生物信息学
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【生物信息】 系统发育树-有根树 转化 无根树-基于R语言
在生信数据处理过程中,有时候要求我们使用无根树此处提供一种基于R语言ape包将有根树转化为无根树的方法和代码:原创 2022-04-25 18:06:41 · 2689 阅读 · 1 评论 -
不会画关系图?5 类图形为你展示—变量间相互关系—提供示例与完整代码-ggplot2-geom_point-ComplexHeatmap-pheatmap-ggpairs
不会画关系图?5 类图形为你展示—变量间相互关系—提供示例与完整代码-ggplot2-geom_point-ComplexHeatmap-pheatmap-ggpairs原创 2022-03-24 15:23:36 · 5924 阅读 · 0 评论 -
棒棒糖也能画成图—— ggplot2绘制棒棒糖图/哑铃图
欢迎关注公众号查看原文Part 1 :棒棒糖图棒棒糖图因其形状和棒棒糖相似而得名,具体来看实际上是一个散点和一条线段的组合。棒棒糖图是散点图的一种变体,又与柱状图非常相似,但其在清晰展示数据的同时,减少了图形量,使得读者能够更加关注于数据本身而非图形。棒棒糖图能够帮助将数值与类别对齐,非常适合比较多个类别的值之间的差异。 本期介绍棒棒糖图的基本作图方法和优化**示例1:**相同数据源下柱状图和棒棒糖图展示数值差异效果对比**示例2:**使用棒棒糖图画出的好图Part 2 :图像与代原创 2022-03-21 10:19:13 · 5978 阅读 · 0 评论 -
一起学画图:散点图+边缘分布统计图形-密度图-直方图-箱型图-小提琴图
Part 1 :散点图+变量边缘分布图形公众号原文点我,感谢支持许多文章的散点图中,在散点图的周围还会有额外的单变量边缘分布统计图形(如下图)。前面几期我们介绍过,散点图主要反映的是两个变量之间的关系,而额外的边缘分布图则能直观反映每个变量的分布情况。本期就来介绍实现这类图形的常见方法。示例:Abundance of antibiotic resistance genes, intI1 gene and crAssphage in human fecal metagenomes.[1]示例图中散原创 2022-03-10 19:40:02 · 3406 阅读 · 0 评论 -
一起学画图:气泡图—常用于富集分析
公众号原文点我Part 1 :气泡图气泡图是散点图的一种变体,一般的散点图反映的是两个连续变量之间的关系。而气泡图通常可以反映三个变量之间的关系,第三个变量一般体现在气泡的大小。当然,如果赋予气泡不同的颜色,那么也可利用其反映四个变量之间的关系。在实际使用中,气泡图常用于展示基因富集分析的结果。本期使用R包gapminder中现有数据集,基于ggplot2制作气泡图Part 2 :图像与代码在加载数据并对数据进行简单的筛选后,很容易做出一个简单的气泡图:#加载相关包library(ggplo原创 2022-03-02 20:24:16 · 6572 阅读 · 0 评论