基于PANDA做DTI分析

最新推荐文章于 2024-07-12 16:41:07 发布
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分类专栏： PANDA DTI TBSS 文章标签： matlab
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工具：matlab、FSL、PANDA

PANDA必须在linux系统或者mac系统中运行
首先成功安装PANDA；
在matlab中输入PANDA打开
PANDA full Pipeline：将数据填入，如需运行TBSS，则打勾，点击run即可。
也可以在GUI图形中单独使用TBSS 分析~

超小白用PANDA处理DTI数据的心酸历程笔记
weixin_52073820的博客
12-18 9734
开始啦！！！ 最近在学习使用北师大研发的PANDA管道工具处理数据，在此记录及回顾整个过程中遇到的问题，以帮自己巩固学习，也为以后像我这样的小白提供参考，在CSDN有很多优秀的博主也分享了自己的经验，作为小白而言，下面所写可能并非完全正确，如有错误请各位大佬指教！！！ 首先，介绍一下PANDA，它是一个基于FSL研发的DTI数据分析软件。在学习使用这个管道工具的过程中，我大部分的时间都花费在下载软件、安装软件和系统环境变量搭建上。如果这部分你做好了，那么跑数据就相对简单一些，当然不排除还是会出现一些小问题，
DTI脑网络构建 详细介绍处理过程以及PANDA的使用
dqy0123的博客
10-24 2万+
基本概念： 首先介绍一下DTI（Diffusion Tensor Imaging），即弥散张量成像，是MRI的一种特殊形式。举例来说，如果说核磁共振成像是追踪水分子中的氢原子，那么弥散张量成像便是依据水分子移动方向制图。DTI是当前惟一的一种能有效观察和追踪脑白质纤维束的非侵入性检查方法。到2015年主要用于脑部尤其对白质束的观察、追踪, 脑发育和脑认知功能的研究, 脑疾病的病理变化以及脑部手术...
PANDA_Manual.pdf
03-26
PANDA的使用手册
核磁数据的DTI预处理步骤
01-06
本资源为核磁数据分析，对核磁数据的DTI预处理，简单明了
DTI处理工具包PANDA小白记录
m0_51644024的博客
04-20 3967
软件安装 PANDA是依赖于MATLAB的工具包，调用各种软件来处理DTI数据。所以使用前要安装MATLAB和FSL工具，下面是小白教程连接安装PANDA以及相关软件 教程可能没有的问题，小白可以看看： 1.本人的MATLAB安装包是上网随便找的，ubantu系统，安装在服务器上，装了三遍**，安装后一直卡在启动界面，用了很多方法都没有解决，只能换电脑了**。—及时止损 2.安装FSL时，安装脚本是Python2.X版本的，电脑可能没有。需要自己创建个新虚拟环境，在pycharm上。安装完成后记得配置环境，
【PANDA】利用已有的分割结果进行DTI脑区结构连接分析
zclhit
04-26 8828
PANDA为我们提供了一整套关于DTI图像预处理，fiber tracking，利用fsl进行去颅骨分割操作，基于分割模板的network construction等等操作。 但是由于模板限制，我们目前只能使用以下几个图谱进行分区形容。为了解决这个问题，我发现可以直接加载我们自己的分割结果上去，效果还不错。 首先需要把待处理的被试的MRI图像进行分类，这部分可以通过dpabi软件来实现。 将
对DTI进行概率追踪（Probability tracking）（使用的是PANDA工具）
qq_23027341的博客
10-09 2721
>>首先需要一个native_space文件<< 里边应包含四个文件： 1、data.nii.gz：一个4D图像，包含扩散加权体积和没有扩散加权体积。 2、nodif_brain_mask.nii.gz：三维二进制大脑掩膜体积。 3、bvecs：包含用于扩散加权卷的梯度方向的文本文件。 4、bvals：其中包含用于每次卷采集的b值文本文件。 >>除此之外还需要两个文件<< 1、FA文件：一般在native _space这个文件夹里有 2
PANDA做TBSS出现问题Error using copyfile
weixin_41784562的博客
03-29 552
在用PANDA做TBSS分析时，到MergeSkeleton合并FA骨架出了问题：Error using copyfile，在网上查资料也没找到，困扰了很长时间，各位大神有知道这是什么情况的吗？有没有好的解决办法吗？跪求指教！ ...
基于多中心DTI影像的阿尔茨海默病分类竞赛方案.zip
02-15
人工智能-项目实践-机器学习
基于多中心DTI影像的阿尔茨海默病分类.zip
06-20
标题中的“基于多中心DTI影像的阿尔茨海默病分类”表明这是一个研究项目，它利用了扩散张量成像（Diffusion Tensor Imaging, DTI）数据来对阿尔茨海默病进行分类。DTI是一种非侵入性的神经影像技术，能够揭示大脑中...
