Perl练习02之计算sam文件中每个染色体比对上的reads数，GC碱基数，GC比例

计算sam文件每个染色体匹配reads数，GC碱基数，GC含量。

gccount_reads.pl

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my (%hash,%GC,%ATGC);
open IN,"<",$ARGV[0];
while(<IN>){
        chomp;
        next if /^@/;#跳过@开头的行
        my @line=split;
        next if $line[2] eq "*";#跳过未匹配上的序列
        next if $line[4] < 25;#排除比对质量小于25的序列

        #计算ATGC的碱基个数
        my $G = ($line[9] =~ s/G/G/g);
        my $C = ($line[9] =~ s/C/C/g);
        my $A = ($line[9] =~ s/A/A/g);
        my $T = ($line[9] =~ s/T/T/g);
        my $GC = $G + $C;
        #计算每个染色体匹配到的read数，GC碱基个数，总碱基个数
        $hash{$line[2]} +&#