图像处理
zdlu
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
freesurfer 数据格式
GIfTI 数据格式it is the surface-file format complement to the NIfTI volume-file format .nii.mris_convertThe tool ‘mris_convert’ can be used to convert between native Freesurfer surface formats (like lh.pial) and gifti (lh.pial.gii) for exchange with oth原创 2020-07-23 21:50:07 · 2312 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振影像分析AFNI教程(3)
Processing block: regress预处理模块:回归这是单被试分析中的主要步骤-对我们的模型进行回归分析。我们的回归模型由几个简单的部分组成:1.多项式基线,用于说明扫描的平均值以及缓慢的基线漂移2.对兴趣刺激的反应3.运动参数,意在解决残余运动影响 ,3dvolreg无法完美纠正The proc.FT script: 3dDeconvolve -inpu...原创 2019-09-28 10:15:31 · 1499 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振影像分析AFNI教程(2)
符号#代表对shell程序的注释,# set list of runsset runs = (`count -digits 2 1 3`)这是第一个tcat模块,这是将输入数据复制到结果目录的最后一步。该3dTcat程序用于将EPI数据复制到结果目录,而从每次运行中删除第一个TR(根据afni_proc.py选项,-tcat_remove_first_trs)。 即使没有删除TR,也可以...原创 2019-09-26 16:51:44 · 1678 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振影像分析AFNI教程(1)
AFNI有丰富的学习资源,但是可能入门需要编程基础。理解每个语句的含义以及掌握一些基本的Linux系统语句就可以完成。首先,介绍一个学习网址,https://www.youtube.com/playlist?list=PLIQIswOrUH6-v5EWwFdMsTZttt4407KW9首先,需要下载基本的学习资料以及一些范例教程。介绍第一个fmri实验,Speech Perception...原创 2019-09-25 12:02:52 · 3793 阅读 · 2 评论 -
matlab 3D表面与体积绘制
3D Rendering 三维渲染Direct Volume Rendering 直接的体绘制通过改变基于像素强度的颜色、不透明度和阴影部分,可以生动地重建解剖结构。如图所示Surface Rendering 表面绘制组织界面上的像素可以通过一个特定的阈值来确定然后利用多个三角形构成的表面对选中的像素值进行覆盖,即利用Marching cubes algorithm算法进行表面绘...原创 2019-08-01 19:25:10 · 3027 阅读 · 3 评论 -
matlab将灰度图像伪彩色图像处理(自己编写的color function)
1.首先利用matlab读取彩色图像,imread2.利用rgb2gray将彩色图像转化为灰度图像3.利用color函数对不同的灰度值进行着色clc;clearzd=imread('zd2.jpg');zd=double(rgb2gray(zd));figure;subplot(1,2,1)imshow(zd,[])B=color(zd);subplot(1,2,2)imsh...原创 2019-07-31 20:41:33 · 5029 阅读 · 0 评论 -
MRI血管造影技术之最大密度投影法(maximum intensity projection)重建
首先,利用核磁共振仪器得到3D TOF MRA序列的图像,利用不同切片的二维数据进行血管的三维重建对临床医生的诊断疾病具有重要重要意义。现在简要介绍一下MIP(maximum intensity projection)的原理。如上图所示,136张血管的切片影像,假设以slice方向从后到前射出一条光线并投影到一个二维平面,光线所经过的像素值的最大值即为该二维平面上的图像的像素值。右图即为sli...原创 2019-01-12 10:57:04 · 18345 阅读 · 5 评论 -
利用matlab的SPM12进行功能核磁共振成像数据处理_Auditory fMRI data(四)
懒癌患者可以直接利用SPM12 batch script的代码对数据处理进行操作,连数据都不需要下载,直接打开matlab,运行以下代码即可。data_path = fileparts(mfilename('fullpath'));if isempty(data_path), data_path = pwd; endfprintf('%-40s:', 'Downloading Auditor...原创 2018-11-07 16:29:48 · 4266 阅读 · 0 评论 -
