PPI网络的构建与美化(String+Cytoscape)

写在前面

在做蛋白网络互作图时，使用string出的图不太好看，想要一个好看一些的图。在看了一些攻略之后，自己也能绘制出还不错的图，奈何步骤太多，怕自己遗忘，所以就将过程记录下来。

一、使用string分析数据

string官网： https://cn.string-db.org/

首先打开string，找到Multiple proteins，将目标基因输入，然后选择物种进行分析。

之后，string会自动把gene name转为protein ID，然后点击CONTINUE。

这时会出现一个简易的PPI网络图，可以点击More或者Less来控制节点数量，也可以在Settings中设置具体的筛选标准。
第四个TSV文件可以导入Cytoscape，我们把这个文件下载下来，然后再继续操作。

二、使用Cytoscape构建网络