freesurfer使用

一.做灰白质分割

我的目的是得到某被试的脑白质mask。

1.首先找了freesurfer教程，直接打开了freeview；

2.可视界面中没有直接的wmseg功能；

3.去使用freeview的手册查询wmseg（开始怀疑这种操作不叫该名词..），查了手册看不懂；

4.找视频教程先google英文看不懂，转b站没找到合适标题的。后师兄推荐了一节课是recon-all的。发现此操作得到的结果中有wm.mgz

5.对比已有白质模板数据，分割应该是对的，

6.需要将其由grayscale转为binary；明明colormap可以选择binary，但一直找不到export setting，搜索也没有资料说明。

后面发现已有的模板打开时也是grayscale图像，最终决定按照已有的mask数据把wm.mgz的grayscale改成一致的，成功了，特意对比binary模式，发现一致

数据为：

娘的，终于。。我真蠢，真的。

6.补充 灰度转二值图，用freesurfer还是不行，没有办法在freeview中对灰度设定值进行保存，最终，决定用python，import nibabel，自己写了一个很简单的灰度变换代码。

二、文件格式转换

百度看到

mri_convert [option] <input volume> <output volume>

在freesurfer中看了mri_convert的使用方法，发现支持mgz与nii.gz互相转换，芜湖~~