目录
参考 1
1. 包的分类
R的包(package)通常有两种:
分类 | 解释 | 备注 |
---|---|---|
binary package | 这种包属于即得即用型(ready-to-use),但是依赖与平台,即Win和Linux平台下不同。 | |
Source package | 此类包可以跨平台使用,但用之前需要处理或者编译(compiled) |
2. 常用函数
函数 | 解释 | 备注 |
---|---|---|
.libPaths() | 查看包的安装目录 | 如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下 |
library() | 查看已经安装的包目录 | |
library(mypackage) | 载入mypackage包 | |
getOption("defaultPackages") | 查看启动R时自动载入的包。 | |
help(package = 'mypackage') | 查看‘mypackage’的帮助 | |
args(function) | 查看函数的参数 | |
example(function) | 自动运行该函数帮助文档中的例子,很赞! | |
demo("package") | 展示一些包中demostration | |
vignette('mypackage') | 有的包,特别是bioconductor的包有vignette,用函数查看 | |
openVignette('mypackage') | 这个函数也可以查看vignette,更好用一些 | |
RSiteSearch("helpinfor") | 搜索R网站上的“helpinfor”相关信息 | |
help.start() | 查看已经安装包的详细HTML文档,这个命令非常爽 | |
search() | 查看当前载入的包 | |
sessionInfo() | 查看R中载入的包 | |
methods() | 查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法(S3:S version 3) | |
showMethods(class = "myClass") | 查看S4类的方法 | |
findMethods("myMethods") | 查看method的代码 | |
class(myObject) | 查看某个对象的类 | |
getClass(“class/package”) | 查看某个class或者包的具体内容 | |
getSlots("class") | 查看某个class的slot | |
slotNames(MyObject) | 查看某个对象的slot | 可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值,这个设计实在是太爽了,可以连续用 |
查询包内信息 | ||
?function/method | 查看某个“函数”或者“方法”的详细内容 | |
class?graph::graph | 查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候,查看其中class的信息,输入??graph后出现一个graph::graph-class | |
ls("package:mypackage") | 查看"mypackage"中的所有对象 |
3. 安装Source package方法
3.1 方法一:本地包安装
- 在终端输入 #
R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
使用此方法,需要解决包依赖问题,即安装此包所依赖的包,安装过程有提示
3.2 方法二:在线安装
- 也可以使用R的
install.packages()
函数安装,而且比较简便,即联网即可装,装了就可用
如果有多个lib,install.packages()
默认是安装在第一个目录下
> install.packages('mypackage')
- 可以使用
install.packages()
安装本地下载的包,尤其适用于在服务器上安装包
# 举个栗子
> install.packages(c("XML_0.99-5.tar.gz", "http://www.cnblogs.com/Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz"), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'"))
3.3 Bioconductor的安装方法
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("mypackage")
4. 卸载package
> remove.packages("mypackage")
5. 查看R及其package的版本
> R.version
_
platform x86_64-pc-linux-gnu
arch x86_64
os linux-gnu
system x86_64, linux-gnu
status
major 3
minor 3.3
year 2017
month 03
day 06
svn rev 72310
language R
version.string R version 3.3.3 (2017-03-06)
nickname Another Canoe
> packageVersion("utils")
[1] ‘3.3.3’
6. 更新包
可以定期执行以下
> update.packages( )
7. 使用别人安装的包
修改.bashrc文件,添加环境变量R的lib路径
# 别人的包路径
export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library
R中用
.libPaths()
函数查看lib路径,如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下