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原创 Schedule
2015年9月finish the implementation of string method in Lammpsbuild membrane protein in Gromacsfamiliar with and understand the basin constraint dimer/GADfinish implementation of TAMD in Gromacs2015年
2015-08-30 11:58:37 418
原创 PLUMED 学习( 1 )
SimpleMD这篇文章里,我们解析 simplemd 的源代码,以试图理解plumed如何工作的。作为练习加入leapfrog 迭代格式。文件位置为plumed2/src/cltools/SimpleMD.cpp整体的类的依赖关系可从下面代码片段看出,namespace PLMD{namespace cltools{ class SimpleMD:public PLMD:CLTool{
2015-08-30 11:55:16 1581
原创 有用链接合集
优化测试集 http://www.math.ntu.edu.tw/~wwang/cola_lab/test_problems/multiple_opt/multiopt_prob/稀疏矩阵集 http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/matrices/
2015-03-25 00:17:40 708
原创 Lammps 源代码解析
所有的头文件都以下面的编译预处理命令开始, 例如 fix_setforce.h#ifdef FIX_CLASSFixStyle(setforce,FixSetForce)#else其中 FixStyle 宏定义在lammps.cpp 的help函数里,相关代码片段如下:pos = 80;fprintf(screen,"* Fix styles\n");#define FIX_CLASS#
2015-03-24 23:19:06 3200 1
原创 Mac OS 下编译安装Lammps
Homebrew里面有直接可安装的Lammps,但是使用的都是默认 参数。为了使用新的特性,这里选择使用gcc49 和MPICH3编译安装之。Macport安装gcc49 并设置其为默认编译器 http://blog.csdn.net/majia_1990/article/details/43372287编译安装MPICH3.1.3 a. 下载 http://www.mpich.o
2015-02-06 17:22:01 4460 1
原创 编码问题合集
vim 下 set ff能够查看文件编码方式,dos或者unix。主要针对换行符。所以可以使用在vim下使用 set ff=unix讲windows文件变成unix编码习惯的文件.
2015-02-01 21:05:34 304
翻译 Mac OS 安装Ambertools14
为了安装ambertools14,需要编译器gcc和MPI mpich。但是mac系统里面默认的apple版的gcc无法用来编译ambertools14. 所以最好使用最新版本GNU版本的gcc。按照官方教程, 使用软件包管理软件Macport来进行这两个软件的安装。 (1). 首先 www.macports.org/ 下载pkg文件,直接安装,完毕后安装。 (
2015-02-01 16:22:34 2138
空空如也
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