基于R语言绘制GGE双标图4

最新推荐文章于 2024-09-24 19:24:32 发布

maizeman126

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分类专栏：育种及测试相关工具文章标签： r语言 GGEBiplot GGE双标图 GGE GGEplot

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参考资料：

https://cran.r-project.org/web/packages/GGEBiplots/GGEBiplots.pdf

1、数据整理

使用GGEBiplots包绘制双标图，分析用数据是二维数据表（行表示品种或基因型，列表示试验点或环境）。当我们的数据表是一维数据表时（类似于数据库表格的形式）可以使用GGEBiplots包自带的stattable()进行整理。

# 用随机数搭建一维表数据集
simdata<-data.frame(
  expand.grid(
    Genotype=1:10,
    Environment=1:10,
    Rep=1:3
  ),
  Outcome=rnorm(300)
)
# 数据展示
head(simdata)
# 数据转换
meantab<-stattable(
  rowfactor=simdata$Genotype,
  columnfactor=simdata$Environment,
  outcome=simdata$Outcome,
  FUN=mean
)
# 转换后数据展示
meantab

2、ggplot绘制GGE双标图

GGEBiplots包提供了一个将GGE双标图绘制为ggplot对象的函数，以便于大家对GGE双标图进行自定义绘制。函数为：GGEPlot()。函数使用格式如下：

GGEPlot(
  GGEModel,
  type=1,
  d1=1,
  d2=2,
  selectedE=NA,
  selectedG=NA,
  selectedG1=NA,
  selectedG2=NA,
  colSegment="red",
  colHULL="black",
  largeSize=4.5,
  axis_expand=1.2,
  axislabels=TRUE,
  axes=TRUE,
  limits=TRUE,
  titles=TRUE,
  footnote=TRUE,
  textGen=element_text(
    family="",
    face=1,
    color="forestgreen",
    size=4,
    hjust=0,
    vjust=0,
    angle=0
  ),
  textEnv=element_text(
    family="",
    face=1,
    color="blue",
    size=4,
    hjust=0,
    vjust=0,
    angle=0
  )
)

参数讲解：

type：

type=1，为基础双标图；
        type=2，单个试验点分析图，即函数ExamineEnv()；
        type=3，单个品种分析图，即函数ExamineGen()；
        type=4，环境间关系功能图，即函数EnvRelationship()；
        type=5，品种间两两比较图，即函数CompareGens()；
        type=6，哪个赢在哪里功能图，即函数WhichWon()；
        type=7，区分力和代表性功能图，即函数DiscRep()；
        type=8，理想环境分析图，即函数RankEnv()；
        type=9，高产性和稳定性功能图，即函数MeanStability()
        type=10，理想品种分析图，即函数RankGen()。

d1：位于x轴上的主成分，默认值是1，即第一主成分。

d2：位于y轴上的主成分，默认值是2，即第二主成分。

selectedE：当type=2时，需以文本的形式指定具体环境。

selectedG：当type=3时，需以文本的形式指定具体基因型。

selectedG1 和 selectedG2 ：当type=5时，需以文本的形式指定需要比较的两个基因型。

colSegment：线段和同心圆的线条颜色，默认为红色。

colHull：当type=6时，连接最外围基因型数据点线段的颜色，默认为黑色。

largeSize：当type=5时，两个比较品种的标签字体；当type=6时，最外围基因型数据点的标签字体。默认为4.5。

axes：是否显示x轴和y轴，默认显示。

limits：是否对轴线进行自动缩放，默认是。

titles：是否自动生成标题，默认是。

footnote：是否自动生成脚注，默认是。

textGen和textEnv：用于基因型和环境的标签设置。

# 加载GGEBiplots包
library(GGEBiplots)
# 加载自带的Ontario数据集
data(Ontario)
# 数据转换为GGE模型
GGE1<-GGEModel(Ontario)
# 绘制基础双标图
GGEPlot(GGE1)
# 绘制“哪个赢在哪里”功能图
GGEPlot(GGE1,type =6)
# 绘制品种间两两比较图
GGEPlot(GGE1,type = 5,
        selectedG1="cas",
        selectedG2="luc")