Ubuntu安装singularity报错记录

项目场景：

需要用singularity执行nextflow命令

权衡了一下决定登录root账号安装了，因为有很多依赖。

参考文章：1、2官方文档

步骤：1.安装依赖

2.安装go=1.15；；（这些跟着做都没问题)

3.安装singularity=3.6.2；；(报错)

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问题描述1

直接使用官方文档的语句：

export VERSION=3.6.2 && \
    wget https://github.com/sylabs/singularity/archive/refs/tags/v${VERSION}.tar.gz && \
    tar -xzf singularity-${VERSION}.tar.gz && \
    cd singularity

会报错：HTTP request sent, awaiting response... 404 Not Found

命令行输出为：

--2022-05-17 17:10:36--  https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v3.6.2/singularity-3.6.2.tar.gz
Resolving github.com (github.com)... 140.82.112.4
Connecting to github.com (github.com)|140.82.112.4|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 404 Not Found
2022-05-17 17:10:37 ERROR 404: Not Found.

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原因分析：

有人建议换源，我不会；还有什么先建个域名啥的，我看不懂；

最终看到有人遇到的原因是下载地址并不是默认的直接后加文件名，所以我根据官方文档的说明，选择github网站上tags下的v3.6.2版本，复制了这个下载网址到wget命令，结果报错

Resolving codeload.github.com (codeload.github.com)... failed: Name or service not known.
wget: unable to resolve host address ‘codeload.github.com’
 

命令行输出：

--2022-05-17 17:33:33--  https://github.com/sylabs/singularity/archive/refs/tags/v3.6.2.tar.gz
Resolving github.com (github.com)... 140.82.112.4
Connecting to github.com (github.com)|140.82.112.4|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... No data received.
Retrying.

--2022-05-17 17:35:35--  (try: 2)  https://github.com/sylabs/singularity/archive/refs/tags/v3.6.2.tar.gz
Connecting to github.com (github.com)|140.82.112.4|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 302 Found
Location: https://codeload.github.com/sylabs/singularity/tar.gz/refs/tags/v3.6.2 [following]
--2022-05-17 17:35:36--  https://codeload.github.com/sylabs/singularity/tar.gz/refs/tags/v3.6.2
Resolving codeload.github.com (codeload.github.com)... failed: Name or service not known.
wget: unable to resolve host address ‘codeload.github.com’

解决方案：

可能是wget本身不能这样用，所以我决定直接下载tar.gz放到/usr/local/,接着跟着原文章执行。

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问题描述2：

中间执行./mconfig报错：

 E: Not inside a git repository and no VERSION file found. Abort.

解决方案：

命令行先执行：

echo 3.6.2 >> VERSION

中间还有个小错 提示unable to find the cryptsetup program, is the package cryptsetup-bin installed?

直接 conda install cryptsetup-bin

其次：根据官方文档的提示我在./mconfig 时加了前缀--prefix到自己账号的路径，但是之前有先执行了一遍每家前缀的，不知道后面的报错和这有没有关系。

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问题描述3：

1.命令：make && make install

报错：

Makefile:467: recipe for target '/usr/local/singularity-3.6.2/scripts/go-generate' failed
make: *** [/usr/local/singularity-3.6.2/scripts/go-generate] Error 1

 解决：执行

make clean

  ，之前有一次误执行了echo 3.8.3 >> VERSION ，所以可以看到makefile对应行处有不合理的地方，把3.8.3删去，然后删除之前生成的东西重新执行make

2.命令：make && make install

报错：

/bin/sh: 1: /usr/local/singularity-3.6.2/scripts/go-generate: Permission denied
Makefile:153: recipe for target '/usr/local/singularity-3.6.2/internal/pkg/buildcfg/config.go' failed
make: *** [/usr/local/singularity-3.6.2/internal/pkg/buildcfg/config.go] Error 126

解决：执行

$ cd /usr/local/singularity-3.6.2/scripts/

$ chmod 777 go-generate

$ make clean

3.命令：make && make install

报错：

 GEN GO DEP /usr/local/singularity-3.6.2/builddir/starter.d
go: github.com/Netflix/go-expect@v0.0.0-20190729225929-0e00d9168667: Get "https://proxy.golang.org/github.com/%21netflix/go-expect/@v/v0.0.0-20190729225929-0e00d9168667.mod": dial tcp 142.251.42.241:443: i/o timeout
 GEN GO DEP /usr/local/singularity-3.6.2/builddir/singularity.d
go: github.com/Netflix/go-expect@v0.0.0-20190729225929-0e00d9168667: Get "https://proxy.golang.org/github.com/%21netflix/go-expect/@v/v0.0.0-20190729225929-0e00d9168667.mod": dial tcp 172.217.160.81:443: i/o timeout
 GO singularity
    [+] GO_TAGS "containers_image_openpgp sylog oci_engine singularity_engine fakeroot_engine apparmor selinux seccomp"
go: github.com/Netflix/go-expect@v0.0.0-20190729225929-0e00d9168667: Get "https://proxy.golang.org/github.com/%21netflix/go-expect/@v/v0.0.0-20190729225929-0e00d9168667.mod": dial tcp 142.251.42.241:443: i/o timeout
Makefile:171: recipe for target 'singularity' failed
make: *** [singularity] Error 1

