anaconda使用相关问题

conda、miniconda和anaconda的区别

• Conda是一个包管理器，Anaconda是一个发行包
  conda可以理解为一个工具、一个可执行命令，其核心是管理包和环境。包的管理类似pip，环境管理则是允许用户安装不同版本的python并快速切换
• Anaconda是一个打包好的大工具，里面除了有conda、某个版本的python、很多很多python包外，还有一些工具，比如jupyter notebook、RStudio等
• miniconda类似anaconda，但是只包含python和conda，还有相关的依赖项，就是最最紧凑的那种，适合空间有限的用户

常用命令

win10切换环境

activate XXX

以下是linux命令：

1. 展示所有环境

conda env list

2. 展示所有的环境名称及路径

conda info -e

3. 进入默认环境。如果进入指定环境，后跟环境名称。

conda activate

4. 如果想进入一个没有名称的环境，可以：

conda activate <env_path>

5. 退出

conda deactivate 

6. 删除环境及里面的内容

conda env remove --name xxx

7. 迁移环境
   （name是新名称，path是原路径）

conda create -n name --clone path

修改路径需要看：
/etc/profile 全局变量
~/.bashrc 当前用户用的变量
miniconda路径/etc/profile.d 下面的conda.csh conda.sh
检查完，如果输入export，输出仍然不对，那么用下面这种语句直接改
export PATH=$PATH:/XXX/XXX
export CONDA_EXE=/home/bioinfo/miniconda2/bin/conda

如何查看linux环境变量加载顺序？

报错解决

Linux系统Anaconda目录迁移后使用conda命令出现“坏的解释器”的解决方法

要修改conda的bin目录下的conda文件。那个头部有用到python解释器，所以那个路径也要改。如果bin下还有pip和pip3，也要修改

(study) C:\Users\xiaoyi.pang>conda install blasr
Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

UnavailableInvalidChannel: The channel is not accessible or is invalid.
  channel name: project
  channel url: https://pypi.org/project
  error code: 404

You will need to adjust your conda configuration to proceed.
Use `conda config --show channels` to view your configuration's current state,
and use `conda config --show-sources` to view config file locations.

解决：

(study) C:\Users\xiaoyi.pang>conda config --remove-key channels

(study) C:\Users\xiaoyi.pang>conda config --show channels
channels:
  - defaults

(study) C:\Users\xiaoyi.pang>conda config --add channels https://repo.continuum.io/pkgs/free/win-64/

(study) C:\Users\xiaoyi.pang>conda config --add channels https://repo.continuum.io/pkgs/main/win-64/

(study) C:\Users\xiaoyi.pang>conda config --set show_channel_urls yes

(study) C:\Users\xiaoyi.pang>conda config --show channels
channels:
  - https://repo.continuum.io/pkgs/main/win-64/
  - https://repo.continuum.io/pkgs/free/win-64/
  - defaults