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【哈佛大学:计算生物学 & 生物信息学】
文章平均质量分 93
陈有朴
这个作者很懒,什么都没留下…
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「一文搞定序列比对算法」Global以及Local Alignment序列比对算法的实现
Global/Local Alignment序列比对算法的Python实现原创 2022-10-08 13:46:31 · 3735 阅读 · 2 评论 -
【哈佛大学:计算生物学 & 生物信息学】学习记录(五)
为什么没有(四)?(四)主要说的就是SAM格式,网上一搜就有,就没必要了(五)就草草地记录了Chapter 4.1: RNA-Seq Applications - Chapter 5.2 Differential RNA-SeqRNA-Seq的应用生物体内的转录&翻译过程RNA-Seq建库流程1、提取所有的mRNA或所有的RNA2、去除DNA(在RNA建库流程中,DNA被认为是污染物)可选过程:去除rRNA(选择mRNA)3、将RNA片段打断(二代测序读长问题)4、将RNA逆转原创 2022-04-15 21:18:55 · 1200 阅读 · 0 评论 -
【哈佛大学:计算生物学 & 生物信息学】学习记录(三)
局部比对算法 —— Smith-Waterman AlgorithmSwimt-Waterman算法本质上是一种Dynamic Programming(动态规划算法),和Needleman算法有许多相同之处。其分为3个步骤:Initialization —— Matrix Filling —— Trace Back。Swith-Waterman算法相较于Needleman-Wunsch算法最大的区别就在于,在“matrix preparation阶段”,其用0表示mismatch的数值和比对过程中产生的原创 2022-04-15 21:18:01 · 1021 阅读 · 0 评论 -
【哈佛大学:计算生物学 & 生物信息学】学习记录(二)
笔记主要内容:1~3代测序技术,fastq文件 & FASTQC(1)测序技术1、一代测序技术:Sanger Sequencing测序条件:需要有足够的量的单链DNA,即相同序列需要达到多少数量才能进行测序。测序过程:以一条链作为模板,DNA聚合酶将环境中的材料(dNTP & ddNTP),进行结合,即合成另一条链(ddNTP结合之后,DNA合成反应终止)。下图所示,SEQUENCE (END)代表对应DNA序列的最后一个碱基是什么。参考阅读资料:https://zhuanlan.原创 2022-01-29 16:59:07 · 770 阅读 · 0 评论 -
【哈佛大学:计算生物学 & 生物信息学】学习记录(一)
第一部分 —— 关于计算生物学 & 生物信息学 & 本课程内容(1)Protein Wave【技术】Sanger测序了一个蛋白质序列【算法】Needleman-Wunsch algorithm【数据库】PDB(Protein Data Bank,蛋白质3D结构数据库)【算法】BLAST —— instead of pairwise sequence alignment【比赛】CASP —— predicting the protein structure【数据库】BLOCKS原创 2022-01-29 16:57:38 · 2067 阅读 · 2 评论