NetworkX的基本用法（转）

原文地址：NetworkX的基本用法（转） 作者：zhengw789

一、建立图或网络

1、无向图

在PythonWin 的Shell里输入：

import networkx as nx                            #导入NetworkX包，为了少打几个字母，将其重命名为nx
G = nx.Graph()                                        #建立一个空的无向图G
G.add_node(1)                                        #添加一个节点1
G.add_edge(2,3)                                     #添加一条边2-3（隐含着添加了两个节点2、3）
G.add_edge(3,2)                                     #对于无向图，边3-2与边2-3被认为是一条边
print G.nodes()                                       #输出全部的节点： [1, 2, 3]
print G.edges()                                       #输出全部的边：[(2, 3)]
print G.number_of_edges()                    #输出边的数量：1

这样就可以建立一个简单的无向图了。如果你的数据是存在文件里的，可以循环从文件中读取节点和边添加到G中。

2、有向图

有向图的建立方式和无向图基本类似，只是在上述代码的第二行，将G = nx.Graph() 改为 G = nx.DiGraph() 。需要注意的是，此时再添加边3-2与边2-3，则被认为是两条不同的边（可以试着运行上述代码，自己查看结果）。

同时，有向图和无向图是可以相互转化的，分别用到Graph.to_undirected() 和 Graph.to_directed()两个方法。

3、加权图（网络）

有向图和无向图都可以给边赋予权重，用到的方法是add_weighted_edges_from，它接受1个或多个三元组[u,v,w]作为参数，其中u是起点，v是终点，w是权重。例如：

G.add_weighted_edges_from([(0,1,3.0),(1,2,7.5)])

添加0-1和1-2两条边，权重分别是3.0和7.5。

如果想读取权重，可以使用get_edge_data方法，它接受两个参数u和v，即边的起讫点。例如：
print G.get_edge_data(1,2)                   #输出{'weight': 7.5}，这是一个字典结构，可以查看python语法了解它的用法。

二、调用图算法

NetworkX提供了常用的图论经典算法，例如DFS、BFS、最短路、最小生成树、最大流等等，非常丰富，如果不做复杂网络，只作图论方面的工作，也可以应用NetworkX作为基本的开发包。具体的算法调用方法我就不一一介绍了，可以浏览NX的在线手册http://networkx.lanl.gov/reference/algorithms.html，对每个算法都提供了详细的帮助文档和示例。下面只给出一个最短路算法的例子：

path=nx.all_pairs_shortest_path(G)     #调用多源最短路径算法，计算图G所有节点间的最短路径
print path[0][2]                                     #输出节点0、2之间的最短路径序列： [0, 1, 2]

三、小结

作为NetworkX学习笔记的第一部分，今天先简单介绍下NetworkX的安装与基本使用方法。后边有时间会陆续介绍：用NetworkX进行复杂网络拓扑结构统计指标计算、典型复杂网络建模（随机图、小世界、无标度等）以及复杂网络可视化的方法等，请感兴趣的朋友关注并提出批评与意见。