29、基础局部比对搜索工具（BLAST）详解

palm99

于 2025-09-20 09:16:59 发布

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分类专栏：生物序列分析入门文章标签： BLAST FASTA 序列比对

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基础局部比对搜索工具（BLAST）详解

1. BLAST 算法简介

BLAST 算法是一种用于进行序列相似性搜索的新方法，它比 FASTA 算法更快，同时保持了相当的灵敏度。美国国立医学图书馆（NCBI）建立了一个专门运行 BLAST 的强大计算机系统。用户可以通过互联网（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）以网站形式访问该 BLAST 系统，也可以通过 BLAST 电子邮件服务器进行访问。此外，还有许多其他网站也提供 BLAST 数据库搜索服务。

除了 NCBI 开发的 BLAST 程序外，华盛顿大学也开发了一套独立的 BLAST 程序。这些程序使用与 NCBI - BLAST 相同的方法进行相似性搜索，并生成带空位的局部比对结果。不过，用于评估序列相似性得分的统计方法有所不同，因此 WU - BLAST 和 NCBI - BLAST 可能会产生不同的结果。

1.1 BLAST 与 FASTA 的比较

BLAST 和 FASTA 都通过先搜索查询序列和每个数据库序列中的共同单词或 k - 元组来提高序列比对的速度。但 FASTA 会搜索所有相同长度的可能单词，而 BLAST 则将搜索范围限制在最具显著性的单词上。对于蛋白质序列，显著性是通过使用 BLOSUM62 氨基酸替换矩阵中的对数优势得分来评估这些单词匹配确定的。在 BLAST 算法中，蛋白质的单词长度固定为 3（以前为 4），核酸的单词长度为 11（如果序列在所有六个阅读框中翻译，则为 3）。理论上，FASTA 对 DNA 序列数据库的搜索更灵敏，因为它可以使用更短的单词长度。