三维荧光平行因子学习记录--（一）DOMfluor工具箱的数据导入

三维荧光平行因子学习记录–（一）DOMfluor工具箱的数据导入

注：本文仅作为自己的学习记录以备以后复习查阅

所有步骤和代码参考知乎上一位大佬在这里po一下他的主页：

https://www.zhihu.com/people/uby-23

大家对平行因子分析有兴趣的可以去看看他的文章

一、数据整理

在做三维荧光分析的时候数据整理很重要，不同的仪器会有输出不同的数据，有的仪器数据特别多，包括了一些仪器本身的信息和时间等数据，我实验室使用的是aqualog，这类型号的仪器数据一般是在sample-blank里面（需要转置），可以输出为各种格式的包括csv、txt等，但基本上输出的数据都是如下图的格式，行是ex，列是em。
将自己的样品数据像这样整理在一个文件夹中，建议路径中不要出现中文，里面的数据波长范围根据自己需要的调整。
创建一个exem的文件夹（当然你可以取不一样的名字），里面内容如下，存放自己的exem的信息（注意是csv文件）

这样数据就算是准备好了。

二、工具箱载入

三、数据导入

路径改为自己存放数据的路径，样品荧光区域根据自己的excel文件里位置不同进行修改，代码如下：

cd('D:\sample-blank')
Filedir = 'D:\sample-blank';
filelist  = dir( '*.xlsx' );
fl=[];
for i=1:9%这里需要修改有几个数据写几个
    datapath = fullfile( Filedir, filelist(i).name);
    Dataset=xlsread(datapath,'Sheet1','B3:CC171');%这里需要修改为你的样品荧光区域，只要是你的荧光区域就可以
    fl=[fl;Dataset];
end

效果如图：
工作区中会对应生成：

接下来读取准备好的csv文件：

cd('D:\sample-blank\exem')
OriginalData.Ex = csvread('ex.csv',1); 
OriginalData.Em = csvread('em.csv',1); 
OriginalData.X = fl

效果如图：

补充：注意这里如果是用wps的或者文件编码没设置好的可能会报错:

这里我摸索出两种解决方法：第一种是直接在wps里另存为csv格式

然后用新的csv文件来读取
第二种是右键打开方式选择记事本，然后另存为里面设置utf-8:

csv文件读取完成之后，运行以下代码：

OriginalData.nEx=(size(OriginalData.Ex,1));
OriginalData.nEm=(size(OriginalData.Em,1)); 
OriginalData.nSample=(size(OriginalData.X,1)); OriginalData.nSample=OriginalData.nSample/OriginalData.nEm; 
OriginalData.X=(reshape(OriginalData.X',OriginalData.nEx,OriginalData.nEm,OriginalData.nSample));
OriginalData.X=permute(OriginalData.X,[3 2 1]);

clear fl i Filedir Dataset datapath

效果如图：

最后保存以下，之后就可以用了

save PARAFACdata.mat;

以上参考值
以上，有问题可以私聊交流，大家共同学习！！