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这个作者很懒,什么都没留下…
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Omics精进04|临床Gene Panel检测-实验&&生物信息学分析
"pythonic生物人"的第129篇分享。❝本文介绍临床Gene Panel检测的「实验流程」及「生物信息学分析流程」(下图为MSK-IMPACT 468基因panel...原创 2020-12-04 23:58:43 · 881 阅读 · 0 评论 -
NGS数据格式梳理02-SAM/BAM格式最详细解读
全网最全介绍SAM|BAM文件文章。原创 2020-05-08 21:58:34 · 4822 阅读 · 0 评论 -
详细介绍gnomAD
字段含义介绍:原创 2024-04-26 22:50:07 · 27 阅读 · 0 评论 -
for x in `seq 1 22` “X“ “Y“; do echo $x;done
【代码】for x in `seq 1 22` "X" "Y";do echo $x;done。原创 2024-04-26 12:59:34 · 7 阅读 · 0 评论 -
hgvs中的[数字]是什么意思
hgvs中的,例如NM_144670.6(A2ML1):c.462+9GGA中的。原创 2024-03-26 21:30:00 · 153 阅读 · 0 评论 -
awk指定输入分隔符,输出分隔符
FS='@' ,指定输入分割符为@OFS=',',指定输出分割符为,原创 2024-03-26 16:28:43 · 78 阅读 · 0 评论 -
Pandoc is required to build R Markdown vignettes but not available. Please make sure it is installed
缺少系统工具pandoc。原创 2023-12-26 21:47:39 · 349 阅读 · 0 评论 -
皮尔逊Pearson|斯皮尔曼spearman|肯德尔等级kendallta三个系数的使用场景
皮尔逊Pearson|斯皮尔曼spearman|肯德尔等级kendallta三个系数的使用场景原创 2020-08-19 21:36:20 · 6749 阅读 · 1 评论 -
vep Possible precedence issue with control flow operator at Bio/DB/IndexedBase.pm line 805
将IndexedBase.pm第805行的逻辑或运算符or修改为||,是一个很常见的问题,貌似只是个warning,不会导致结果问题,这个报错是由于BioPerl导致,初步解决,结果不受影响(原创 2023-10-20 10:47:05 · 162 阅读 · 0 评论 -
bed has inconsistent naming convention for record
报错:bed has inconsistent naming convention for record。与a.bed和b.bed的chr列是否添加chr有关。原创 2023-10-12 18:17:56 · 486 阅读 · 0 评论 -
VEP Variant Effect Predictor支持哪些输入格式
主要有以下几种:每一种格式详细介绍:原创 2023-10-11 09:42:19 · 83 阅读 · 0 评论 -
[E::hts_idx_push] Unsorted positions on sequence tbx_index_build failed:
由以上可以知道,错误是由test.vcf.gz中变异未能按照染色体、位置排序导致。原创 2023-09-27 09:44:20 · 183 阅读 · 0 评论 -
.tar文件解压
tar -xvf file.tar原创 2023-09-22 13:44:33 · 44 阅读 · 0 评论 -
samtools提取bam paired-end reads
通过指定samtools view 的-f /-F/-G参数的FLAGS即可愉快的从bam中提取预期的reads -f INT only include reads with all of the FLAGs in INT present [0] -F INT only include reads with none of the FLAGS in INT present [0] -G INT only EXCLUDE reads with all of the FLAGs in I原创 2023-09-15 21:59:31 · 325 阅读 · 0 评论 -
浏览器下载大文件,中断后,重头开始重复下载的解决办法
解决办法:关vpn。原创 2023-09-13 18:15:00 · 1702 阅读 · 0 评论 -
通过FTP高速下载几百G数据
基因组下载 (FTP) 常见问题解答。原创 2023-09-13 10:29:58 · 147 阅读 · 0 评论 -
基因融合与癌症研究gene fusions in cancer
Major discoveries from research on gene fusions and cancer Number of gene fusions involved in major neoplasia subtypesFDA-approved drugs targeting gene fusions in malignant disordersTable of Pharmacogenomic Biomarkers in Drug Labeling | FDAref: The emergin原创 2023-09-08 17:58:06 · 114 阅读 · 0 评论 -
linux curl失败自动连接、断点续传、多线程下载几百G文件
【代码】linux curl断点续传、多线程下载几百G文件。原创 2023-09-08 16:23:57 · 610 阅读 · 0 评论 -
EXCEPTION ----MSG: ERROR: Cache directory homo_sapiens_refseq not found
将homo_sapiens修改为homo_sapiens_refseq。直接下载下来的vep数据解压后文件名称为homo_sapiens,原创 2023-07-20 17:59:49 · 126 阅读 · 0 评论 -
基因组测序中N50、L50、N90到底指什么?
