BERT-BiLSMT-CRF-NER
Tensorflow solution of NER task Using BiLSTM-CRF model with Google BERT Fine-tuning
GitHub： https://github.com/macanv/BERT-BiLSTM-CRF-NER
本文目录机构：
- 自己训练模型
- 说明
- 结果
- 使用自己的数据
2019.1.31更新，支持pip install package
现在可以使用下面的命令下载软件包了：
pip install bert-base==0.0.7 -i https://pypi.python.org/simple
或者使用基于源代码的安装：
git clone https://github.com/macanv/BERT-BiLSTM-CRF-NER
cd BERT-BiLSTM-CRF-NER/
python3 setup.py install
如果没啥问题，你将会看到这个：
笔者在windows10/ Linux/ Mac OSX上都测试过，安装没有问题。
软件包现在支持的功能
- 命名实体识别的训练
- 命名实体识别的服务C/S
- 继承优秀开源软件：bert_as_service(hanxiao)的BERT所有服务
4. 文本分类服务 （2019.2.19）
内容还会继续补充，同时欢迎大神们分享训练的模型或者新的方法或者数据(弱鸡的我并不会用在商业上，毕竟还是一个毕业即失业的渣渣~~)。
基于命名行训练命名实体识别模型:
安装完bert-base后，会生成两个基于命名行的工具，其中bert-base-ner-train支持命名实体识别模型的训练，你只需要指定训练数据的目录，BERT相关参数的目录即可。可以使用下面的命令查看帮助
bert-base-ner-train -help
训练的事例命名如下：
bert-base-ner-train \
-data_dir {your dataset dir}\
-output_dir {training output dir}\
-init_checkpoint {Google BERT model dir}\
-bert_config_file {bert_config.json under the Google BERT model dir} \
-vocab_file {vocab.txt under the Google BERT model dir}
参数说明
- 其中data_dir是你的数据所在的目录，训练数据，验证数据和测试数据命名格式为：train.txt, dev.txt，test.txt,请按照这个格式命名文件，否则会报错。
训练数据的格式如下:海 O 钓 O 比 O 赛 O 地 O 点 O 在 O 厦 B-LOC 门 I-LOC 与 O 金 B-LOC 门 I-LOC 之 O 间 O 的 O 海 O 域 O 。 O
每行得第一个是字，第二个是它的标签，使用空格’ '分隔，请一定要使用空格。句与句之间使用空行划分。程序会自动读取你的数据。
- output_dir： 训练模型输出的文件路径，模型的checkpoint以及一些标签映射表都会存储在这里，这个路径在作为服务的时候，可以指定为-ner_model_dir
- init_checkpoint: 下载的谷歌BERT模型
- bert_config_file ： 谷歌BERT模型下面的bert_config.json
- vocab_file： 谷歌BERT模型下面的vocab.txt
训练完成后，你可以在你指定的output_dir中查看训练结果。
将命名实体识别任务进行服务部署
作为服务的很多代码都来自优秀的开源项目: bert as service of hanxiao 但是我不知道这样改动是不是违反了某些许可规定，如果有违反，请马上告诉我，我将第一时间进行修改.而且服务端的代码很解耦，修改为另外一种任务的服务也是很简单的，例如文本分类，我将会不就提供这一功能，也欢迎愿意分享的童鞋分享模型或者代码。
作为服务的命名是：bert-base-serving-start，同样的，你可以先使用-help查看相关帮助
bert-base-serving-start -help
作为命名实体识别任务的服务，这两个目录是你必须指定的：ner_model_dir, bert_model_dir
然后你就可以使用下面的命令启动了：
bert-base-serving-start \
-model_dir C:\workspace\python\BERT_Base\output\ner2 \
-bert_model_dir F:\chinese_L-12_H-768_A-12
-mode NER
参数解释
bert_model_dir: 谷歌BERT模型的解压路径,可以在这里下载 https://github.com/google-research/bert
model_dir: 训练好的NER模型或者文本分类模型的路径，对于上面的output_dir
model_pd_dir: 运行模型优化代码后， 经过模型压缩后的存储路径，例如运行上面的命令后改路径下会产生 ner_model.pb 这个二进制文件
mode:NER 或者是BERT这两个模式，类型是字符串，如果是NER,那么就会启动NER的服务，如果是BERT，那么具体参数将和[bert as service] 项目中得一样。
我提供了命名实体识别pb模型下载：https://pan.baidu.com/s/1m9VcueQ5gF-TJc00sFD88w, 提取码: guqq
文本分类模型：https://pan.baidu.com/s/1oFPsOUh1n5AM2HjDIo2XCw, 提取码: bbu8
文本分类使用的是bert中的demo:run_classxxx.py，在运行的时候使用Pickle序列化了label_list和id2label折两个变量。
将 ner_mode.pb/classification_model.pb 文件放到 model_pd_dir目录下,将命名识别的label_list.pkl和id2map.pkl不同的模型不同的文件夹，因为他们同名，但是内容不一样，需要区分开来
命名实体识别模型只支持人名，地名，住址机构名的识别，在我的测试数据上有95.6%的F1值（实体级别的得分）
