Jalview | 多序列比对图中显示序列标识

上篇多序列比对软件Jalview的安装及使用体验介绍了Jalview可一站式完成：多序列比较、图形的美化及编辑；使用的比对方法、算法丰富；图形美观、颜色多样，被不少遗传领域SCI文章所使用。

本篇进一步介绍用Jalview绘制Sequence logo及系统发育树。

展示Sequence logo图

序列标识图 (Sequence logo)就是序列的残基Logo，它是以图形的方式依次绘出序列比对中各个位置上出现的残基，每个位置上残基的累积可以反应出该位置上残基的一致性。每个残基对应图形字符的大小与残基在该位置上出现的频率成正比。但图形字符的大小并不等于频率百分比，而是经过简单统计计算后转化的结果。

实操

调整颜色 - 选Clustalx默认色

调整Logo背景

Logo白背景

移动序列的起始位置

有时会遇到序列遮挡到序列标签的情况 (本例中无遮挡)，这就需要调整序列标签与序列的空隙。将鼠标放到箭头所示的位置，可进行拖动。

调整字体

如果想调整字体大小，让序列在文章中显示的更加清楚，可按照如下操作 (Format -> Font)。

调整序列的字体、大小和风格

系统发育树

首先选中比对序列 (下图红框)，按照如下操作

Calculate

选择比对算法

序列的剪辑

文章中一般只展示目标区域，需对序列进行裁剪。首先用鼠标选中裁剪区域 (上方红色区域)。

再点击"Edit"，选择"Deleta"进行删除

总 结

Jalview的序列标识图比较美观，整体的美化和裁剪操作也很方便。导出图片后 (导出方法可参考之前推文)，可利用AI等工具进一步修图，例如只保留序列比对图和序列标识图，并与前期的家系分析图和一代测序峰图合并、保存，最终插入到文章中使用。

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