精选| 2021年9月R新包推荐(第58期)

本文介绍了2021年9月在CRAN上发布的220个R包中的40个精选包,涵盖计算方法、数据、艺术、计量经济、金融保险、基因组学、机器学习、医药学、网络与图形、科学、统计学、时间序列、应用工具、可视化等多个领域。这些包提供了各种功能,如统计模拟、数据处理、基因组信号标准化、机器学习算法、网络稳定性和疫苗效力评估等。

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翻译:黄小伟,目前就职有赞数据分析团队!

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2021年9月,220个R新包收录于CRAN(2021年8月份收录160个),累计收录约19,862个R包!此次选摘了40个R包(14个类别),分布结构如下:

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一. 计算方法

1. abmR: 提供运行agent-based models (ABM) 的工具,如 Gochanour 等人所述 (2021), 包括两个基于Ornstein-Uhlenbeck 模型 (1930) 的运动函数.

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2. SemiEstimate: 实现了一种基于隐式分析的两步牛顿-拉夫森(Newton-Raphson)迭代的改进方法.

3. SimEngine: 支持在本地和集群计算环境中构造、维护、运行和调试统计模拟.

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二. 数据

1. asylum: 提供来自英国内政部的庇护和重新安置数据.

2. hockeyR: 提供从 NHL.com 和 Hockey-Reference.com 抓取曲棍球比赛数据的功能,包括积分榜、球员统计数据和球衣号码历史记录.

3. yowie: 提供1979年至2018年全国青年工资数据集和若干人口统计变量,包括:最高完成年级至高中的工资数据、高中辍学学生的工资数据、1979年调查年度人口统计数据等.

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三. 艺术

1. rfishdraw: 支持使用fishdraw JavaScript库自动生成fish图形.

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四. 计量经济

1. COINr:实现复合指标和记分板的开发环境,包括构建(指标选择、命名、插补、数据处理、归一化、加权和聚合)、分析(多元分析、相关绘图).

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2. spflow: 提供用于估计始发地-目的地流量的空间计量经济模型的函数,该模型可能在因变量和解释变量中表现出空间自相关.

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五. 金融保险

1. DOSPortfolio: 根据Bodnar等人(2021年)的推导,对在给定再分配点重建的全局最小方差投资组合的权重实施动态最优收缩估计.

2. SPLICE: 扩展个人索赔模拟器( SynthETIC),以模拟保险索赔整个生命周期内发生的损失案例的演变.

六. 基因组学

1. MAnorm2: 实现了一种用于标准化单个样本或样本组的 ChIP-seq 信号的方法,以及一个统计模型系统,用于调用两个或多个生物条件之间的差异 ChIP-seq 信号.

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2. RevGadgets: 提供处理、可视化RevBayesphylogenetic图形建模软件中,复杂系统演化分析输出的功能.

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七. 机器学习ML

1. morphemepiece: 提供通过表查找或修改的词条标记化算法将文本标记化为语素的功能.

2. NIMAA: 实现了一个数据挖掘管道,可以有效地发现数据之间的特殊关系.

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八. 医药学

1. gapclosing: 提供函数来估计在治疗变量(例如大学)被均衡时持续存在的类别(例如黑人和白人)之间的差异.

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2. iDOVE: 实施一种非参数最大似然法,用于评估在交错登记和时变社区传播情况下针对SARS-CoV-2感染的潜在时变疫苗效力.

3. powerly: 实现Constantin et al.(2021)提出的网络模型样本量计算方法,该方法采用三步递归算法的形式,在给定模型规范和性能指标的情况下,找到最佳样本量.

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4. ppseq: 提供使用顺序预测概率监测、设计临床试验的功能.

九. 网络与图形

1. multigrapher: 实施Shafie(2015)介绍的分析多重图的方法和模型,包括研究局部和全局特性以及拟合优度测试的方法.

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2. nevada:实现网络值数据分析的统计框架,该框架利用了图上分布空间的复杂性.

3. robber: 如 Chabert-Liddell 等人所述,使用多种方法来计算具有二元相互作用的生态网络的稳健性.

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十. 科学

1. argoFloats: 支持对 Argo 自主漂流剖面浮标记录的海洋数据进行分析.

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2. biosurvey: 提供工具允许用户规划采样点系统,以提高生物多样性监测的效率.

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3. HostSwitch: 支持研究与当前和潜在宿主相互作用的有机体种群中宿主的动态变化.

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十一. 统计学

1. cvam: 扩展R对分类变量(因子)的实现,以处理粗化的观察结果,并为粗化的分类数据(包括潜在类模型)实现了对数线性模型.

2. JustifyAlpha: 通过避免Lindley悖论,或通过最小化或平衡错误率,为统计假设测试提供证明α水平的函数.

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3. sphunif: 提供函数来测试圆和超球面的均匀性.

4. spatialRF: 实现自动生成和选择随机森林空间回归的空间预测因子的方法.

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5. vdra: 实现三个协议,用于在多个数据伙伴之间对垂直分区的数据执行安全的线性、逻辑和Cox回归,从而使数据不在数据伙伴之间共享.

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十二. 时间序列

1. GlarmaVarSel: 在高维稀疏GLARMA模型中实现变量选择功能.

2. mrf: 利用基于Haar小波变换的特征提取算法,实现了一种预测单变量时间序列的方法.

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十三. 应用工具

1. colorblindcheck: 提供将色板与色觉缺陷模拟进行比较的功能,这些色觉缺陷包括双目盲、原盲和三盲。它包括颜色之间距离的计算,并创建调色板之间差异的摘要和颜色视觉缺陷的模拟.

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2. filearray: 通过OpenMP使用千兆字节级别的多线程读/写实现用于内存不足计算的文件备份阵列.

3. httr2: 实现用于创建和修改HTTP请求、执行请求以及处理结果的工具。httr2是对httr的现代再改进,它使用基于管道的接口,解决了API包装包面临的更多问题.

4. quadtree: 提供用于处理空间数据的区域四叉树,从而允许可变大小的单元.

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5. tabxplor: 实现用于创建、操作和颜色高亮显示交叉表的工具,并将其导出为Excel或HTML格式和颜色.

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十四. 可视化

1. bittermelon: 提供创建和修改位图的功能,特别强调位图字体及其图示符,包括对十六进制和yaff位图字体格式的本机读/写支持.

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2. d3po: 实现了一个Apache许可的Highcharter替代方案,该替代方案提供了用于降价和折扣的交互式可视化功能.

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3. ggHoriPlot:实现geom_horizon()和其他函数,以使用ggplot2构建水平图.

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4. plotbb: 提供了实现基本R图语法的概念证明.

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5. semptools: 实现用于自定义可以使用管道运算符链接的结构方程图的函数.

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说明:限于个人水平,错误之处难免,烦请批评指正,共同交流~

https://rviews.rstudio.com/2021/10/28/september-2021-top-40-new-cran-packages/

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