利用Cartes构造二茂铁结构
2004-9-23
在为量化计算构造分子模型时,我们时常为构造具有一定的对称性的分子结构而烦恼,本文介绍如何用
Cartes
软件轻松构造具有D
5h
点群对称性的二茂铁(Ferrocene
, Fe(C
5H
5)
2
)分子的坐标。我们将看到Cartes
不仅仅是处理晶体坐标的利器,也是处理分子结构,尤其是涉及到对称操作的法宝。
二茂铁分子属于D
5h
点群,铁位于正中心,环戊二烯基环(cyclopentadienyl
)的直径是2.33
埃,铁原子到环戊二烯基环的距离是1.66
埃
[1]
。C-H
键长约0.9
埃。根据上述数据和二茂铁结构的对称性特点,我们先写出Fe
原子和一个C-H
的坐标,如下所示:
1.
编写初始ferrocene.gjf
文件。
用文本编辑器(记事本或UltraEdit
等)新建一个名为ferrocene.gjf
的文件,格式如下:
#
空一行
ferrocene
空一行
0 1
Fe 0. 0. 0.
C 1.165 0. 1.66
H 2.065 0. 1.66
说明:Fe
放在原点,C
和H
是在距离Fe1.66
埃的平面上的,所以它们的z
坐标是1.66
。而环戊二烯基环上C
到五边形中心的距离是2.33/2=1.165
。H
的x
坐标=C
的x
坐标+C-H
键长=1.165+0.9=2.065
。
保存ferrocene.gjf
文件。
2.
利用C
5
对称性操作得到一个完整的环戊二烯基的坐标。
由于现在处理的是分子体系,所以“晶胞参数”输入框可以不用去管。
点击“对称操作”,就打开了如下图所示的对话框:
先添加单位矩阵,直接点击“添加”按钮即可,如下图所示:
然后点击“向导”按钮,打开“对称操作矩阵生成向导”对话框,如图:
选择“典型对称元素”:“绕z
轴旋转”,在“对称轴:角度(顺时针):”里输入72
,表示要绕z
轴旋转72
度,如图:
“确定”后,添加上述向导生成的矩阵,如下图所示:
然后,按照上述类似地操作步骤,再依次添加绕z
轴旋转144
,216
和288
度的操作矩阵。最后点击“确定”,保存成ferrocene-sym
文件。
这时用Chem3D
软件打开ferrocene-sym
文件会看到如下结构:
可见,下面我们秩序再按照xy
面的镜面对称性反映出分子的另一半(第二个环戊二烯基)即可。
3.
利用σ
xy
对称性操作得到一个完整的二茂铁分子的坐标。
用
Cartes
软件的“导入直角坐标”按钮导入ferrocene-sym
文件,点击“对称操作”按钮。在对称操作的对话框中先点击“清除”按钮,清空原先的对称操作矩阵列表。然后添加单位矩阵。接着点击“向导”按钮,打开“对称操作矩阵生成向导”对话框,选择“典型对称元素”:“以xy
面反映”,如图:
“确定”后,添加上述向导生成的矩阵,如下图所示:
最后点击“确定”,保存成ferrocene-sym-sym
文件。
这时用Chem3D
软件打开ferrocene-sym-sym
文件会看到如下完整的二茂铁分子的结构:
为了进一步确认结构的正确性,我们用Cartes
软件来检验一下我们刚才构造的二茂铁分子的点群对称性。为此,用Cartes
导入ferrocene-sym-sym
文件,点击“点群判定”按钮,如图:
在弹出的“点群识别”对话框里点击“识别”按钮,就会看到Cartes
判断出我们构造的二茂铁分子的点群是D
5h
,如图:
甚至我们将容差值变到“很严格 (0.0001)
”,该结构也依然保持很好的D
5h
对称性,可见我们所构造的二茂铁分子是相当令人满意的。
附注:
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