在并行计算中处理错误，特别是在foreach循环中，是一个常见的需求

刘融晨

于 2024-05-06 20:10:54 发布

阅读量146

点赞数 2

文章标签： r语言

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_73361516/article/details/138506666

版权

要让程序在出现这类错误时继续执行，并且在结果中返回NA值，你可以使用tryCatch函数来捕获和处理这些异常

results <- foreach(m = 1:length(df_gene),
                   .packages = "tidyverse",
                   .combine = rbind) %dopar% {
                     
                     mRNA_name = df_gene[m]
                     res2 = data.frame()
                     
                     for (n in 1:length(lncRNA$id)) {
                       lncRNA_name = lncRNA$id[n]
                       data = df_gene_TPM[,c("sample", mRNA_name)] %>% 
                         inner_join(lncRNA_exp[,c("sample", lncRNA_name)], by = "sample")
                       
                       # 使用 tryCatch 来处理可能的错误
                       cor_test = tryCatch({
                         cor.test(data[[mRNA_name]] %>% as.numeric(),
                                  data[[lncRNA_name]] %>% as.numeric())
                       }, error = function(e) {
                         return(list(estimate = NA, p.value = NA))  # 当发生错误时返回NA
                       })
                       
                       cor = cor_test$estimate
                       pvalue = cor_test$p.value
                       res = data.frame(mRNA = mRNA_name,
                                        lncRNA = lncRNA_name,
                                        Cor = cor,
                                        Pvalue = pvalue)
                       res2 = res2 %>% bind_rows(res)
                     }
                   
                     return(res2)
                   }