分割软件labelme批量把json转成png

最近在做医学图像分割的相关工作，用到了labelme这一软件，但标注以后直接生成的只有json格式，而跑模型需要png格式的mask，这就需要我们手动做一下转换。

首先我们新建一个.py的文件，我这里的名称为json2png.py，内容如下：

import json
import os
import os.path as osp
 
import warnings
import cv2
 
from labelme import utils
 
import numpy as np
import PIL.Image
import PIL.ImageDraw
 
def json2png(json_file, out_file):
    warnings.warn("This script is aimed to demonstrate how to convert the\n"
                  "JSON file to a single image dataset, and not to handle\n"
                  "multiple JSON files to generate a real-use dataset.")
 
    # freedom
    list_path = os.listdir(json_file)
    print('freedom =', json_file)
    for i in range(0, len(list_path)):
        print(i)
        path = os.path.join(json_file, list_path[i])
        if os.path.isfile(path):
 
            data = json.load(open(path,encoding="utf-8",errors="ignore"))
            img = utils.img_b64_to_arr(data['imageData'])
            lbl, lbl_names = utils.labelme_shapes_to_label(img.shape, data['shapes'])
 
            mask = []
            mask.append((lbl).astype(np.uint8)) 
            mask = np.asarray(mask,np.uint8)
            mask = np.transpose(np.asarray(mask,np.uint8),[1,2,0])
            retval, im_at_fixed = cv2.threshold(mask[:,:,0], 0, 255, cv2.THRESH_BINARY)
            
            # out_dir = osp.basename(path).replace('.', '_')
            out_dir = osp.basename(path).split('.json')[0]
            save_file_name = out_dir
            # out_dir = osp.join(osp.dirname(path), out_dir)
 
            if not osp.exists(out_file + 'GT'):
                os.mkdir(out_file + 'GT')
            maskdir = out_file + 'GT'
 
            out_dir1 = out_file + 'Image'
            if not osp.exists(out_dir1):
                os.mkdir(out_dir1)
 
            PIL.Image.fromarray(img).save(out_dir1 + '/' + save_file_name + '.jpg')
            PIL.Image.fromarray(im_at_fixed).save(maskdir + '/' + save_file_name + '.png')
 
            print('Saved to: %s' % out_dir1)
 
 
# 图片重命名
def rename(path):
    # path = path + 'Image'
    path = path + 'GT'
    for file in os.listdir(path):
        name = file.split('.')[0]
        name = name.split('_')[1]
        name = name[5:]     # "image1"
        # ‘%04d’表示一共4位数，GT是png，Image是jpg
        os.rename(os.path.join(path, file), os.path.join(path, 'image' + '%04d' % int(name) + ".png"))   
 
if __name__ == '__main__':
    json_file = "D:/deep-learning/jidimo/糖尿病肾病-电镜/wo/json/" # 文件夹里面全是json
    out_file = "D:/deep-learning/jidimo/糖尿病肾病-电镜/wo/label/"
    json2png(json_file, out_file)
    # rename(out_file)

需要注意的是，在最后的代码中要改一下文件夹的路径。

接着打开anaconda prompt命令行，切换环境到labelme：

切换路径到新建python文件的目录下：

需要在保存png的文件夹下新建GT文件夹：

然后在终端输入代码：

python json2png.py json文件夹路径

截图如下：

虽然有警告，但已经成功完成了转换！转换好的图片就保存在上面新建的GT文件夹里面：

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