专家点评Science | 朱冰/许瑞明合作团队报道CpG岛结合蛋白BEND3作用机制-CSDN博客

表观对基因表达的调控过去主要聚焦在对当前状态的调控，近期我们的几个工作则触及了对未来状态的调控。我们之前发表的信号诱导的增强子DNA去甲基化使基因可以对信号产生记忆，在再次遇见同一信号时产生更强更快更灵敏的转录激活。本工作则发现在胚胎干细胞中敲除BEND3导致其高度富集的靶基因上出现H3K27三甲基化的下调。这并不影响这些基因在当前状态的表达，因为相应的信号和转录因子还没有到来。有趣的是这些基因一旦响应信号进入分化就会被过早激活，导致分化和发育的失败。所以BEND3和H3K27三甲基化确保了这些基因在将来慢慢地被激活。这和以往研究较多的Priming（蓄势待发）现象正好相反，我们给它取了个名字叫做Reining（戒急缓发）。- 朱冰老师

点评 | 吴旭东（天津医科大学）

责编 | 酶美
来源 | Bioart

CpG岛是脊椎动物基因组上的重要调控序列，常出现在活跃的管家基因（housekeeping genes）以及发育相关的二价基因（bivalent genes，同时存在激活性的H3K4me3和抑制性的H3K27me3组蛋白标记）的启动子区域。2021年，瑞士弗里德里希·米歇尔生物医学研究所Dirk Schübeler课题组发现，序列特异性转录因子 BANP能够结合并激活一部分含有CpG岛启动子的必需基因的表达【1】。而同样含有CpG岛启动子的二价基因，是否也会受到序列特异性结合蛋白的调控并不清楚。

2022年2月10日，中国科学院生物物理研究所朱冰课题组和许瑞明课题组合作，在Science杂志在线发表题为Highly enriched BEND3 prevents the premature activation of bivalent genes during differentiation的研究论文，报道了CpG岛结合蛋白BEND3在特定的二价基因上高度富集并防止这些基因在分化过程中过早激活。

在该研究中，研究人员发现BEND3能够特异性结合在含有CpG岛的活跃基因和二价基因的启动子区域（图1A），并解析了最关键的第四个BEN结构域结合DNA基序的共结晶结构（图1B），为BEND3序列特异性和DNA甲基化敏感结合特性提供了结构依据。

图1 BEND3富集在含有CpG岛的活跃基因和二价基因的启动子区域。

研究人员发现BEND3敲除的小鼠胚胎会在原肠胚形成阶段死亡。通过体内畸胎瘤形成实验和体外分化实验，研究人员发现 BEND3敲除的小鼠胚胎干细胞丧失了分化的能力。为了找到发育和分化缺陷的分子机制，研究人员利用体外类胚体分化（EB分化）实验，结合RNA-seq 技术，发现数百个被BEND3高度占据的二价基因在分化早期被异常激活。结合各种表观组学分析，研究人员发现Bend3敲除会导致一部分富含BEND3的二价基因启动子上SUZ12（PRC2复合物的核心成分）和H3K27me3水平的下降。这些下降虽然不会立刻导致基因转录的改变，但会造成这些失去了PRC2和H3K27me3保护的二价基因在分化过程中在不恰当的时间被错误地提前激活，最终导致发育和分化的失败。

在胚胎干细胞中，二价启动子（bivalent promoter），即同时存在激活性的H3K4me3和抑制性的H3K27me3组蛋白标记，通常被认为将发育相关基因维持在Priming （蓄势待发）的状态，以备在分化时快速激活。然而在小鼠胚胎干细胞中敲除MLL2能够特异性去除二价基因上的H3K4me3修饰，却不影响这些基因的激活动力学过程【2】。本研究则提出二价启动子上了H3K27me3修饰的重要性，H3K27me3在分化前期可以起到“手刹”的作用，使二价基因处于reining （戒急缓发）的状态，防止它们过早激活，从而保障发育过程中基因的时空特异性地表达。

朱冰研究员与许瑞明研究员为本文的通讯作者，朱冰课题组张晶博士，张彦博士，许瑞明课题组游庆龙博士为本文的共同第一作者。

专家点评

吴旭东（天津医科大学）

高等脊椎动物基因组一个特征是含有CG高度富集的序列，这样的区域被称之为CpG岛，往往处于非甲基化状态，与多数基因的启动子重合。考虑到CpG岛长度、CG丰度、序列特异性、GC偏移、甚至局部转录状态等复杂性，CpG岛结合蛋白的多样性对实现时空特异或者精细的转录调控至关重要，因此鉴定CpG岛结合蛋白和研究相应调控机制是表观遗传学研究的一个热门方向。

目前发现的CpG岛结合蛋白主要有三大类：1）含有CXXC结构域的蛋白如CFP1, KDM2A/B, TET1等，2）含有非典型WH(翼状螺旋结构)的蛋白如Polycomb like(PCL)家族蛋白和SAMD1等，3）某些特殊转录因子如BANP。

中科院生物物理所朱冰教授团队在前期hmC（羟甲基化胞嘧啶）结合蛋白鉴定时意外发现一个功能不详的蛋白BEND3倾向于结合非甲基化胞嘧啶（Xiong, Mol Cell 2016）。在此基础上，他们展开了后续研究。在这篇文章中，他们进一步揭示了BEND3在体内结合CpG岛的染色质特征，明确了其结合基序，并揭示了BEND3一个特殊的BEN结构域（BEN4）结合DNA的结构学基础。尽管和BANP的结合基序很相似，但是BEND3不像BANP局限于转录激活基因的CpG岛，它也分布于Polycomb家族蛋白富集的转录沉默基因的CpG岛（表现为bivalent状态）。功能方面，纯合的BEND3基因敲除小鼠胚胎在着床后很快死亡（E3.5-E6.5），其机制主要是BEND3缺失不利于PRC2的结合和活性，导致部分bivalent基因在没有足够分化发育信号的情况下过早发生转录激活，并且BEND3结合基序越多、结合水平越高的bivalent基因的表达上调越显著，从而影响了正常的分化发育进程。基于BEND3基因敲除导致的表型比PRC1或PRC2核心基因敲除的小鼠表型更为严重，BEND3可能同时影响了这两类复合体。另外值得一提的是，BEND3缺失的胚胎干细胞中其靶基因表达没有显著上调、染色质开放性不变的情况下，PRC2的结合仍然显著受到影响，所以BEND3对PRC2的调控作用应该是非转录依赖性的，具体机制尚不清楚。

总之，本研究为CpG岛的转录调控增添了新的元素，阐明了BEND3这一序列特异性蛋白广泛结合而又精准调控的作用和机制，当然，对CpG岛其它染色质特征的影响和深层次的生物学意义还有待进一步揭示。这项创新性的研究也为其它DNA序列所指导的表观遗传调控研究起到了很好的范式作用。

原文链接：

http://doi.org/10.1126/science.abm0730

制版人：十一

参考文献

1. R. S. Grand et al., BANP opens chromatin and activates CpG-island-regulated genes. Nature 596, 133-137 (2021).

2. D. Hu et al., The Mll2 branch of the COMPASS family regulates bivalent promoters in mouse embryonic stem cells. Nat Struct Mol Biol 20, 1093-1097 (2013).