RNA-seq——五、根据差异基因画火山图、在火山图上标记基因名

最新推荐文章于 2025-03-12 13:57:30 发布

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分类专栏：生信学习文章标签：差异基因生信学习 RNA-seq 火山图 Rstudio

本文链接：https://blog.csdn.net/narutodzx/article/details/126808323

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本文介绍了在RNA-seq分析中，如何根据差异基因绘制火山图，并在图上标注基因名。通过设定阈值筛选显示的基因名，以及指定特定基因进行标注，为生信学习提供了实用技巧。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

写在前面——之前写的RNA-seq（一到四）是根据别人文章中提到的数据进行一系列分析的，但是找公司做的单细胞测序，一般不需要自己进行数据清洗之类的操作，公司会直接给个clean_data，以及所有的你需要的文件，或者一个云系统的账号。所以我们最终要做的就是根据这些数据，来绘制达到文章发表级别的图，来说明我们实验想表达的事情。
注：本文虽然是RNA-seq——五，但与前几个使用的并不是同一个数据集，本文数据集是私有数据集。

参考：
给火山图上标记基因名字
 火山图|给你geneList，帮我标到火山图上
 多种方法在火山图上标记感兴趣基因（差异基因，或者通路）

1. 设置阈值来显示对应的基因名

library(readxl)
library(ggrepel)

# 读取差异基因数据集
exprSet <- read_xlsx("allgene.xlsx")
colnames(exprSet) <- c("Gene ID", "Gene Symbol", "Type", "log2FC", "Pvalue", "Qvalue")

# 设置阈值，整理数据
# 阈值不同，结果不同
cut_off_qvalue = 0.01
cut_off_logFC = 2
exprSet$Sig <- ifelse(exprSet$Qvalue < cut_off_qvalue & 
                        abs(exprSet$log2FC) >= cut_off_logFC, 
                      ifelse(exprSet$log2FC > cut_off_logFC ,'Up','Down'),'no-DEGs')

exprSet <- data.frame(exprSet)
# tmp <- tmp %>% drop_na(Sig)
table(exprSet$Sig)


ggplot(exprSet, aes(x = log2FC, y = -log10(Qvalue), colour=Sig)