R、python与colab报错与常见指令(8.10-8.17)

本文介绍了使用Google Colab进行机器学习时遇到的问题与解决方案,包括如何连接Google Drive,使用终端命令,处理数据缺失值,以及在Python中进行数据操作如读取、转换和保存。同时,提到了RDS文件转CSV,正则表达式在处理列名和列值中的应用,以及在Mathematica中查看路径和文件。文中还讨论了生物学预测的合理性,并提及导师对于SNP预测疾病价值的观点。
摘要由CSDN通过智能技术生成

因为本地运行速度太慢,这周开始用google colab开始跑机器学习模型。

google colab需要先连接到google drive上:

from google.colab import dirve
drive.mount('/content/drive')

然后通过cd, ls等终端命令找到文件路径。注意在colab里终端命令前要加“!”

improt os
!pwd #get current working directory
!ls #list all files in current directory

os.chdir('/content/drive/My drive/your data folder')
#set working directory

!ls #check files

用pandas读取数据

import pandas as pd

protein = pd.read_csv("Protreins.csv")

另外注意sklearn.cross_validation目前sklearn版本已经不支持,比如

from sklearn.cross_validation import KFold

需换成

from sklearn.model_selection import KFold

删除na

df.dropna()

计算每行na数量

df.isna().sum()

Create an array based on numerical ranges

import numpy as np
np.arange(start = 1, stop = 10, step = 2)

automatically set x label

plt.xticks(arange(0,501,10),
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