搜索了很长时间，并没有其他不一样的报错原因，几乎都是make clean 或者是代码编写有中英文编写问题，但我的makefile应该是没错的，所以怀疑是dial ..i/o timeout的原因。

开始搜索解决方案：发现问题是https://proxy.golang.org

需要换成国内代理地址，参考链接：

1

2goproxy.cn

因为有很多参考，我都看迷糊了，跟着换了好多命令，但是依旧报了完全一样的错误。直到有一次命令换成 GO111MODULE=off，报错和这一篇文章一样，文章提示可能是环境中存在其他的GOPROXY变量，因此我开始在系统中查询环境变量，结果，我不会查。。。

解决方案：

然后随手点开singularity的makefile查询了一下GOPROXY，发现原来是这里已经定义了环境变量。。在此处进行修改后，问题解决。

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问题描述4：

root@mrilab:/usr/local/singularity-3.6.2/builddir# sudo make && make install
 GO singularity
    [+] GO_TAGS "containers_image_openpgp sylog oci_engine singularity_engine fakeroot_engi   ne apparmor selinux seccomp"
# github.com/sylabs/singularity/internal/pkg/util/fs/squashfs
../internal/pkg/util/fs/squashfs/squashfs.go:25:17: undefined: buildcfg.SINGULARITY_CONF_FI   LE
# github.com/sylabs/singularity/internal/pkg/util/bin
../internal/pkg/util/bin/bin.go:37:14: undefined: buildcfg.SINGULARITY_CONF_FILE
../internal/pkg/util/bin/bin.go:53:5: undefined: buildcfg.CRYPTSETUP_PATH
../internal/pkg/util/bin/bin.go:70:6: undefined: buildcfg.CRYPTSETUP_PATH
../internal/pkg/util/bin/bin.go:74:10: undefined: buildcfg.CRYPTSETUP_PATH
# github.com/sylabs/singularity/internal/pkg/util/starter
../internal/pkg/util/starter/starter.go:59:27: undefined: buildcfg.LIBEXECDIR
../internal/pkg/util/starter/starter.go:62:26: undefined: buildcfg.LIBEXECDIR
../internal/pkg/util/starter/starter.go:118:25: undefined: buildcfg.LIBEXECDIR
# github.com/sylabs/singularity/internal/pkg/plugin
../internal/pkg/plugin/create.go:98:23: undefined: buildcfg.SOURCEDIR
../internal/pkg/plugin/create.go:100:96: undefined: buildcfg.SOURCEDIR
../internal/pkg/plugin/create.go:106:23: undefined: buildcfg.SOURCEDIR
../internal/pkg/plugin/meta.go:26:12: undefined: buildcfg.PLUGIN_ROOTDIR
../internal/pkg/plugin/module.go:151:33: undefined: buildcfg.SOURCEDIR
Makefile:171: recipe for target 'singularity' failed
make: *** [singularity] Error 2

我隐约记得找其他资料的时候发现过未定义的问题，但后来死活找不见了。在github的issue上有人问Undefined buildcfg variables when compiling Singularity，他的singularity安装过程和错误都跟我的很类似，结果没有解决问题。

有人提示要把singularity放到go文件夹下，我照做了放在/usr/local/go处，但从报错来看，好像因为之前的步骤设置，导致编译时，各种文件还是去原来的singularity文件夹下找了。删除原来的也不行。放弃了。

我又搜索了”执行go时报错 :undefined“类似词条，有人说是多个.go文件需要同时编译，执行 go run  *.go 报错没有这文件，显然这句命令不能这么直接用，我懒得跑到.go所在的地方执行，遂放弃。还有一个可能原因，懒得看懂。

躺平了，重新执行了一次 make && make install  奶奶的成功了。怀疑是一开始加了sudo的锅。

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问题描述5：

通过命令行输出可以看到，singularity确实是按照之前的./mconfig是加的prefix安装到了我的账号下面。

直接在命令行中查询singularity，会报没有该命令

我按照官方文档提示的把"./我的路径/singularity/etc/bash_completion.d/singularity"加到了我的.bashrc文件中，

依旧报错；

把./我的路径/singularity/bin加入path变量

成功。（虽然显示了3.8.3+3.6.2，不过应该问题不大，有问题再说吧）