Ubuntu 下shell 批处理文件

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需要大量处理数据，且这些数据属于不同文件，显然手动处理这些文件是耗时耗力的！

Windows下可以用批处理解决该问题。

在Linux下，可以用Shell来解决该问题！

Dialign.sh文件代码如下：

#!/bin/bash
cd fasta
for filename in `ls`
do
 dialign2-2 $filename
done

(1)符号#!用来告诉系统执行该脚本的程序。最好使用“!/bin/bash”而不是“!/bin/sh”，如果使用tc shell改为tcsh。

(2)编写完Dialign.sh后，文件要运行就必须有执行权限。

用ls -l Dialign.sh 可以查看是否可执行。

如果该文件不可执行，要先执行语句 chmod +x Dialign.sh 授予执行权限。

(3)在该脚本所在目录下，输入 ./Dialign.sh 即可执行该脚本。输入 sudo ./Dialign.sh 却无法执行？！

 

在执行的过程中，遇到了问题：bash: ./t.sh：/bin/bash^M：损坏的解释器: 没有那个文件或目录

从网上搜索了一下，大致原因是：

这个问题大多数是因为你的脚本文件在windows下编辑过。windows下，每一行的结尾是\n\r，而在linux下文件的结尾是\n，那么你在windows下编辑过的文件在linux下打开看的时候每一行的结尾就会多出来一个字符\r,用cat -A urfile时你可以看到这个\r字符被显示为^M，这时候只需要删除这个字符就可以了。可以使用命令sed -i 's/\r$//' urfile。

还有个解决办法就是 在Linux下重写该文件即可！