文本分类模型数据来自清华大学的文本分类数据：http://thuctc.thunlp.org/ ， 在测试数据上准确率为98%~99%的准确率
肥肠欢迎大家分享你们训练的更好的模型。
如果使用的下载的模型，你可以使用下面的命令启动，替换你自己的路径即可：
bert-base-serving-start -model_pd_dir /home/macan/ml/workspace/BERT_Base/output/predict_optimizer \
-bert_model_dir /home/macan/ml/data/chinese_L-12_H-768_A-12/ \
-ner_model_dir /home/macan/ml/data/bert_ner \
-num_worker 8
-mode NER
你将会看到下面的启动信息(启动log有点多，分两张图截)：
在本地连接服务端进行命名实体识别的测试
你可以使用下面的代码进行服务的连接，在本地进行NER测试，客户端代码如下:
import time
from bert_base.client import BertClient
# 指定服务器的IP
with BertClient(ip='XXX,XXX,XXX,XXX', ner_model_dir=ner_model_dir, show_server_config=False, check_version=False, check_length=False, mode='NER') as bc:
start_t = time.perf_counter()
str = '1月24日，新华社对外发布了中央对雄安新区的指导意见，洋洋洒洒1.2万多字，17次提到北京，4次提到天津，信息量很大，其实也回答了人们关心的很多问题。'
rst = bc.encode([str, str]) #测试同时输入两个句子，多个输入同理
print('rst:', rst)
print(time.perf_counter() - start_t)
运行后，会输出下面的信息：
结果说明：
返回的结果就是序列标注的结果，再往后的工作就不准备再写了，因为后面的操作会涉及到一些策略问题，写的太多，影响代码的灵活，例如有童鞋在terminal_predict.py的代码上提了issue,无法应用到自己的数据中。这样看起来，也比较直观吧~~
到此，基于命令行的用法已经讲完，不明白的地方请评论或者在GitHub上提交issue,觉得有用，麻烦在GitHub上点个star吧~~
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以下是基于源代码的训练和启动服务的教程
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自己训练命名实体识别模型
使用谷歌的BERT模型在BLSTM-CRF模型上进行预训练用于中文命名实体识别的Tensorflow代码’
代码已经托管到GitHub 代码传送门 大家可以去clone 下来亲自体验一下！
git clone https://github.com/macanv/BERT-BiLSTM-CRF-NER
关于BERT的相关理论文章不是本文的主要目的，而且网上简介该部分的文章多如牛毛，大家自行去查看吧，本文着重讲解基于BERT用于中文命名实体的fine-tuning 过程。
1. 下载Google BERT 预训练模型：
下载
wget https://storage.googleapis.com/bert_models/2018_11_03/chinese_L-12_H-768_A-12.zip
解压
unzip chinese_L-12_H-768_A-12.zip
2. 训练模型
下载了Google的BERT模型和我的GitHub代码后，就可以开始训练啦
训练之前先在项目目录中新建一个output文件夹，模型的输出，和结构都会保存在这个目录中
mkdir output
训练的时候需要一些参数，你可以使用命名行的形式进行模型参数指定，例如下面的方法:
python3 bert_lstm_ner.py \
--task_name="NER" \
--do_train=True \
--do_eval=True \
--do_predict=True
--data_dir=NERdata \
--vocab_file=checkpoint/vocab.txt \
--bert_config_file=checkpoint/bert_config.json \
--init_checkpoint=checkpoint/bert_model.ckpt \
--max_seq_length=128 \
--train_batch_size=32 \
--learning_rate=2e-5 \
--num_train_epochs=3.0 \
--output_dir=./output/result_dir/
笔者比较菜，选择的是将默认参数写在代码中，开始训练的之前，只需要修改下面的代码即可，代码在bert_lstm_ner.py文件中
if os.name == 'nt': #windows path config
bert_path = '{your BERT model path}'
root_path = '{project path}'
else: # linux path config
bert_path = '{your BERT model path}'
root_path = '{project path}'
os.name=='nt’是表示识别到的系统是windows，其余的是Linux，这里只需要修改一个，如果你是windows训练修改os.name='nt’下面的路径就好了，Linux或者Mac修改else下面的两个路径。
两个路径说明:
bert_path: 就是在步骤1中下载解压的BERT模型的路径，复制绝对路径替换即可，例如我项目中所写的路径
root_path: 这个是项目的路径，也是一个绝对路径，即BERT-BiLSTM-CRF-NER的路径
修改好两个路径后，就可以开始训练了：
python3 bert_lstm_ner.py
说明：
模型代码主要在bert_lstm_ner.py中的create_model函数中
