“A”，[-1]表示这个字符串的最后一个字符,即“D”。整行代码就是在说：只要模板中从A链起，到D链结束的部分。

1.2 把序列对齐模版（align2d_mult.py）

        没啥可说的，运行就是了。

        初学者不必关心的一条： “gap_function=ture”这个参数注释是：使用结构相关的缺口惩罚函数，对于salign这一步很重要，要得到一个更理想的