gromacs水分子(spc)全原子力场(opls-aa)模拟

1 环境需求

• 系统环境: Ubuntu 18.04.4 LTS
• gromacs版本: 2020.3

2 开始模拟

2.1 准备模拟目录

mkdir -p /data/sim/
cd /data/sim/

2.2 生成拓扑文件

echo '#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
#include "oplsaa.ff/spc.itp"

[ System ]
SPC

[ Molecules ]' > /data/sim/topol.top

其中[System]项表示这个要模拟的系统的名字，可任取

2.3 生成结构文件

cd /data/sim/
gmx solvate -cs spc216 -o conf.gro -box 2.3 2.3 2.3 -p topol.top

• -cs指定使用的溶剂, 这里选择了水分子spc模型.
• -box指定了盒子大小，这里为2.3 nm
• -o指定了输出文件
• -p指定拓扑文件

2.4 下载参数文件

cd /data/sim/
wget https://www.svedruziclab.com/_downloads/89cada9d714f7d1d7e86e78f3dc26146/mdp.tar.gz
tar xf mdp.tar.gz
# 修改相关参数, 减少运行时间
sed -i "s#tau_p                    = 2.0#tau_p                    = 6.0#g" eql2.mdp
sed -i "s#nsteps                   = 500000#nsteps                   = 50000#g" eql2.mdp
sed -i "s#tau_p                    = 2.0#tau_p                    = 6.0#g" prd.mdp
sed -i "s#nsteps                   = 500000#nsteps                   = 50000#g" prd.mdp

2.5 模拟

2.5.1 最小化能量

cd /data/sim/
gmx grompp -f mdp/min.mdp -o min -pp min -po min
gmx mdrun -deffnm min

• -f 表示读取的最小化能量的参数文件
• -o 生成的xdr文件
• -pp 处理过的拓扑文件(这里指的是checkpoint)
• -po 处理过的mdp文件(这里指的是checkpoint)
  gromacs默认情况下每15min或是最后一次迭代步时会保存checkpoint

下面是利用checkpoint进一步做系统能量最小化:

cd /data/sim/
gmx grompp -f mdp/min2.mdp -o min2 -pp min2 -po min2 -c min -t min
gmx mdrun -deffnm min2

• -c指定结构文件
• -t指定checkpoint

2.5.2 控温(NVT)

cd /data/sim/
gmx grompp -f mdp/eql.mdp -o eql -pp eql -po eql -c min2 -t min2
gmx mdrun -deffnm eql

2.5.3 控压(NPT)

cd /data/sim/
gmx grompp -f mdp/eql2.mdp -o eql2 -pp eql2 -po eql2 -c eql -t eql
gmx mdrun -deffnm eql2

2.5.4 模拟

cd /data/sim/
gmx grompp -f mdp/prd.mdp -o prd -pp prd -po prd -c eql2 -t eql2
gmx mdrun -deffnm prd

参考

• https://www.svedruziclab.com/tutorials/gromacs/1-tip4pew-water/
• http://www.mdtutorials.com/gmx/
• https://jerkwin.github.io/9999/10/31/GROMACS%E4%B8%AD%E6%96%87%E6%95%99%E7%A8%8B/