举个例子,比如一个基因组大小是1M,测序得到若干条reads,这些reads进行拼接,如果完全可以拼接起来,中间没有gap的序列称为contig,即连续的意思。然后把contig 和 scaffold 从长到短进行排列,然后相加,当恰好加到1M的50%,也就是500k的时候 ,那一条 contig 或者scaffold 的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。即:从最长的开始倒数,数到长度为总长度一半的片段,最后一个被数到的片段越长,说明长的片段越多,最后组装的质量越好。原创 2023-06-16 12:37:52 · 3633 阅读 · 2 评论 -
homo_sapiens not found in --offline mode
vep开启offline模式时,报错MSG: ERROR: Cache directory xxx/homo_sapiens not found。添加refseq参数即可。原创 2023-05-23 12:03:17 · 173 阅读 · 0 评论 -
vcf bed起始位置是0还是1
比如,上面这个区间在bed中表示[213941196,213942363。,基因组中实际坐标为[213941197,213942363]所以,vcf坐标转bed坐标只需要vcf的。起始坐标减1,终止坐标不变。原创 2023-03-06 09:53:40 · 148 阅读 · 0 评论 -
vcf构建idx索引
输出结果为xx.vcf.idx。原创 2022-11-04 17:34:18 · 968 阅读 · 0 评论 -
linux中 vi / vim显示行号或取消行号命令
显示::set nu关闭:set nonu。原创 2022-08-31 18:01:13 · 901 阅读 · 0 评论 -
shell传递参数$0,$1,$*,$@,$#意义用法
#argv.sh#! /usr/bin/bashecho "\$0: $0";echo "\$1: $1";echo "\$2: $2";echo -e "\n";#$*以一个单字符串显示所有向脚本传递的参数。 如"$*"用「"」括起来的情况、以"$1 $2 … $n"的形式输出所有参数。#$@与$*相同,但是使用时加引号,并在引号中返回每个参数。 如"$@"用「"」括起来...原创 2020-04-02 23:49:25 · 824 阅读 · 0 评论 -
linux下杀死nohup &提交的任务?
没有退出终端界面jobs -l #获取任务PID号kill -9PID号 #杀死任务已经退出终端界面top #获取任务PID号kill -9PID号 #杀死任务原创 2022-01-23 09:46:44 · 987 阅读 · 0 评论 -
vim常用操作(持续更新~~~~)
持续总结vim常用方法,欢迎补充。原创 2020-04-21 16:15:28 · 182 阅读 · 0 评论 -
持续更新linux好用的命令行
持续更新linux一些好用的命令行原创 2019-05-22 22:09:44 · 164 阅读 · 0 评论 -
linux下以K,M,G为单位显示当前目录下的文件大小
du -sh *14M nohup.out8.0K README_NIST_Illumina_pairedend_NA12878.txt8.7G RMNISTHS_30xdownsample.bam9.8M RMNISTHS_30xdownsample.bam.bai原创 2021-05-20 21:33:14 · 941 阅读 · 0 评论 -
vim中输入tab键
i模式下,ctr+v+i即可原创 2021-09-03 16:32:58 · 967 阅读 · 1 评论 -
配置linux终端提示符的样式
1设置vi ~/.bashrc 输入如下并保存export PS1="\[\e[32;1m\] $(date "+%H:%M:%S") \e[36;1m\] $PWD\n \e[32;1m\]>\[\e[0m\]"source ~/.bashrc2 效果如下ps:今天是2020.04.04新冠牺牲英雄悼念日,所以上面的图颜色没变过来,正常显示为:时间和>...原创 2020-04-04 13:34:37 · 337 阅读 · 0 评论 -
集群中物理CPU数|CPU的核心(Core)|超线程|逻辑CPU数简介及查看
集群中物理CPU数|CPU的核心(Core)|超线程|逻辑CPU数简介及查看方法。原创 2020-07-02 17:10:00 · 1254 阅读 · 0 评论 -
shell中-f -e -d -eq -ne等操作符含义
关系运算符,整型数据比较,结果返回True或者False操作符 含义-eq =-ne !=-gt >-ge >=-lt <-le <=实例:#! /usr/bin/bash#relation.sha=10b=11if [...原创 2020-04-04 20:48:20 · 2168 阅读 · 0 评论 -
mac下的常用快捷键(持续记录)
1、放大缩小页面放大:command +缩小:command -原创 2021-05-21 09:08:21 · 92 阅读 · 0 评论 -
bin/..//bin/x86_64-conda-linux-gnu-gcc: No such file or directory
linux CentOS上编译软件报错/bin/sh: xxx/bin/..//bin/x86_64-conda-linux-gnu-gcc: No such file or directory错误原因很明显:x86_64-conda-linux-gnu-gcc不存在解决方法:conda install gxx_linux-64欢迎关注原创 2022-03-09 21:15:00 · 2878 阅读 · 0 评论 -
samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file:
这个主要是samtools版本问题,#卸载老版本samtoolsconda uninstall -c bioconda samtools #安装新版本conda install -c bioconda samtools=1.9解决方式参考:https://github.com/merenlab/anvio/issues/1479欢迎关注 ????交流~...原创 2022-02-15 10:09:07 · 812 阅读 · 0 评论 -
Installation of packages ‘stringi’ had non-zero exit status
install.packages("stringi", dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))成功解决问题参考:r - Installation of packages ‘stringr’ and ‘stringi’ had non-zero exit status - Stack Overflow原创 2022-01-10 17:46:48 · 2340 阅读 · 0 评论 -
R中namespace ‘xxxpackage’ xx版本 is being loaded, but >= xx版本 is required问题解决
R中namespace ‘xxxpackage’ xx版本 is being loaded, but >= xx版本 is required问题解决原创 2020-11-01 21:37:56 · 5728 阅读 · 0 评论 -
shell脚本中激活python环境
否则会报找不到activate的error。其中,必须添加activate的路径。原创 2022-08-18 16:04:46 · 603 阅读 · 0 评论 -
R read.xls 报错Error in file.exists(tfn) : invalid ‘file‘ argument
R read.xls 报错Error in file.exists(tfn) : invalid 'file' argument解决原创 2021-02-18 12:59:00 · 2183 阅读 · 0 评论