POJ 2778 AC 自动机 + 矩阵快速幂

题意

传送门 POJ 2778

题解

初始化 $AC$ 自动机，将 $Trie$ 树上节点看做字符串的状态（字符串后缀模式），显然各节点有 $A,C,G,T$ 四种状态可以转移（对应了 $DNA$ 序列在末尾添加一个字符），且转移后节点依然在 $Trie$ 树上。

判断一个状态是否具有疾病基因，只要判断对应节点或节点的失配节点（即其后缀）是否对应了疾病基因即可。

构造矩阵，维度为 $Trie$ 节点数，即字符串可能的状态数，$mat[i][j]$ 代表从状态 $i$ 转移至状态 $j$ 有多少种转移方法。目标字符串长度为 $n$ 即从根节点（状态 $0$）转移 $n$ 次，矩阵快速幂求解，答案为 ${\sum }_{i为所有可能状态}mat[0][i]$。

#include <algorithm>
#include <cmath>
#include <cstdio>
#include <cstring>
#include <queue>
#include <vector>
using namespace std;
#define maxm 105
#define mod 100000
int ns, id['Z' + 1], trie[maxm][4], fail[maxm], virus[maxm];

void insert(char *s)
{
    int len = strlen(s), p = 0;
    for (int i = 0; i < len; i++)
    {
        int c = id[s[i]];
        if (!trie[p][c])
        {
            trie[p][c] = ns++;
        }
        p = trie[p][c];
    }
    virus[p] = 1;
}

void getFail()
{
    queue<int> q;
    for (int i = 0; i < 4; i++)
    {
        if (trie[0][i])
        {
            fail[trie[0][i]] = 0;
            q.push(trie[0][i]);
        }
    }
    while (!q.empty())
    {
        int p = q.front();
        q.pop();
        if (virus[fail[p]])
        {
            virus[p] = 1;
        }
        for (int i = 0; i < 4; i++)
        {
            if (trie[p][i])
            {
                fail[trie[p][i]] = trie[fail[p]][i];
                q.push(trie[p][i]);
            }
            else
            {
                trie[p][i] = trie[fail[p]][i];
            }
        }
    }
}

typedef long long ll;
typedef vector<ll> vec;
typedef vector<vec> mat;

mat mul(mat A, mat B)
{
    int n = A.size(), m = B[0].size(), w = B.size();
    mat C(n, vec(m));
    for (int i = 0; i < n; i++)
    {
        for (int j = 0; j < m; j++)
        {
            for (int k = 0; k < w; k++)
            {
                C[i][j] += A[i][k] * B[k][j];
            }
            C[i][j] %= mod;
        }
    }
    return C;
}

mat pow(mat A, int n)
{
    int m = A.size();
    mat B(m, vec(m));
    for (int i = 0; i < m; i++)
    {
        B[i][i] = 1;
    }
    while (n)
    {
        if (n & 1)
            B = mul(B, A);
        A = mul(A, A);
        n >>= 1;
    }
    return B;
}

mat construct()
{
    mat A(ns, vec(ns));
    for (int i = 0; i < ns; i++)
    {
        for (int j = 0; j < 4; j++)
        {
            if (!virus[i] && !virus[trie[i][j]])
            {
                ++A[i][trie[i][j]];
            }
        }
    }
    return A;
}

int main()
{
    int n, m;
    scanf("%d%d", &m, &n);
    ns = 1, id['A'] = 0, id['C'] = 1, id['G'] = 2, id['T'] = 3;
    char s[15];
    for (int i = 0; i < m; i++)
    {
        scanf(" %s", s);
        insert(s);
    }
    getFail();
    mat A = construct();
    A = pow(A, n);
    int res = 0;
    for (int i = 0; i < A[0].size(); i++)
    {
        res += A[0][i];
    }
    printf("%d\n", res % mod);
    return 0;
}