宏基因组
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humann2 Can not call software version for metaphlan2.py
#运行humann2时报错Can not call software version for metaphlan2.pyhumann2 v2.8.1MetaPhlAn version 2.7.5我猜原因是humann2版本和metaphlan2不匹配所以更新metphlan2conda install -c bioconda metaphlan2=2.7完美解决!原创 2020-11-07 10:26:14 · 696 阅读 · 0 评论 -
生物信息中linux常用命令(一)
登录服务器常用的linux命令原创 2018-11-10 15:51:17 · 274 阅读 · 0 评论 -
docker安装Lefse和分析流程
linux通过docker 安装 lefse默认你已经安装好docker!下载lefse镜像文件docker run -it biobakery/lefse bash启动docker的lefse镜像,并且把主机文件夹挂载到镜像,这样可以在镜像中看到主机中的文件夹,下面是吧主机中的Data文件夹挂在到镜像(shared文件夹需要自己建),更改 Data权限 shared 权限也会改变...原创 2019-08-16 19:47:20 · 1984 阅读 · 3 评论 -
生物信息中linux常用的命令(二)文件解压与压缩
解压各种压缩文件tar解包和打包文件tar xvf fileName.tartar cvf filename.tar DIrnamegz解压和压缩文件tar.gz和tgz的解压和压缩gunzip filename.gz gzip filename tar zxvf filename.tar.gz #解压tar zcvf filename.tar.gz Dirname #...原创 2019-08-17 15:57:27 · 279 阅读 · 0 评论 -
宏基因组:MEGAHIT组装拼接及quast评估
Megahit组装软件很多下面介绍三款组装软件:MEGAHIT下载地址https://github.com/voutcn/megahitgit clone https://github.com/voutcn/megahit.gitcd megahitmake其他两款组装软件下载地址SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/so...原创 2019-09-26 16:00:50 · 2420 阅读 · 2 评论 -
hg19的下载与索引
hg19的下载nohup wget url=http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &hg19的解压tar -zvfx chromFa.tar.gz对解压后的.fa文件进行合并cat *.fa > hg19.fa对hg19文件进行索引...原创 2018-11-25 16:19:33 · 8100 阅读 · 3 评论