Materials Studio学习笔记（五）——溶液建模

1 溶液建模

本文学习笔记是参考B站UP主月只蓝的视频内容。

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月只蓝的视频内容较为基础，适合初学者入门。

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1.1 物质的分类

（1）固态物质

晶态：各种晶体物质。

非晶态：橡胶、塑料、纤维素、煤和沥青等。

（2）液态

液态物质只包含一种物质：纯液体。

多种物质混合成一个均一稳定相：溶液。

多种物质混合成多个相：乳液、悬浊液。

（3）气态

只包含一种物质：纯气体。

多种物质混合：空气、合成气。

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对于晶体物质来说，使用晶体晶胞模型，而对于其他物质，使用无定型晶胞模型。

构建溶液模型的基本步骤

1. 画出溶液中各组分的分子、离子模型，并设置好力场和电荷。
2. 获取溶液的密度、浓度信息，计算出溶液中各组分的摩尔比。
3. 使用AC模块建模。

1.2 使用Materials Studio软件构建溶液模型

例如对于9%的NaCl构建模型，这里将9%的NaCl的生理盐水为1.06g/ml。

首先在Materials Studio软件中构建Na、Cl和的XSD文件：

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在0.9%中NaCl溶液中：

• 的相对分子量为18.015
• Na离子的相对分子量为22.990
• Cl离子的相对分子量为35.453
• NaCl分子相对分子量为为58.443

假设有1升的生理盐水l溶液，即1060g。该溶液中的NaCl的质量为95.4，该溶液中水的质量为964.6g，该溶液中的NaCl为1.632mol，该溶液中的摩尔数为53.544mol，而溶液中水与Na离子和Cl离子之间的摩尔比为：32.808:1:1。

打开Materials Studio软件，点击上方Modules选项栏中Amorphous Cell中的Calculation选项栏：

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 进入界面：

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在Density选项栏中要填写溶液的密度，之前填写的内容为1.06，这里也填写1.06。 在Composition选项栏中添加溶液和溶质，分别添加和Na离子和Cl离子，由于溶液中与Na离子和Cl离子之比为32.808:1:1，并且在下面Lengths表示盒子的长宽高，高度最好大于后续计算所采用的范德华力半径的两倍，一般采用的范德华力半径为12.5Å，因此这里要大于25Å ，将和Na离子和Cl离子分别扩大20倍，可以看到盒子的边长Lengths大于25Å。

然后点击Energy界面：

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对于Energy，将Forefield选项栏设置为COMPASSII，将Changes设置为Use current。并且点击More键：

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将Calculate automatically和List all forcefield types选项栏的勾去掉。

然后点击Job Control将计算过程后的文件进行命名： 

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这里命名为NaCl soluation，点击Run之后开始运行，结果如下所示：

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需要注意的是，这里运行结果为保存的是xtd文件，而后续我们进行计算要在xsd文件上进行操作，只需要新建一个xsd文件，然后将xtd文件的内容复制粘贴到xsd文件上即可。

在xtd文件上复制：

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在xsd文件上粘贴：

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