library(gwasglue) # 加载gwasglue包
library(dplyr) # 加载dplyr包 l
ibrary(gassocplot) # 加载gassocplot包
library(coloc) # 加载coloc包
library(geni.plots) # 加载geni.plots包
# 设置变量 eqtlID <- "eqtl-a-ENSG00000163600" # 暴露数据ID
outcomeID <- "ukb-b-17796" # 结局数据ID
geneChr <- 2 # 基因所在的染色体(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene)
geneStart <- 204801486 # 染色体起始位置
geneEnd <- 204826300 # 染色体终止位置
# 设置工作目录 setwd("/Users/Desktop/药物靶点") # 设置当前工作目录
# 获取共定位区域
chrpos <- paste0(geneChr, ":", geneStart - 50000, "-", geneEnd + 50000) # 生成共定位区域的字符串
# 提取共定位数据
out <- ieugwasr_to_coloc(id1 = eqtlID, id2 = outcomeID, chrompos = chrpos) # 从IEU GWAS数据库提取共定位数据
# 共定位分析,看这里的后验值,H4需要大于0.8
result <- coloc::coloc.abf(out[[1]], out[[2]]) # 进行共定位ABF分析
print(result) # 打印分析结果 --------------------------
上面的代码之前还可以跑的,现在一跑就出现下面的错误
Error: object 'rsid' not found