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原创 R语言从gtf文件提取genename和对应的protein_id

【代码】R语言从gtf文件提取genename和对应的protein_id。

2024-05-21 15:52:44 415

原创 单细胞 循环找出降维聚类最佳参数

【代码】单细胞 循环找出降维聚类最佳参数。

2024-05-21 14:45:31 101

原创 QPCR结果R语言绘图

【代码】QPCR结果R语言绘图。

2024-05-21 07:56:52 121

原创 R语言处理qPCR数据的函数

最近qpcr数据有点儿多，就写了一个函数专门计算qpcr的DeltaDeltaCT（-log2FC）和2^(-DeltaDeltaCT)。## 原始qpcr下机文件raw_data包含 "Sample Name","Target Name","CT"## 规定处理组样本名 ref_sample = "XXXX"## 规定内参基因ref_gene = "XXXX"## 使用本脚本需要三个的文件。

2024-05-18 19:28:01 245

原创 在并行计算中处理错误，特别是在foreach循环中，是一个常见的需求

要让程序在出现这类错误时继续执行，并且在结果中返回。函数来捕获和处理这些异常。

2024-05-06 20:10:54 113

原创 基于cluster profile的分面双元素点图

【代码】基于cluster profile的分面双元素点图。

2024-03-27 08:05:36 100

原创 非模式生物GSVA分析+limma差异分析

【代码】非模式生物GSVA分析+limma差异分析。

2024-02-17 17:04:26 170

转载 gsea自定义基因集分析

http://t.csdnimg.cn/HLTHr

2024-02-14 10:55:50 166 1

原创 分面复杂富集点图绘制

注意点: X轴的因子顺序(见上文);

2024-01-09 10:56:36 455

原创 clusterProfiler一键给字符转换因子排序

【代码】clusterProfiler一键给字符转换因子排序。

2024-01-09 10:40:53 355

原创 clusterProfiler结果转换

富集分析的结果如GeneRatio都是字符性向量的比值对画图不友好,如何转换为数字型向量?GO_FE_data是如上的表格。

2024-01-09 09:53:57 336

原创 非模式生物自建库后进行GSEA分析

【代码】非模式生物自建库后进行GSEA分析。

2024-01-06 20:39:49 791 2

原创 多线程循环跑wgcna 选最佳参数

上图是我用256核服务器跑wgcna的情况,以下代码可以发挥所有性能。

2024-01-05 20:32:47 520 1

原创 转录组gene name 通过gtf文件转换

有时候我们遇见的gene id 与protein id 不相符,此时需要从gtf文件提取。通过对gtf文件的X9 进行处理 ,使得gene id 与对应的蛋白id 能够对应成表。但通过featurecount 进行表达定量后的的gene id 如下。使用蛋白质的序列进行eggnog 注释后结果如下query是XP。

2024-01-05 15:36:30 486 1

原创 WGCNA相关性图的绘制

【代码】WGCNA相关性图的绘制。

2024-01-05 08:50:39 454 1

原创 WGCNA - 模块数目、相关性、循环max

【代码】WGCNA - 模块数目、相关性、循环max。

2024-01-05 08:23:29 572 1

原创 RNAseq上游之矩阵合并(R语言)

【代码】RNAseq上游之矩阵合并(R语言)

2024-01-04 12:46:51 374 1

原创 循环WGCNA-2(找到cor max 时的参数)

sample:要求某个基因在相关性最高的模块内。

2024-01-03 18:39:04 348 1

原创 feature R语言进行表达定量

准备bam文件、gtf/gff文件。

2023-12-14 14:03:33 375 1

原创 循环跑WGCNA得到最使结果

分开计算相关性并进行筛选cor最高或最低不是grey模块,最终和差异分析结果取交集,看哪个参数运行的结果最DEGs交集基因最多。在net构建之前按通常代码走。之后循环构建不同参数的net。

2023-12-07 05:51:24 355 1

原创 利用eggnog结果构建自己的OrgDB包

【代码】利用eggnog结果构建自己的OrgDB包。

2023-09-07 01:39:43 352 3

原创 从GTEx和TCGA多线程for循环（foreach）提取单基因

【代码】从GTEx和TCGA多线程for循环（foreach）提取单基因。

2023-07-23 14:53:59 95

原创 R语言 机器学习 随机森林 筛选关键基因

【代码】R语言 机器学习 随机森林 筛选关键基因。

2023-07-16 13:51:40 1447 2

原创 edgeR进行差异分析

【代码】edgeR进行差异分析。

2023-07-14 06:06:04 350 1

原创 差异分析结果绘制火山图

【代码】差异分析结果绘制火山图。

2023-07-14 06:03:40 89 1

原创 机器学习 lasso回归 筛选关键基因

【代码】机器学习 lasso回归 筛选关键基因。

2023-07-14 05:59:32 615 1

原创 非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）

非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）

2023-07-13 14:35:59 971 1

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