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生物信息学-软件
文章平均质量分 76
陈有朴
这个作者很懒,什么都没留下…
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Jupyter Lab | “丢下R,一起来快乐地糟蹋服务器!”
工具永远只是为了帮助自己提升工作效率 —— 沃兹基·硕得原创 2023-03-01 12:10:34 · 460 阅读 · 1 评论 -
同源基因鉴定 | OrthoFinder 2.0 + MAFFT + IQtree
记录下自己的同源基因鉴定流程原创 2023-02-19 19:28:37 · 882 阅读 · 0 评论 -
方法解读 | 性染色体Phasing
对坦哥性染色体Phasing流程的稍作解读。原创 2022-11-08 22:43:46 · 367 阅读 · 1 评论 -
「干活」基因组组装之前要做的:Genome Survey
Genome Survey:jellyfish + kmc + Genome Scope 2.0 + Smugdeplot原创 2022-10-16 15:33:46 · 906 阅读 · 0 评论 -
「OrthoFinder2」直系同源基因的寻找以及Orthogroup构建
ortholog + paralog的鉴定、Orthogroup的构建~原创 2022-09-20 14:34:11 · 4622 阅读 · 2 评论 -
「转录组」WGCNA实战原理两不误
WGCNA实战 & 原理原创 2022-08-29 23:18:37 · 1842 阅读 · 0 评论 -
【JCVI】尝试画出可以发表的共线性分析图
JCVI-共线性分析~原创 2022-06-10 21:29:03 · 1095 阅读 · 1 评论 -
【Jellyfish和KMC,我应该选谁?】
比较软件:Jellyfish 2.3.0KMC 3.2.1使用数据:大肠杆菌基因组### count速度对比# 1.jellyfishtime jellyfish count -m 15 -o jf.Ecoli.15mer -c 3 -s 1G -t 16 Ecoli.fasta &# real 73m41.868s# user 23m1.113s# sys 28m0.840stime jellyfish dump -c -t jf.Ecoli.15mer原创 2022-05-12 23:57:30 · 578 阅读 · 0 评论 -
【如何使用Jellyfish进行Kmer频数统计分析?】2022年版本
软件概述将基因组等序列文件,按长度为K的字符串进行切割、归类以及频数统计。软件安装软件版本:2.3.0wget https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.3.0/jellyfish-2.3.0.tar.gz# 1151287 (1.1M)# 安装包就1.1M,可以说是压缩效率非常高了./configure prefix=/opt/biosoft/Jellyfishmakemake install echo 'P原创 2022-05-11 11:26:33 · 1866 阅读 · 3 评论 -
【SubPhaser-多倍体亚基因组分型流程解读】
写本篇文章,主要目的是从tmp文件和软件运行信息解读亚基因组分型分析。进入tmp文件夹之后,其实就可以看到对应的文件:如何查看什么步骤产生了怎么样的结果文件?上述在进行SubPhaser试运行的时候,使用了nohup命令,该软件调用了什么软件、产生了什么结果文件等信息,都是记录在最终的nohup.out。1、参数配置从截图中,我们可以得到很多的信息分析所使用的k是多少(默认情况下,k=15)min_fold是多少min_freq是多少lower_count是多少LTRfinder所使原创 2022-05-09 17:24:25 · 1161 阅读 · 0 评论 -
【如何拆分多倍体亚基因组?】SubPhaser软件
SubPhaser原文链接:https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.18173原创 2022-05-02 22:10:51 · 965 阅读 · 0 评论 -
【JCVI-MCScan】安装与使用
JCVI的入门级使用原创 2022-05-02 21:01:14 · 4541 阅读 · 1 评论