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结核分枝杆菌血清型分析常常需要基于分子生物学方法进行,因此需要一些相应的代码来完成分析。以下是一些常用的代码示例: 1. 16S rRNA基因序列分析: ```python from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq from Bio.Alphabet import generic_dna import pandas as pd # 读取fasta文件 records = SeqIO.parse("mycobacterium.fasta", "fasta") # 将16S rRNA序列扩增 for record in records: if "16S rRNA" in record.description: seq = Seq(str(record.seq), generic_dna) start = seq.find("AGAGTTTGATCCTGGCTCAG") + 1 end = seq.find("TTATTGCTTCCCCCGGA") + 15 seq = seq[start:end] print(record.id, seq) # 将16S rRNA序列保存到csv文件中 df = pd.DataFrame(columns=["id", "16S rRNA"]) for record in records: if "16S rRNA" in record.description: seq = Seq(str(record.seq), generic_dna) start = seq.find("AGAGTTTGATCCTGGCTCAG") + 1 end = seq.find("TTATTGCTTCCCCCGGA") + 15 seq = seq[start:end] df = df.append({"id": record.id, "16S rRNA": seq}, ignore_index=True) df.to_csv("16S rRNA.csv", index=False) ``` 2. IS6110扩增及限制性片段长度多态性分析 (RFLP): ```python from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq from Bio.Alphabet import generic_dna import pandas as pd # 读取fasta文件 records = SeqIO.parse("mycobacterium.fasta", "fasta") # 将IS6110序列扩增,并进行限制性酶切 for record in records: if "IS6110" in record.description: seq = Seq(str(record.seq), generic_dna) start = seq.find("GGGTGCGGTGCTGGATCACCTCCT") + 1 end = seq.find("CGAGGGCACGTCGTTTGGGTGAGGTG") + 24 seq = seq[start:end] print(record.id, seq) # 进行限制性酶切 from Bio.Restriction import EcoRI fragments = EcoRI.catalyze(seq) print(fragments) # 将IS6110序列及其限制性酶切片段保存到csv文件中 df = pd.DataFrame(columns=["id", "IS6110", "Fragments"]) for record in records: if "IS6110" in record.description: seq = Seq(str(record.seq), generic_dna) start = seq.find("GGGTGCGGTGCTGGATCACCTCCT") + 1 end = seq.find("CGAGGGCACGTCGTTTGGGTGAGGTG") + 24 seq = seq[start:end] fragments = EcoRI.catalyze(seq) df = df.append({"id": record.id, "IS6110": seq, "Fragments": fragments}, ignore_index=True) df.to_csv("IS6110.csv", index=False) ``` 3. 多重位点变异分析 (MLVA): ```python import pandas as pd import numpy as np # 读取csv文件 df = pd.read_csv("MLVA.csv") # 计算每个位点的变异 df["Locus 1"] = df["Locus 1"].apply(lambda x: len(x)) df["Locus 2"] = df["Locus 2"].apply(lambda x: len(x)) df["Locus 3"] = df["Locus 3"].apply(lambda x: len(x)) df["Locus 4"] = df["Locus 4"].apply(lambda x: len(x)) df["Locus 5"] = df["Locus 5"].apply(lambda x: len(x)) df["Locus 6"] = df["Locus 6"].apply(lambda x: len(x)) # 计算每个样本的MLVA类型及其频率 df["MLVA Type"] = df.apply(lambda x: "".join([str(x[i]) for i in range(1, 7)]), axis=1) counts = df["MLVA Type"].value_counts().to_dict() df["Frequency"] = df["MLVA Type"].apply(lambda x: counts[x]) # 计算每个位点的Polymorphic Information Content (PIC) for i in range(1, 7): p = df["Locus " + str(i)].value_counts(normalize=True).to_dict() df["PIC " + str(i)] = df["Locus " + str(i)].apply(lambda x: 1 - sum([p[xi]**2 for xi in set(df["Locus " + str(i)])])) # 保存结果到csv文件中 df.to_csv("MLVA Analysis.csv", index=False) ``` 这些代码只是基于Python语言的示例,实际应用中可能需要根据实际情况进行修改。同时,还需要注意数据的来源和质量,以确保分析结果的准确性和可靠性。
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