生信环境搭建
WSL2与Miniconda3
前言
生物信息学需要处理大量数据,然而在Windows系统下有些操作显得尤为复杂。例如,从NCBI中下载大量序列文件,在Windows系统下可能需要一个接着一个的下载(也许可以用爬虫爬取),这样就过于浪费时间。Linux系统下进行批量下载尤为容易
对于Windows用户,进行Linux系统的操作有三种选择,第一是Linux子系统WSL2;第二是虚拟机,例如VM;第三是双系统;这里推荐Linux子系统。
WSL全称Windows Subsystem for Linux,即Windows下的Linux子系统。
一、下载WSL2
1.首先了解你的电脑版本,找到适用你电脑的wsl版本。
2.你需要打开控制面板
3.打开“程序”
4.选择启用或关闭Windows功能,并打开“适用于Linux的Windows子系统”,最好关机重启一次
5.用管理员身份打开Windows PowerShell
输入下列代码:
dism.exe /online /enable-feature /featurename:VirtualMachinePlatform /all /norestart
6.打开Microsoft下载相应的Ubuntu
我第一次下载的是第二个版本,但是老是打不开,显示wsl --shutdown
。
下载第一个之后能打开,但是出现了0x800701bc Error: 0x800701bc WSL 2 ???
在网上搜索一番后发现是内核没有升级。可以通过以下链接下载升级文件。然后重启电脑(这里参考了华墨1024写的文章)
下载升级文件地址:https://wslstorestorage.blob.core.windows.net/wslblob/wsl_update_x64.msi
之后就可以正常使用啦!
如果使用Microsoft store安装ubuntu出错或者下载不了,可以使用管理员身份运行powershell,输入:
wsl --install -d ubuntu
下载终端
二、安装Miniconda3
打开wsl2,输入以下命令:
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下载完成后,给予权限:
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
而后运行软件:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
而后激活conda,如果遇到conda: command not found
原因是~/.bashrc文件没有配置好。
输入
vim ~/.bashrc
然后在最后一行输入,YOUR_NAME是你的用户名
export PATH=$PATH:/home/YOUR_NAME/miniconda3/bin
而后激活miniconda3就可以啦
三、安装Anaconda
anaconda的安装和Miniconda的安装非常相似。
anaconda_Linux64位版本,输入以下命令即可下载
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.04-Linux-x86_64.sh
总结
以上就是关于wsl2以及miniconda3的安装啦!如果解决了你的问题可以留下赞再走哦!