利用matlab的SPM12功能核磁共振成像数据处理_Auditory fMRI data(三)
**3 Model specification, review and estimation模型估计**Press the “Specify 1st-level” button,然后按以下步骤操作即可。SPM will then write an SPM.mat file to the DIR/classical directory,SPM还可以绘制出实验设计矩阵。...原创 2018-11-07 10:54:59 · 4943 阅读 · 3 评论 -
利用matlab的SPM12功能核磁共振成像数据处理_Auditory fMRI data(二)
2.3 Segmentation图像分割第一步:Highlight the “Volumes” field and then select the subject’s registered anatomical image eg.sM00223_002.img.第二步:Highlight “Save Bias Corrected” and select “Save Bias Correcte...原创 2018-11-06 21:54:01 · 6335 阅读 · 0 评论 -
利用matlab的SPM12进行功能核磁共振成像数据处理_Auditory fMRI data(一)
大脑成像的每次采样包括64个连续的切片。大脑的三维图像大小为646464,每个像素的大小为333立方毫米。TR时间设置为7s。(TR是指第一個RF到下一個相同RF出現時,中間間隔的時間。RF,射频脉冲)。a single project 进行了96次mri数据收集,总共6个block,每个block进行16次acquisitions。一开始的设定为休息,然后给予受试者听觉刺激,然后再休息,再刺激。...原创 2018-11-06 20:40:02 · 16173 阅读 · 5 评论 -
matlab如何批量读取文件
此方法无需重命名文件,只需要把文件放在同一文件夹了即可。其方法是利用dir把目录下的的文件名保存的一个数组中,然后挨个调用就可以了。clc;clearaddpath('shuju')n=166;I=cell(1,n);file_path ='F:\zdmatlab\data\data1\Subj01\SAG_T1_FSPGR_BRAVO_3\shuju';% 图像文件夹路径 img_...原创 2018-11-03 22:28:50 · 4066 阅读 · 1 评论 -
matlab如何读取.dicom文件
functional mri data analysis 功能核磁数据分析 (一)从核磁共振成像等医疗仪器采集到的数据类型大多是DICOM形式(Digital Imaging and Communication in Medicine),matlab有自带的函数读取.dicom文件的信息。dicom文件的信息,不仅仅包括被试者的图像信息,还有采集的mri机器的有关信息,如核磁共振的场强等。还包括...原创 2018-11-01 22:20:29 · 7307 阅读 · 1 评论 -
泊松噪声去除算法的数学模型
泊松噪声既不是加性噪声,也不是乘性噪声,而是一种信号依赖噪声。对于一张图像而言,每个像素点的值都满足泊松分布,且每个像素点的泊松分布的均值是无噪图像在该像素点对应的值。所以一个完美的泊松噪声去除算法应该是对泊松噪声图像每个像素点的值的一个估计,且该估计应该尽可能的接近无噪图像。 所以评价一幅图像中的泊松噪声的强弱可以用去噪图像的像素值和无噪图像的像素值的偏差来衡量。 ...原创 2018-06-19 09:50:31 · 11957 阅读 · 9 评论 -
计算两张图片的信噪比时,结果偏低甚至出现负值怎么办?
峰值信噪比(Peak Signal Noise Ratio,PSNR)的定义为图像所允许最大像素值平方与均方误差比率的对数值的10倍。对于常见的8bit灰度图像,其最大的像素值为255,其峰值信噪比的计算公式为 但是当一张图片的像素值的范围为0~255,比如去噪图片的原图lena.而去噪后图片的像素值范围为9到11。这个时候,尽管图像的去噪效果明显,计算出来的psnr值却是负值。 ...原创 2018-05-01 20:08:46 · 23009 阅读 · 3 评论 -
matlab中数组的个数的限制是多少
mathworks公司说过: it depends on the memory of your computer,including virtul mem provided by your operating system. 不过实际上还是有限制的 你用下面这个函数看看你的版本matlab能用多大的数组.下面的输出是我的电脑: [str,maxsize] = comput...原创 2018-04-14 16:58:16 · 9001 阅读 · 1 评论 -
泊松噪声图像的matlab代码
第一种方法为某张图片添加泊松噪声,调用matlab中的imoise函数.但是利用imnoise添加的泊松噪声,其泊松噪声的均值默认为0;如图所示为添加噪声的直方图。并且此时默认泊松噪声为一种加性噪声。实际上光电子噪声中的泊松噪声是由于光电子计数不足而引起的。其最本质的表现是单个像素的光子个数值很少,从而造成了图片的噪声现象。 J = imnoise(I,'poisson'),I为uin...原创 2018-04-01 16:35:21 · 17405 阅读 · 7 评论