生物信息学(BioInfo) - Linux 常用操作

切换目录

cd
参数效果
无参数 或 ~返回home目录
..切换到上级目录
-切换至之前工作的目录

打印文件(目录)列表

ls

(不作特殊说明时,下文“所有文件及目录”等表达指不包含隐藏文件的所有文件及目录)

参数效果
-a列出当前目录所有文件及目录,包括以”.”开头的隐藏文件、以”..”开头的有父目录的文件
-A列出当前目录所有除”.”、”..”开头的文件及目录
-l列出当前目录所有文件、目录及其所有者、文件大小、修改日期、文件权限、文件类型等详细信息
-g同”ls -l”命令但不显示所有者
-G同”ls -l”命令但不显示组
-s列出当前目录所有文件、目录及其大小
-t以修改时间顺序列出当前目录所有文件、目录
-S以大小顺序列出当前目录所有文件、目录
-R“递归”列出当前目录所有文件及所有目录的子文件、子目录
-h以容易理解的方式列出当前目录所有文件、目录的大小
-F列出当前目录所有文件及目录并进行区分,目录以”/”结尾
-r倒序列出当前目录所有文件、目录
-i列出当前目录所有文件、目录及它们的索引节点号

新建文件

touch
参数效果
无参数创建一个空文件,如touch file1

新建目录

mkdir
参数效果
-p递归创建目录,如 mkdir -p directory1/directory2,创建包含目录2的目录1
-m permission创建权限为permission的目录

复制文件

cp
参数效果
-R递归复制,如 cp -R directory location,把目录directory连同其所有文件和子目录复制到目录location中
-p保持源文件或源目录的属性
-i复制过程中可能出现覆盖的情况时,询问用户
-f强制复制文件或目录,无论目标目录是否存在,不存在则创建
-d当复制符号连接时,把目标文件或目录也建立为符号连接,并指向与源文件或目录连接的原始文件或目录
-a等同于-dpR

移动/重命名文件

mv
参数效果
无参数如mv source target,当target不存在时,将source重命名为target,重命名时必须满足源位置与目标位置相同;当target存在时,用source覆盖target
-v打印移动信息
-i如有产生覆盖的情况,询问用户
-n不进行覆盖操作
-f强制覆盖
-u若源文件(源目录)比目标文件(目标目录)新,则覆盖
-b若目标文件(目标目录)被覆盖,则对其先进行备份,备份文件(备份目录)在原名字后带上”~”

删除文件/目录

rm
参数效果
-f强制删除
-i删除前询问用户
-r递归删除目录和目录中的所有文件和子目录
rmdir
  • 删除空目录

读取文本文件

cat
参数/方法效果
无参数显示文件全部内容
-n对输出的所有行编号
-b对非空输出行编号
-s若有连续的空行,则只输出一行空行
> << EOF创建文件或向已有文件追加内容,如 cat > file << EOF,创建file(向file追加内容)
>合并文件,如cat file1 file2 > fileN,将file1和file2合并为fileN,若fileN已存在,则清空fileN再合并内容
file1 file2 … >> fileN将多个文件的内容追加到fileN
more
参数/方法效果
-s连续空行显示为一行
-num一页显示num行
+num从第num行开始显示
-p先清除原显示内容,再显示新内容
-c先显示新内容,再清除原显示内容
-d提示使用者用space键继续,q键退出,同时禁用响铃
+/pattern在显示前搜索字符串pattern,然后从pattern前两行开始显示
/pattern向下搜索字符串pattern
q键退出
=键输出当前行的行号
Ctrl + F 或 Space键向下滚动一屏
Ctrl + B向上滚动一屏
less
  • 包含more所有操作,只需将more替换为less
参数/方法效果
-N显示每行的行号
?pattern向上搜索字符串pattern
n重复前一个搜索
↑键 或 ↓键向上一行或向下一行
PageUp键 / B键 或 PageDown键向上翻一页或向下翻一页

查看命令历史

history
参数效果
无参数返回一个列表,列表中包含曾经使用过的上15条命令
-number返回一个列表,列表中包含曾经使用过的上number条命令
!number运行编号为number的历史命令

管道操作

|
  • command1 | command2
    将command1的输出作为command2的输入

统计

wc
参数效果
-l统计行数
-L返回最长行的长度
-w统计词数
-m统计字符数
-c统计字节数

比较

diff
参数效果
无参数比较两个文件或目录中的同名文件
-a若处理的文件不是文本文件,则当做文本文件处理
-b忽略空格进行比较
-B忽略空行进行比较
-c显示全部文本内容并对差异处进行标识
-H利用试探法加速大文件的搜索
-i忽略大小写进行比较
-n将结果输出为RCS格式
-N在比较目录时,若两个目录中只存在一个比较文件,则将该文件与空文件比较
-q仅显示有无差异,不显示详细信息
-r递归比较子目录中的文件
-T在每行前加上tab对齐
-u以合并的方式显示差异内容
-w忽略全部空格进行比较

搜索

grep
参数效果
无参数如 grep ‘pattern’ file,在文件中检索字符串pattern
-num如grep -3 ‘pattern’ file,同时显示匹配行的上下3行
-c只显示匹配行的行号,不显示匹配内容
-h当检索多个文件时,不显示匹配文件的文件名
-i忽略大小写进行检索
-l显示匹配的文件名
-L显示不匹配的文件名
-n在匹配的行前显示行号

排序

sort
参数/方法效果
-b忽略每行前的空格字符
-c检查文件是否已排序
-f忽略大小写进行排序
-n按照数值大小排序
-o如sort file1 -o file1,对file1进行排序操作,并将排序结果替换原文件的内容
-r以相反顺序进行排序
-u删除排序结果中重复的行
>如sort file1 > file2,将file1的排序结果输入到file2中