下面对该函数逻辑进行讲解：
- 1使用bert模型对我们的输入进行represent
#使我们的input_ids数据通过bert 网络结构
model = modeling.BertModel(
config=bert_config,
is_training=is_training,
input_ids=input_ids,
input_mask=input_mask,
token_type_ids=segment_ids,
use_one_hot_embeddings=use_one_hot_embeddings
)
# 获取bert 模型最后一层
embedding = model.get_sequence_output()
bert 的最后一层是所有transformer结果的最后一维，其是一个三维向量维度是：[batch_size, seq_length, embedding_size]，可以类比的理解为我们使用tf.nn.embedding_lookup获取的结果。
- 2 将embedding 作为LSTM结构的输入:
# 加载BLSTM-CRF模型对象
blstm_crf = BLSTM_CRF(embedded_chars=embedding, hidden_unit=FLAGS.lstm_size, cell_type=FLAGS.cell, num_layers=FLAGS.num_layers,
dropout_rate=FLAGS.droupout_rate, initializers=initializers, num_labels=num_labels,
seq_length=max_seq_length, labels=labels, lengths=lengths, is_training=is_training)
# 获取添加我们自己网络结构后的结果，这些结果包括loss, logits, trans, pred_ids
rst = blstm_crf.add_blstm_crf_layer(crf_only=True)
这里有几点需要说明：
- 因为BERT里面已经存在双向编码，所以LSTM并不是必须的，可以将BERT最后一层的结构直接扔给CRF进行解码。所以在代码中通过在add_blstm_crf_layer函数中的crf_only参数进行控制我们训练的时候使用的是那种网络结构用于最后的fine-tuning.通过两种结构的训练结果对比，其实他们的最后结果相差不大，可以说基本是一样的，足见transformer的强大。
- crf_only=True 是我们fine-tuning 只使用CRF进行解码，不再使用传统经典的BLSTM-CRF，False表示使用blstm-crf这样的网络结构。
- 但是我在试验中发现，只使用CRF的训练时间要比BLSTM-CRF结构的时间要长，这一点我百思不得其解，按理加了BLSTM网络的参数会更多，如果有大佬发现这是个错的观察或者有合理的解释，麻烦不吝赐教。
实验结果
- 1 基于label计算出来的指标:
In dev data set:
In test data set
- 2 在很多地方命名实体的结果使用基于实体级别的评测更为合理，下面是实体级别的评测结果。
评测脚本使用的是conlleval.pl， conlleval.py
提供我训练的模型下载：
my model can download from baidu cloud:
链接：https://pan.baidu.com/s/1GfDFleCcTv5393ufBYdgqQ 提取码：4cus
- 3 在线预测
当你的模型训练完后，可以使用下面的脚本加载模型，进行在线预测
python3 terminal_predict.py
使用自己的数据：
BERT的大腿简直太粗了，效果很好有木有，看到这样的效果，是不是很想再自己的数据上进行测试一番呢？ 其实改的地方很少，只需要修改bert_lstm_ner.py文件中的几行代码就好啦：
-
- get_labels 函数
def get_labels(self):
return ["O", "B-PER", "I-PER", "B-ORG", "I-ORG", "B-LOC", "I-LOC", "X", "[CLS]", "[SEP]"]
这里是我数据中所有的标签，其中"X", “[CLS]”, “[SEP]” 是附加的， “[CLS]”, "[SEP]"是句子的开始和结束标志，X是wordpice产生的东西，中文中目前还没有遇到过，可以不用管，大家要改的话，就改前面的标签就好啦。
例如你想加一个时间类型的实体，就加 “B-TIME”, “I-TIME”
如果你想应用于分词中，那就没有-XXX了。就是B,I这些，简而言之，就是你的序列标注数据中的第二列的标签的set集合。
你也可以把get_labels函数写成这样一劳永逸，但是要注意在测试集或者验证机中出现的OOLabel哦：
def get_labels(self):
# 通过读取train文件获取标签的方法会出现一定的风险。
if os.path.exists(os.path.join(FLAGS.output_dir, 'label_list.pkl')):
with codecs.open(os.path.join(FLAGS.output_dir, 'label_list.pkl'), 'rb') as rf:
self.labels = pickle.load(rf)
else:
if len(self.labels) > 0:
self.labels = self.labels.union(set(["X", "[CLS]", "[SEP]"]))
with codecs.open(os.path.join(FLAGS.output_dir, 'label_list.pkl'), 'wb') as rf:
pickle.dump(self.labels, rf)
else:
self.labels = ["O", 'B-TIM', 'I-TIM', "B-PER", "I-PER", "B-ORG", "I-ORG", "B-LOC", "I-LOC", "X", "[CLS]", "[SEP]"]
return self.labels
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