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狗蛋儿张
新手司机
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linux安装biom
#biom安装要求python2 pip2 sudo pip install -Iv https://pypi.python.org/packages/source/b/biom-format/biom-format-1.3.0.tar.gz#md5=bd35f9b7e1c7daf244fe2dffb2777606原创 2020-04-16 13:44:02 · 533 阅读 · 0 评论 -
picrust2 Stopping - all 545 input sequences aligned poorly to reference sequences
在用picrust2做功能预测是时出现 Stopping - all 545 input sequences aligned poorly to reference sequences (--min_align option specified a minimum proportion of 0.8 aligning to reference sequences). 需要对otu.fa取反向 再进行分析 seqtk seq -r otus.fa >otus_rc.fa ...原创 2021-01-27 10:14:24 · 663 阅读 · 1 评论 -
传输fastq文件过程中注意事项
从本地上传fastq数据注意事项,在上传文件时有可能出现上传不完整可以使用MD5值来查看。 md5sum *.fa.gz | tee > md5.txt 会得到所有fastq文件的md5值 当上传文件后用这个值检验fastq文件是否上传完整 md5sum -c md5.txt 这样看到是否完整。 ...原创 2019-12-07 10:35:13 · 528 阅读 · 0 评论 -
rename 批量修改fastq
example: Bacterial_A1_1.fq Bacterial_A6_1.fq Bacterial_A1_2.fq Bacterial_A6_2.fq 现在想把上面文件改成 : A1_1.fq A6_1.fq A1_2.fq A6_2.fq rename Bacterial_A A Bacterial_A* rename **替换掉的** **用什么代替** **提换的文件** 这样...原创 2019-11-06 14:16:04 · 675 阅读 · 0 评论