修改文件/目录权限

chmod
参数效果
-R递归修改权限
who修改权限的对象,有u(用户)、g(同组用户)、o(其他用户)、a(所有用户)四种
  • + 或 - 或 =
    +:增加权限
    -:删除权限
    = :重新设定权限

  • permissions
    r:可读
    w:可写
    x:可执行

#例如:
chmod u+w file

查看进程

jobs

查看当前终端后台的进程

ps
参数效果
-A显示所有进程
-a显示现在终端的所有进程,包括其他用户的进程
-p显示进程使用CPU的时间,如ps -p pid,显示ID号为pid的进程的使用CPU时间
-u显示以用户为主的进程
-x通常与au连用,-aux,显示更为详细的信息
top
参数效果
无参数显示CPU占用最多的运行进程的信息列表
-c切换显示命令名和完整命令行
-d设置刷新的时间间隔
-i不显示闲置进程和僵死进程
-M按驻留内存大小进行排序
-p监控特定进程的状态,如top -p pid,监控ID号为pid的进程状态
-P按CPU使用百分比大小进行排序
-q无延迟进行刷新
-s安全模式进行监控
-T按时间进行排序

修改进程状态

bg
  • %pid
    将ID号为pid的后台进程置于运行状态
    ps.实现将前台进程放至后台运行:先用Ctrl + Z将前台进程在后台挂起,然后用jobs命令查看后台进程的ID号pid,最后用bg %pid使进程在后台运行
fg
  • %pid
    将ID号为pid的后台进程调至前台运行
kill
  • pid
    终止ID号为pid的进程
    如kill 5,终止ID号为5的进程

查看磁盘使用情况

df
参数效果
无参数无对象时对象为默认文件系统,可将特定文件系统作为对象
-a显示所有文件系统的磁盘使用情况
-h以人类易读的方式显示大小
-i显示文件系统的索引节点信息
-k按块(1024字节)大小显示文件系统的磁盘使用情况
-l只显示本地文件系统的磁盘使用情况
-m按块(1M)大小显示文件系统的磁盘使用情况
-t只显示特定文件系统类型的文件系统的磁盘使用情况,如df -t ext4,只显示ext4类型的文件系统的磁盘使用情况
-T显示已挂载的文件系统的类型
-x显示除特定文件系统类型外的文件系统的磁盘使用情况,如df -x ext3,显示除ext3类型外的文件系统的磁盘使用情况

修改密码

passwd
参数效果
无参数直接进行密码修改操作
-d删除用户密码,仅root权限操作
-f强制操作
-l锁定用户无权更改密码,仅root权限操作
-S查询用户的密码状态,仅root权限操作
-u解除对用户的密码锁定,仅root权限操作

其它命令

  • pwd
    返回当前目录的绝对路径值

  • man
    命令行帮助

  • clear
    清空终端窗口

  • exit
    退出当前终端

通配符

  • ~
    表示根目录

  • .
    当前目录

  • ..
    上级目录

  • *
    缩略表达,如 cat* 表示以”cat”开头的所有名字,*opt 表示以”opt”结尾的所有名字,cat*opt 表示所有以”cat”开头并以”opt”结尾的名字

  • ?
    缩略表达,与 * 可表示多个字符不同,一个 ? 仅表示一个字符,如cat???opt表示以”cat”开头、”opt”结尾、中间有三个字符的所有名字

快捷键

组合效果
Ctrl + A将光标移至输入行头
Ctrl + D键盘输入结束或退出终端
Ctrl + E将光标移至输入行末
Ctrl + K从光标所在位置删除至行末
Ctrl + L清空屏幕
Ctrl + S暂停当前程序,暂停后按任意键恢复运行
Ctrl + C结束进程
Ctrl + Z挂起进程并放在后台
Alt + Backspace向前删除一个单词
Shift + PgUp将终端显示向上移动
Shift + PgDn将终端显示向下移动
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配置生信环境需要安装一些必要的工具和软件,以下是在双系统Ubuntu 22.04中配置生信环境的步骤: 1. 更新系统 在终端中输入以下命令: ``` sudo apt update sudo apt upgrade ``` 这将更新系统中已安装的所有软件包。 2. 安装常用工具 在终端中输入以下命令: ``` sudo apt install build-essential wget curl git unzip ``` 这将安装一些常用工具,如编译器、下载工具、版本控制工具等。 3. 安装Anaconda 在终端中输入以下命令: ``` wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh bash Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh ``` 这将下载并安装Anaconda。安装过程中需要按照提示进行配置。 4. 创建conda环境 在终端中输入以下命令: ``` conda create -n bioinfo python=3.9 conda activate bioinfo ``` 这将创建一个名为bioinfo的conda环境,并激活该环境。 5. 安装常用Python包 在bioinfo环境中,输入以下命令安装常用的Python包: ``` conda install numpy pandas matplotlib seaborn scipy jupyter notebook ``` 这将安装一些常用的Python包,如数据处理、数据可视化、科学计算等。 6. 安装生物信息学软件 在bioinfo环境中,输入以下命令安装一些常用生物信息学软件: ``` conda install -c bioconda samtools bowtie2 hisat2 bedtools blast bioawk fastqc ``` 这将安装一些常用生物信息学软件,如序列比对、序列处理、序列分析等。 7. 配置环境变量 在bioinfo环境中,输入以下命令配置环境变量: ``` echo 'export PATH="$PATH:/path/to/anaconda3/envs/bioinfo/bin"' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ``` 将/path/to/anaconda3替换为你的Anaconda安装路径。 至此,在双系统Ubuntu 22.04中配置生信环境的步骤就完成了。你可以在bioinfo环境中运行生物信息学软件和Python脚本了。

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