《网络科学引论》 第五章 生物网络 学习笔记

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前言

本章重点讨论各种与生物相关的网络，主要包括生物化学网络、神经网络和生态网络等。

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一、生物化学网络

1.新陈代谢网络

新陈代谢是一个化学过程，通过这个过程，细胞将食物或养分分解成容易利用的基本成分，即所谓的分解代谢，然后将这些基本成分重组成细胞完成其他任务所需的生物分子，即合成代谢。新陈代谢过程中的分解和重组涉及链或路径，也就是一系列化学反应，这些反应经过一系列步骤将初始输入物质转化成有用的最终产物。所有路径中全部反应过程的集合构成新陈代谢网络。

新陈代谢网络中的顶点是化学反应中产生和消耗的化学物质（代谢物）。
新陈代谢网络的最好表示方法是二分网络。二分网络具有两种不同类型的顶点，而边仅在不同类型的顶点间连接。

例如，在社会隶属网络中，顶点分别代表人和隶属的团体。
在新陈代谢网络中，顶点分别代表代谢物和新陈代谢网络，网络的边将代谢物与其参与的反应连接在一起。事实上，新陈代谢网络是一个有向二分网络。

下图是书中给出的相关参考图

其中（a）图是一个有向二分网络，由于二分网络无法将酶表示出来，所以引出（b）图，设立第三类顶点表示酶。（b）图是一个三分网络，其中部分网络是有向的，而部分网络是无向的。

新陈代谢研究中常用的方法：

1. 将网络投影到一组顶点上，这组顶点代表代谢物或反应。这种方法中，网络中的顶点表示代谢物，对于参与了同一个反映的代谢物，都有一条无向边将它们连接到一起，不管是代谢物是基质还是生成物。
2. 由代表代谢物的单一类型顶点和有向边组成的有向网络，如果有两种代谢物出现在同一个反应中，则有一条有向边由一种代谢物指向另一种代谢物，其中第一种代谢物代表反应中的基质，而第二种代表生成物。

2.蛋白质交互网络

所有蛋白质之间交互作用的集合构成了蛋白质交互网络。其中的顶点是蛋白质，如果两个蛋白质有交互作用，它们之间则由一条无向边连接。如果交互作用涉及3种或3种以上的蛋白质，那么可以用多条边来表示这种关系，但是，通过网络本身无法辨别出这些边都表示同一个交互作用的不同方面。

探测蛋白质之间的交互作用最可靠的方法是免疫共沉淀。该方法将抗体附着在合适的固体表面，并将其与样本中的一种已知蛋白结合。

3.基因控制网络

转录因子作为蛋白质，其本身也是由基因转录产生的。所以，由特定基因编码的蛋白质可以充当转录因子，促进一种或多种蛋白质的生成，而这些蛋白质自身也能够作为转录因子，作用于更多蛋白质，依此类推，这样一整套反应便构成了一个基因控制网络。该网络的顶点是蛋白质， 简单的说，是为这些蛋白质指定遗传密码的基因。若基因 A 与 B 之间存在一条有向边，则表示 A 控制 B 的表达。这种网络还有一种更为复杂的表示方式，即利用两种不同类型的边，将起促进作用的转录因子和起抑制作用的转录因子区分开来。

二、神经网络

大脑的一项主要功能是处理信息，而主要的信息处理单元是神经元。神经元是一种具有特殊功能的大脑细胞，它通常结合多种输入来生成一种输出。根据动物种类的不同，整个大脑可能含有从少量到超过千亿的神经元，这些神经元连接在一起，一个输出为另一个提供输入，以此形成神经网络，依靠该网络，大脑能够进行性能卓越的计算及判断。

下图为书中提供的参考图，展现了一个典型神经元草图。

三、生态网络

1.食物网

食物网是一个有向网络，表示在一个给定的网络中哪一个物种捕食其他哪些物种，网络中的顶点对应物种，有向边对应捕食者-被捕食者的交互作用。

下图为书中提供的南极洲物种的食物网参考图

注意事项

1. 并非所有的顶点都表示一个单一的物种。例如一些顶点确实代表单一物种，如表示鲸和人类的顶点，但也有一些顶点代表多个物种的集合，如鸟类或鱼类。
2. 应注意网络中边的方向。一般人可能会认为边应该由捕食者指向被捕食者，但生物学家通常却习惯以相反的方向来规定边的指向，即从被捕食者指向捕食者。如果描述鸟吃鱼的关系，就从鱼的顶点指向鸟的顶点。生物学家做出这样的规定是因为他们将食物网看成生态系统中能量流动的表示。从鱼指向鸟的箭头，表示鸟的群体从鱼的群体中获得了能量。

食物网的两种基本类型

1. 全局食物网是指整个生态系统的完整食物网。如上图所示。这种网络至少从理论上表示了生态系统中所有的捕食者-被捕食者交互作用。
2. 源食物网和下沉食物网，是完整食物网的子网，主要描述生态系统中与特定的捕食者或被捕食者具有直接或间接关系的物种。

2.其他类型的生态网络

1. 宿主-寄生物网络

宿主-寄生物网络是一种描述生物体间寄生关系的网络，描述诸如一个大型动物及那些寄生于其体上或体内的昆虫或微生物的关系。从一定意义上讲，寄生关系类似于捕食方式，即一种生物以另一种生物为食，但实际上寄生关系与传统的捕食-被捕食交互作用有着很大区别。例如，寄生物比其宿主动物体型小得多，但是捕食者却比被捕食者体型大，另外寄生物能够依赖宿主生存很长时间，有时甚至是无限长时 间，而不会将宿主杀死，但是捕食行为通常会导致被捕食者的死亡。

2. 互利共生网络

互利共生网络是指物种间具有互利共生交互作用的网络。