R语言 - Linux安装R语言扩展包相关命令(Windows雷同)

参考 1

1. 包的分类

R的包(package)通常有两种:

分类解释备注
binary package这种包属于即得即用型(ready-to-use),但是依赖与平台,即Win和Linux平台下不同。
Source package此类包可以跨平台使用,但用之前需要处理或者编译(compiled)

2. 常用函数

函数解释备注
.libPaths()查看包的安装目录如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下
library()查看已经安装的包目录
library(mypackage)载入mypackage包
getOption("defaultPackages")查看启动R时自动载入的包。
help(package = 'mypackage')查看‘mypackage’的帮助
args(function)查看函数的参数
example(function)自动运行该函数帮助文档中的例子,很赞!
demo("package")展示一些包中demostration
vignette('mypackage')有的包,特别是bioconductor的包有vignette,用函数查看
openVignette('mypackage')这个函数也可以查看vignette,更好用一些
RSiteSearch("helpinfor")搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start()查看已经安装包的详细HTML文档,这个命令非常爽
search()查看当前载入的包
sessionInfo()查看R中载入的包
methods()查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法(S3:S version 3)
showMethods(class = "myClass")查看S4类的方法
findMethods("myMethods")查看method的代码
class(myObject)查看某个对象的类
getClass(“class/package”)查看某个class或者包的具体内容
getSlots("class")查看某个class的slot
slotNames(MyObject)查看某个对象的slot可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值,这个设计实在是太爽了,可以连续用
查询包内信息
?function/method查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
class?graph::graph查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候,查看其中class的信息,输入??graph后出现一个graph::graph-class
ls("package:mypackage")查看"mypackage"中的所有对象

3. 安装Source package方法

3.1 方法一:本地包安装

下载各种依赖包

  • 在终端输入 # R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
    使用此方法,需要解决包依赖问题,即安装此包所依赖的包,安装过程有提示

3.2 方法二:在线安装

  • 也可以使用R的install.packages()函数安装,而且比较简便,即联网即可装,装了就可用
    如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下
> install.packages('mypackage')
  • 可以使用install.packages()安装本地下载的包,尤其适用于在服务器上安装包
# 举个栗子
> install.packages(c("XML_0.99-5.tar.gz", "http://www.cnblogs.com/Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz"), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'"))

3.3 Bioconductor的安装方法

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("mypackage")

4. 卸载package

> remove.packages("mypackage")

5. 查看R及其package的版本

> R.version
               _                           
platform       x86_64-pc-linux-gnu         
arch           x86_64                      
os             linux-gnu                   
system         x86_64, linux-gnu           
status                                     
major          3                           
minor          3.3                         
year           2017                        
month          03                          
day            06                          
svn rev        72310                       
language       R                           
version.string R version 3.3.3 (2017-03-06)
nickname       Another Canoe 

> packageVersion("utils")
[1] ‘3.3.3’

6. 更新包

可以定期执行以下

> update.packages( )  

7. 使用别人安装的包

修改.bashrc文件,添加环境变量R的lib路径

# 别人的包路径
export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library  

R中用.libPaths()函数查看lib路径,如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下


  1. 参考:
    定制R启动环境
    【R】Linux安装R语言包(Installing R packages on Linux) ↩︎

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