R基础_函数R包

生信技能树学习笔记

1. 函数：函数名称，形式参数（可省略），实际参数

2. 当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数function()或使用循环

3. 安装R包来源

• Bioconductor: BiocManager::install("R包名称")

• CRAN: install.packages("R包名称")

• Github: devtools::install_github("作者名/R包名称")

4. 一次安装，每次打开新的session都需要加载

5. library( ) 是检查R包是否安装成功的标准

• require 和 library 区别：都能用于加载R包

• 1）如果未安装R包，library没安装会报错，但是require没安装只会warning不报错

• 2）require 能返回逻辑值，as.logical(require(stringr)),加载成功是TURE,失败是FALSE

6. 分情况讨论

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

7. .libPaths() 查看安装路径

8. 安装R包时，如遇是否更新，首选n，不更新

• R语言，能no就no，no不行再yes

• Linux，需要yes就yes

9. 更新所有包：update.packages() 不要频繁更新

10. 右下角窗口Packages中有本地安装的所有R包

11. 报错常见关键词

• connection，Internet，url，404，http，download

• 网络问题，校园网限制，镜像网站不行

• warning / error : permission deny

• 管理员方式打开Rstudio后运行代码

functon()

#函数：函数名称，形式参数（可省略），实际参数
jimmy <- function(a,b,m = 2){
  (a+b)^m
}
#m默认=2
jimmy(a = 1,b = 2)
jimmy(1,2)
jimmy(3,6)
jimmy(3,6,-2)

#复习：绘图函数plot()
par(mfrow = c(2,2)) #把画板分成四块，两行两列
#如果报错，把右下角画板拉大一点即可
x = c(2,5,6,2,9);plot(x)
x = seq(2,80,4);plot(x)
x = rnorm(10);plot(x)
x = iris$Sepal.Length;plot(x)

#思考：plot画iris的前四列？
plot(iris[,1],col = iris[,5])
plot(iris[,2],col = iris[,5])
plot(iris[,3],col = iris[,5])
plot(iris[,4],col = iris[,5])

#当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环

jimmy <- function(i){
  plot(iris[,i],col=iris[,5])#col 根据第5列定义颜色
}

jimmy(1)
jimmy(2)
jimmy(3)
jimmy(4)
jimmy(1:4)?

R包安装

# R包安装
#设置镜像 便于下载
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

install.packages("tidyr")
install.packages('BiocManager')
BiocManager::install("ggplot2")
install.packages('devtools')
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") #括号里写作者用户名加包名

# 清华镜像
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
  
# 中科大镜像
# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/
  
library(tidyr)
require(tidyr)

# 分情况讨论

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

# 获取帮助
?seq
library(stringr)
browseVignettes("stringr")
ls("package:stringr")#需要先加载，列出R其中的函数


.libPaths()
heatmap::heatmap()