（二）由图像到数组：统一matlab和avizo坐标系

承接（一）由数组到图像：统一matlab、商业软件avizo以及开源软件quant3d、homogenization坐标系

对于微观结构，通过CT扫描获得影像数据并且在商业软件avizo中处理，因此本文以avizo中的坐标系为基准，探索其导出的结果导入matlab后坐标系是否一致

avizo中做完阈值分割后的三维二值图像有两种导出3d文件的方式

1. 直接导出3d文件，导出.raw格式的文件（对应Raw Data 3D格式）
2. 另一种格式的3d文件，.mrc格式（MRC Stack）。mrc与raw格式的区别在于，对于二值图像，raw必须知道图像的每个维度的尺寸，而mrc文件中已经包含了。

对于非阈值分割的原始XCT灰度图像，要利用ReadGreyMRC3d函数。ReadBinaryMRC3d函数针对的是二值化图像。其区别在图像储存精度的差异，如下

对于序列的2d文件，如2D的tif以及dcm格式的有待进一步验证

将avizo的图像导出，然后用matlab读取，代码如下

clc
clear

A3d=fread(fopen('test.raw'));
A3d=reshape(A3d,[100,100,100]);
myvolshow(A3d)

filepath = 'test.mrc';
A3dmrc=ReadBinaryMRC3d(filepath);
myvolshow(A3dmrc)

filepath='XCT.mrc';
A3dmrc=ReadGreyMRC3d(filepath);
myvolshow(A3dmrc>9500) %9500为分割的阈值

function A3dmrc=ReadBinaryMRC3d(filepath)
% % 指定.mrc文件的路径
% filepath = 'test.mrc';
    % 打开.mrc文件
    fileID = fopen(filepath, 'r', 'ieee-le'); % 'ieee-le'表示小端序（Little-Endian）
    % 读取.mrc文件的头信息
    headerSize = 1024; % MRC文件头信息的大小（通常是1024字节）
    header = fread(fileID, headerSize, 'int32');
    % 读取.mrc文件中的三维数据
    xSize = header(1);
    ySize = header(2);
    zSize = header(3);
    numSlices = zSize; % 3D数据的切片数量就是z轴的大小
    % 计算数据区域的大小
    dataSize = xSize * ySize * zSize;
    % 移动文件指针到数据区域
    fseek(fileID, headerSize, 'bof');
    % 读取三维数据（根据实际数据类型选择正确的格式）
    imageStack = fread(fileID);
    % 将线性数组转换为三维数组
    A3dmrc = reshape(imageStack, [xSize, ySize, zSize]);
    % 关闭文件
    fclose(fileID);
end
function A3dmrc=ReadGreyMRC3d(filepath)
% % 指定.mrc文件的路径
% filepath = 'test.mrc';
    % 打开.mrc文件
   % 打开文件进行读取
    fid = fopen(filepath, 'rb');
    % 解析文件头部信息
    header_data = fread(fid, 3, 'int32');
    image_width = header_data(1);
    image_height = header_data(2);
    image_depth = header_data(3);
    headerSize = 1024; % MRC文件头信息的大小（通常是1024字节）
    % 移动文件指针到数据区域
    fseek(fid, headerSize, 'bof');
    % 读取三维图像数据（16 位无符号整数）
    image_data = fread(fid, 'uint16');
    % 将一维图像数据重新整理为三维数据
    A3dmrc = reshape(image_data, [image_width, image_height, image_depth]);
    fclose(fid);
end

function myvolshow(A3d)
%以行索引递增为x轴正向
%列索引递增为y正向
%第三维度递增为z轴正向
    [m, n, p] = size(A3d);
    newA3d=zeros(n,m,p);
    for i=1:p
        newA3d(:,:,i)=A3d(:,:,i)';
    end
    figure();
    col=[.7 .7 .8];
    hiso = patch(isosurface(newA3d,0),'FaceColor',col,'EdgeColor','none');
    hiso2 = patch(isocaps(newA3d,0),'FaceColor',col,'EdgeColor','none');
    axis equal;
    lighting phong;
    isonormals(newA3d,hiso);
    alpha(0.5);
    set(gca,'DataAspectRatio',[1 1 1])
    camlight;
    hold on;
    axis off
    %x轴红色
    quiver3(0,0,0,1.1*m,0,0,'r','LineWidth',5,'MaxHeadSize',0.5);
    text(1.1*m,0,0,'x','FontSize',30,'Color','r');
    %y轴蓝色
    quiver3(0,0,0,0,1.1*n,0,'b','LineWidth',5,'MaxHeadSize',0.5);
    text(0,1.1*n,0,'y','FontSize',30,'Color','b');
    %z轴绿色
    quiver3(0,0,0,0,0,1.1*p,'g','LineWidth',5,'MaxHeadSize',0.5);
    text(0,0,1.1*p,'z','FontSize',30,'Color','g');
    view(135,45)
end

由此可见，利用以上的读取方式，坐标系完全一致。