Nature | 重磅！国际合作，9500+个开花植物参考基因组绘制新生命之树-CSDN博客

本文报道了一项基于核基因的研究，详细描绘了被子植物的系统发育树，解决了达尔文的恼人之谜，并揭示了两次主要的多样化事件与地球历史时期的关系。研究强调了国际合作和开放数据的重要性，为生态保护和全球气候变化应对提供资源。

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大约1.5亿年前，地球上的生命经历了一场深刻的变革，这得益于庞大族群的迅速崭露头角：那便是开花植物，或称被子植物。木兰、睡莲以及众多已消逝的早期植物，通过光合作用不断向大气中释放氧气，它们的花蜜与果实为昆虫和其他动物带来了全新的食物来源，为构建更为复杂、多元化的生态系统注入了源源不断的动力。这些生态系统，时至今日，仍然掌控着地球的生命脉络。

1.5亿年前被子植物开始繁盛

被子植物，即我们常说的有花植物，占据了陆地植物种类的九成之多。然而，它们的起源和早期快速演化问题一直让科学家们感到困惑，达尔文甚至将其称为“恼人之谜”。这一难题也持续吸引着植物学、进化生物学和古生物学领域的专家们的关注。

如今，得益于公共数据库的丰富资源，我们可以轻松获取大量的质体基因数据，为生物学研究，尤其是分类学提供了有力的支持。然而，值得注意的是，质体基因大多遵循母系遗传规律，因此它们往往只能揭示进化故事的一个侧面。为了更全面、准确地理解被子植物的进化历程，我们还需要综合其他遗传信息，以期揭开这一“恼人之谜”的全貌。

英国皇家植物园邱园的植物和菌物生命之树（PAFTOL）研究团队精心设计了针对被子植物尺度的353个核基因探针，命名为Angiosperms353。

We used multiple sequence alignments from over 600 angiosperms for 353 putatively single-copy protein-coding genes identified by the One Thousand Plant Transcriptomes Initiative to design a set of targeted sequencing probes for phylogenetic studies of any angiosperm group. To maximize the phylogenetic potential of the probes, while minimizing the cost of production, we introduce a k-medoids clustering approach to identify the minimum number of sequences necessary to represent each coding sequence in the final probe set. Using this method, 5–15 representative sequences were selected per orthologous locus, representing the sequence diversity of angiosperms more efficiently than if probes were designed using available sequenced genomes alone. To test our approximately 80,000 probes, we hybridized libraries from 42 species spanning all higher-order groups of angiosperms, with a focus on taxa not present in the sequence alignments used to design the probes. Out of a possible 353 coding sequences, we recovered an average of 283 per species and at least 100 in all species. Differences among taxa in sequence recovery could not be explained by relatedness to the representative taxa selected for probe design, suggesting that there is no phylogenetic bias in the probe set. Our probe set, which targeted 260 kbp of coding sequence, achieved a median recovery of 137 kbp per taxon in coding regions, a maximum recovery of 250 kbp, and an additional median of 212 kbp per taxon in flanking non-coding regions across all species. These results suggest that the Angiosperms353 probe set described here is effective for any group of flowering plants and would be useful for phylogenetic studies from the species level to higher-order groups, including the entire angiosperm clade itself.

这里是一部分基因组，我们构建的IMP 平台目前收录了最全的核基因组，具体见：NAR | 最全植物基因组数据平台 IMP中文教程（核基因组更新到 559 个植物）

近来，该团队引领的国际合作组织利用这些核基因探针捕获的数据，成功构建了迄今为止最为完整的基于核基因数据的被子植物“生命之树”。

此项研究覆盖了被子植物全部64目和416科，涉及7923个属，属级水平的取样率高达58%，是前期研究的15倍之多。同时，研究团队还利用200个化石校正点，精准推算了被子植物的起源及早期演化历史，是继1993年英国皇家植物园邱园团队基于质体rbcL基因序列重建被子植物系统发育关系、千种植物转录组计划、以及昆明植物所团队基于质体基因组数据解析被子植物的起源与早期演化（PPA），并构建被子植物科级水平迄今最完整取样的“生命之树”（PPA II）之后的又一里程碑式的研究进展，深刻揭示了被子植物的进化历程及其如何逐步占据地球陆地生态系统主要生态位的过程。

近日，植物学家利用9500多个物种的基因组数据，绘制了开花植物之间的进化关系图。新绘制的生命之树将帮助科学家拼凑出开花植物的起源，并为未来的植物保护工作提供信息。本研究以“Phylogenomics and the rise of the angiosperms”为题，发表在国际顶级学术期刊《Nature》。

1. 馆藏标本DNA数据解码的前沿探索

本研究成功获取了被子植物9506个代表种的样本数据，其中超过3400种的材料源自48个国家的163个标本馆。令人振奋的是，约800个物种的DNA数据首次被成功解码。根据世界自然保护联盟的红色名录（IUCN）评估，已测序物种中竟有511个面临灭绝威胁。此外，研究团队突破性地利用低质量DNA，成功对1829年（距今已有195年历史）在尼泊尔采集的球花福禄草（Arenaria globiflora）标本进行测序，并获取了有效的DNA序列。这些珍贵的馆藏标本数据，对于深入探索被子植物的演化历史具有无可替代的价值。

基于核基因数据获得的被子植物生命之树（左）与基于质体基因序列获得的被子植物生命之树APG IV（右）在目级水平上的对比图。

2. 达尔文“恼人之谜”揭秘之旅的重要里程碑

尽管核基因组和质体基因组在生物学特性上存在差异，但本研究结果与前期基于质体的被子植物系统发育框架APG IV高度一致。研究支持了目前接受的64个目中58个和416个科中406个为单系，并指出菊分支和蔷薇分支内存在明显的核质冲突。在科级水平上，本研究所得的系统发育框架与昆明植物研究所团队基于质体基因组的PPA II研究结果在85%的科之间保持一致。核基因与质体基因研究的比较，为研究人员提供了更深入的视角，有助于理解特定分支的进化历程。然而，由于古杂交或全基因组复制等复杂生物事件，部分分支关系仍待进一步解析。

基于353个核基因的被子植物系统发育树

基于稳定的被子植物拓扑结构，研究团队利用200个化石标定点，推算出被子植物的起源及演化历史。研究发现，被子植物经历了两次主要的多样化事件，分别与中生代起源和新生代的气候变化紧密相关。这一发现不仅加深了我们对被子植物演化历程的理解，更为解开达尔文“恼人之谜”提供了关键线索。

3. 国际合作与开放数据的共同呼吁

正如元素周期表能够预测元素性质一样，生命之树也为科学家提供了预测物种属性的有力工具。本研究所得数据将为新物种界定、药用植物发掘、生物多样性保护以及全球气候变化应对等多个领域提供宝贵资源。因此，研究团队呼吁加强国际合作，并承诺将免费公开相关数据，以期各国科学家能够充分利用这些资源，共同推动相关领域的研究进展。