【JCVI】尝试画出可以发表的共线性分析图

不多bb，直接上小脚本。

本分析流程的数据来源于《Allele-aware chromosome-scale assembly of the allopolyploid genome of hexaploid Ma bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)》

（1）配置config

每一行内为一组需要进行共线性分析的基因组区域。

vim config
A B
B C

（2）写个循环

cat config | while read id
do
	arr=($id)
	name1=${arr[0]}
    name2=${arr[1]}
    dir=${name1}_${name2}
    mkdir ${dir}
    cp ${name1}.uniq.bed ${dir}/${name1}.bed
	cp ${name2}.uniq.bed ${dir}/${name2}.bed
	cp ${name1}.cds ${dir}/
	cp ${name2}.cds ${dir}/
	cd ${dir}
	python -m jcvi.compara.catalog ortholog --no_strip_names ${name1} ${name2} --cscore=.99
	python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple ${name1}.${name2}.anchors ${name1}.${name2}.anchors.new
	tmpstr1=`less -S ${name1}.bed | awk '{print $1}' | uniq | tr '\n' ','`
	str1=${tmpstr1%?}
	echo $str1 > seqids
	tmpstr2=`less -S ${name2}.bed | awk '{print $1}' | uniq | tr '\n' ',' `
	str2=${tmpstr2%?}
	echo $str2 >> seqids
content="
# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed\n .6,     .1,    .8,       0,      , ${name1#*_}, top, ${name1}.bed\n .4,     .1,    .8,       0,      , ${name2#*_}, top, ${name2}.bed\n# edges\ne, 0, 1, ${name1}.${name2}.anchors.simple
"

echo -e $content > layout

python -m jcvi.graphics.karyotype seqids layout
cd ../

done

上述代码已经自行绘制了基因组两两区域之间的宏观共线性图。

（3）设置更高级一点的画布

用下面给出的画布，就能近似的绘制出文章中的图。

对画布的配置进行一个简要的说明：

• # y, xstart, xend, rotation, color, label, va, bed这一列为track对应需要配置的注释，接这一行对每一个track进行配置
• track的索引和Python中的索引一样，从0开始
• 共线性关系（edges）所使用的索引与track的索引数一样
• layout中不能有空行

# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .7,      0.05,    0.45,      15,       ,    A1,        top,      dla_A1.bed
 .4,      0.05,    0.45,      15,       ,    B1,        top,      dla_B1.bed
 .1,      0.05,    0.45,      15,       ,    C1,        top,      dla_C1.bed
 .7,      0.55,    0.95,      -15,      ,    A2,        top,      dla_A2.bed
 .4,      0.55,    0.95,      -15,      ,    B2,        top,      dla_B2.bed
 .1,      0.55,    0.95,      -15,      ,    C2,        top,      dla_C2.bed
 .9,      0.4,     0.8,       0,        ,    O.sativa,  top,      osa.bed
# edges
e, 0, 1, dla_A1.dla_B1.anchors.simple
e, 1, 2, dla_B1.dla_C1.anchors.simple
e, 3, 4, dla_A2.dla_B2.anchors.simple
e, 4, 5, dla_B2.dla_C2.anchors.simple
e, 0, 6, dla_A1.osa.anchors.simple
e, 3, 6, dla_A2.osa.anchors.simple

放在一起对比一下：

有一些细节还是需要接着调调，但是大体已经差不多了（明天还得考六级，没时间了，先不整。）