DTI数据处理详细步骤TBSS
08-05
Detailed Steps for DTI Data Processing，FSL中DTI数据处理详细步骤TBSS
【PANDA教程】PANDA详细教程笔记
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Absolute Zero
10-17 3万+
目录 一、数据准备 二、基本操作流程 Part 1 路径选择和基本设置（1~4） 1. DICOM/NIFTI Path文件输入 2. Result Path 设置结果输出路径 3. Subject_IDs 设置样本编号 4. File_Prefix 设置文件名前缀 Part 2 参数设置（5~7） 5. PiPeline Opt 设置并行处理参数 6. Diffusion_Opt 弥散参数设置 7. Tracking_Opt 纤维追踪参数设置 Part 3 其他设...
PANDA的详细使用
最新发布
qq_54641516的博客
07-12 745
PANDA的使用
TBSS处理流程
qq_28752595的博客
08-19 1万+
TBSS处理 首先建立一个文件夹FA_01，将所有要处理的FA图像复制到这个文件夹下。依次做如下处理： 1.该脚本将所有处理过的FA图像移动到一个名为FA的新子目录，并且还将创建另一个名为origdata的子目录，并将所有原始图像放在那里供以后使用。 tbss_1_preproc *.nii.gz 2.运行非线性配准，将所有FA图像对齐到1x1x1mm标准空间。注册中使用的目标图...
PANDA pipeline的安装与使用-安装（1）
zclhit
03-21 5739
首先在http://www.nitrc.org/projects/panda/这里可以了解到panda的基本知识还有下载方式。 我选用ubuntu14.04作为Linux平台的操作系统。 装Ubuntu很简单，利用UISO配合引导盘直接就可以刷进去，装好了之后会发现是用Ubuntu引导的WIN7，所以卸载起来会有一点麻烦。 接下来装matlab，第一次用Linux，有点惨，直接在root模式
PANDA pipeline的安装与使用-使用（5）实验室操作流程规范
zclhit
05-10 3626
目前处理所采用的流程： 1.首先是对输入源文件进行处理，DWI图像应当放到二级的文件夹目录下，按照不同人分类开。 2.接下来因为我们得到的T1图像一般是dicom格式的，所以需要利用utilities中的Dicom->NIfTI，生成nii或者Nii.gz格式的T1图像。 3.接下来利用Panda的full pipeline，DICOM PATH中选择路径，选择Result Path, 自定
Panda 用法( 基础 )
森宝的博客
04-22 7662
Pandas 是基于 NumPy 的一种数据处理工具，该工具为了解决数据分析任务而创建。Pandas 纳入了大量库和一些标准的数据模型，提供了高效地操作大型数据集所需的函数和方法.。 Pandas 的数据结构：Pandas 主要有 Series（一维数组），DataFrame（二维数组），Panel（三维数组），Panel4D（四维数组），PanelND（更多维数组）等数据结构。其中 Ser...
【TrackVis 教程】基于DTI的纤维追踪及显示
zclhit
06-26 2万+
TrackVis使用教程，DTI神经连接处理，脑结构网络分析，利用DTI进行神经网络结构网络组学分析，TrackVis可视化研究，纤维追踪软件是Diffusion Toolkit
panda 处理 dti
08-05
panda 是一个非常流行的 Python 数据分析库，可以用来处理各种类型的数据，包括 dti（日期时间索引）。 dti 是一种带有日期和时间信息的索引类型。它常用于时间序列数据分析，如股票市场数据、气象数据等。panda 提供了一系列的函数和方法来处理和分析这些时间序列数据。 要使用 panda 处理 dti，首先需要导入 panda 库，并将 dti 对象作为 DataFrame 的索引。可以使用 panda 的 to_datetime() 函数将日期和时间数据转换为 dti 格式。 一旦将 dti 设置为 DataFrame 的索引，我们可以使用许多 panda 函数和方法来处理这些数据。例如，我们可以使用 resample() 函数进行重采样，将数据聚合到不同的时间周期上。我们还可以使用 shift() 函数对数据进行移位，计算两个时间点之间的差异。 另外，panda 还提供了许多方便的功能来处理时间序列数据，如滚动计算、填充缺失值、计算移动平均等。它还可以绘制时间序列图，以帮助我们更好地理解数据的趋势和模式。 总之，panda 是一个功能强大的库，可以有效地处理和分析 dti 数据。它提供了许多方便的函数和方法，可以帮助我们更好地理解和利用时间序列数据。无论是初学者还是专业的数据分析师，panda 都是一个不可或缺的工具。
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