【生物信息】 系统发育树-有根树 转化 无根树-基于R语言

在生信数据处理过程中，有时候要求我们使用无根树
此处提供一种基于R语言ape包将有根树转化为无根树的方法和代码：

#install.packages("ape")
#https://rdrr.io/cran/ape/man/root.html
library(ape)

#读取树文件
tree = read.tree("tree.nwk") 

#判断是否是有根树：TRUE：有根树  FALSE ：无根树
is.rooted(tree)

#将树变成无根树
new_tree = unroot(tree)

#再次判断
is.rooted(new_tree)

#输出无根树的文件文本
write.tree(new_tree)

#将无根树写入指定文件
write.tree(new_tree,"new_tree.nwk")

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