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"pythonic生物人"的第129篇分享。❝本文介绍临床Gene Panel检测的「实验流程」及「生物信息学分析流程」（下图为MSK-IMPACT 468基因panel...

全网最全介绍SAM|BAM文件文章。

红色之间的一段代码备注释掉了。

/fastp。

ReviewStatus,详细介绍

Pathogenic;Pathogenic;used for。

一个或多个碱基被≥1个的碱基所取代，而且这种变异不包括替换substitution。

以上，将test.txt中的hello替换成了hi。如何在sed命令中传入变量。

gt-bed_to_gff3gt bed_to_gff3 test.bed >test.gff3输入test.bed输出test.gff3

|和or都表示逻辑或的区别，||更常用，优先级高于or。

使用awk为vcf中添加ref alt长度到最后两列。

当前文件夹生成history.txt，历史输入都在。

bcftools版本太低。

[E::bcf_hdr_parse] Could not parse the header, sample line not found

【代码】bam文件染色体号前添加chr。

【代码】vcf中染色体号列前添加chr并跳过header。

vcf按照染色体号chr1～chrY和位置pos排序：

报错：解决方法1解决方法2。

sort -k1,1V -k2,2n test.vcf >test_sorted.vcf

awk 'index($5, ",") == 0'

awk '!seen[$2]++'依次类推。

本次分享一个统计学学习工具：看见统计。看见统计致力于用数据可视化 (使用D3.js完成) 让统计概念更容易理解，源于布朗大学几位作者👇看见统计共有6个章节，下面来看看具体内容，对于一个（性质比较好的）分布，如果我们有足够大的独立同分布的样本，其样本均值会（近似地）呈正态分布，样本数量越大，其分布与正态越接近。动态模拟贝叶斯计算概率所需要的样本信息，拖动图中的数据点，观察它们对回归直线的影响，选择一个t概率分布来生成样本，构造置信区间，

channels:- defaults。

awk。

t $'\t' #指定test.txt文件的分割符号为\t。-k 20,20 #指定按照文件的第20列排序。-n #按照数字大小排序。-r #从大到小排序。

seaborn是Python统计图制作最简单的工具，广受好评，「pythonic生物人」打造了一份原创。适合系统学习Python seaborn运用于日常工作，学术数据可视化的伙伴们（适合零基础入门 、老手进阶）。在线图文教程，包含详细目录，

支持输入格式。

【代码】参考基因组版本选择建议。

3. **milliDiv**：经过比对的序列中的碱基差异率，以千分之一为单位。4. **milliDel**：经过比对的序列中的碱基缺失率，以千分之一为单位。5. **milliIns**：经过比对的序列中的碱基插入率，以千分之一为单位。6. **genoName**：序列所在的染色体或染色体片段的名称。16. **repLeft**：重复序列与原始序列左边界之间的距离。14. **repStart**：重复序列在原始序列上的起始位置。15. **repEnd**：重复序列在原始序列上的终止位置。

字段含义介绍：

【代码】for x in `seq 1 22` "X" "Y";do echo $x;done。

下载几百G大文件，因为网络不好断了，下载失败，网络好了再重新下载很浪费时间，这时候使用断点续传就可以。#下载文件https://xxxxx.test.gz，保存到本地为test.gz。继续从下载失败的地方下载。

生成test.txt的同时，保留test.txt.bgz。

生成test.txt.gz。

hgvs中的，例如NM_144670.6(A2ML1):c.462+9GGA中的。

FS='@' ，指定输入分割符为@OFS=','，指定输出分割符为,

使用了R内置函数作为变量，比如sum、mean、max等等。

缺少系统工具pandoc。

皮尔逊Pearson|斯皮尔曼spearman|肯德尔等级kendallta三个系数的使用场景

将IndexedBase.pm第805行的逻辑或运算符or修改为||，是一个很常见的问题，貌似只是个warning，不会导致结果问题，这个报错是由于BioPerl导致，初步解决，结果不受影响（