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MD
majia_1990
这个作者很懒,什么都没留下…
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Mac OS 安装Ambertools14
为了安装ambertools14,需要编译器gcc和MPI mpich。但是mac系统里面默认的 apple版的gcc无法用来编译ambertools14. 所以最好使用最新版本GNU版本的gcc。 按照官方教程, 使用软件包管理软件Macport来进行这两个软件的安装。 (1). 首先 www.macports.org/ 下载pkg文件,直接安装,完毕后安装。 (翻译 2015-02-01 16:22:34 · 2058 阅读 · 0 评论 -
Mac OS 下编译安装Lammps
Homebrew里面有直接可安装的Lammps,但是使用的都是默认 参数。为了使用新的特性,这里选择使用gcc49 和MPICH3编译安装之。 Macport安装gcc49 并设置其为默认编译器 http://blog.csdn.net/majia_1990/article/details/43372287 编译安装MPICH3.1.3 a. 下载 http://www.mpich.o原创 2015-02-06 17:22:01 · 4397 阅读 · 1 评论 -
Lammps 源代码解析
所有的头文件都以下面的编译预处理命令开始, 例如 fix_setforce.h#ifdef FIX_CLASS FixStyle(setforce,FixSetForce) #else其中 FixStyle 宏定义在lammps.cpp 的help函数里,相关代码片段如下:pos = 80; fprintf(screen,"* Fix styles\n"); #define FIX_CLASS #原创 2015-03-24 23:19:06 · 3162 阅读 · 1 评论 -
有用链接合集
优化测试集 http://www.math.ntu.edu.tw/~wwang/cola_lab/test_problems/multiple_opt/multiopt_prob/稀疏矩阵集 http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/matrices/原创 2015-03-25 00:17:40 · 683 阅读 · 0 评论 -
PLUMED 学习( 1 )
SimpleMD这篇文章里,我们解析 simplemd 的源代码,以试图理解plumed如何工作的。作为练习加入leapfrog 迭代格式。文件位置为plumed2/src/cltools/SimpleMD.cpp整体的类的依赖关系可从下面代码片段看出,namespace PLMD{ namespace cltools{ class SimpleMD:public PLMD:CLTool{原创 2015-08-30 11:55:16 · 1530 阅读 · 0 评论 -
Schedule
2015年9月 finish the implementation of string method in Lammps build membrane protein in Gromacs familiar with and understand the basin constraint dimer/GAD finish implementation of TAMD in Gromacs2015年原创 2015-08-30 11:58:37 · 388 阅读 · 0 评论