群体分层软件STRUCTURE使用

STRUCTURE软件使用马尔科夫链蒙特卡罗(MCMC)方法进行群体结构分析，在群体遗传学上得到了广泛应用。特别是在全基因组关联研究（GWAS）中，有时需要使用STRUCTURE软件计算获得群体结构数据。由于算法较为复杂，并且伴随几款其它软件使用，使得分析过程有些困难。这里以一个实例介绍软件安装、使用和分析计算过程，最后给出最优分群的Q矩阵。

一、STRUCTURE软件安装及应用

点击STRUCTURE网址，下载Windows版本Structure.msi安装。首先将电脑屏幕分辨率调整为较低水平（如800x600)，然后运行STRUCTUE，结果如下图所示：

下面以STRUCTURE自带的sample-data数据为例进行计算分析，该数据位于安装目录下的Examples子目录。

(1)  在D盘建立一个Examples目录，将sample_data文件拷贝到此目录下。

(2)  点击File -> New Project，出现如下对话框：

以上三栏中依次填上StrucTest、D:\Examples和D:\Examples\sample_data，然后点击Next按钮。

(3)  第2步根据数据特征填写如下内容：

(4)  本例第3步不添加任何信息：

(5)  第4步勾选如下内容：

(6)  点击Finish，出现如下所填写的信息：

点击Proceed, 至此完成项目建立。

(7) 在菜单中点击Parameter Set -> New, 对话框填写如下内容：

(8)  点击OK后，命名参数集为ParameterSet01:

(9)  点击确定后，窗口情形如下：

(10)  点击Project -> Start a job, 选择参数集ParameterSet01, 填写群体数目K从1到10，重复运行（run)10次：

(11)  点击Start, 开始计算：

(12)  经过约1小时30分钟完成计算，结果为从ParameterSet01_run_1_f到ParameterSet01_run_100_f共100个文件，存储在D:\Examples\StrucTest\Paramete