R报错——enrichplot

最新推荐文章于 2024-01-11 14:14:53 发布

xiaoxiang学生信

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文章标签： r语言

原文链接：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/15225007.html

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在使用enrichplot进行富集分析时遇到错误，提示replacementhaslengthzero。问题可能源于设置的pvalueCutoff和qvalueCutoff阈值过高。降低这两个值（如改为0.2）可以解决此问题，允许更多数据通过过滤，从而成功绘制条形图。

摘要由CSDN通过智能技术生成

enrichplot画图时报错

Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : 
  replacement has length zero
In addition: Warning message:
In rep(yes, length.out = len) : 'x' is NULL so the result will be NULL

运行以下代码时

edo <- enrichDO(gene          = gene$ENTREZID,
              ont           = "DO",
              pvalueCutoff  = 0.01,
              pAdjustMethod = "BH",
              universe      = names(genelist$ENTREZID),
              minGSSize     = 5,
              maxGSSize     = 500,
              qvalueCutoff  = 0.01,
              readable      = FALSE)

library(enrichplot)
barplot(edo, showCategory=20)

出现报错

> barplot(edo, showCategory=20)
Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : 
  replacement has length zero
In addition: Warning message:
In rep(yes, length.out = len) : 'x' is NULL so the result will be NULL

网上检索后，发现是阈值设的太高，把阈值调低即可：