FMRI
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zdlu
这个作者很懒,什么都没留下…
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mris_convert用法 surface文件格式的转换
convert MRI-surface data formats该语句用于surface格式的转换。-c 输入是一个scalar curv overlay文件,比如lh.curvlh.curv是皮层的曲率文件,在inflated surface 格式下可以看到沟(sulci)和回。workbench 需要识别func.gii格式的文件。所以需要用到mris_convert去转换文件格式。mris_convert -c lh.curv lh.inflated lh.curv.func.gii原创 2021-08-03 19:30:56 · 1682 阅读 · 0 评论 -
afni如何将3dMEMA组分析的结果做多重比较校正-Cluster correction(3dClustSim)
afni在组水平进行混合效应建模分析,3dMEMA一般适用于个体水平3dREMLfit的结果进行组分析。但是无法像3dttest一样在组分析的同时进行Cluster correction。1 将个体水平的残差文件进行组平均。2 AFNI的聚类校正方法要求用户估计数据的平滑度,然后使用这些平滑度估计来确定显著聚类的阈值。要做到这一点,您首先需要在被试的errts文件上运行3dFWHMx,该文件包含所有未建模的残差—噪声。3dFWHMx -mask mask_group+tlrc -input errt原创 2021-06-06 18:44:52 · 780 阅读 · 0 评论 -
多体素模式识别工具箱(TDT toolbox )如何并行计算?
问题描述在32核的服务器上运行The decoding toolbox (TDT)。利用searchlight的方法分析,searchlight的数目是140434个。解码代码如下:cfg = decoding_describe_data(cfg,{labelname1 labelname2 labelname3 labelname4},[-1.5 -0.5 0.5 1.5],regressor_names,beta_loc);cfg.decoding.method = ‘regression’;原创 2021-05-14 11:53:39 · 428 阅读 · 1 评论 -
脑功能影像分析之多体素模式识别(MVPA)(一)
来源于网站 carney institute for brain science脑功能影像分析之多体素模式识别一 数据集介绍数据集下载此文件夹包含以下内容:raw data for the 8 runs (run#.nii)pre-processed data for the 8 runs (run#.preproc.nii)stimulus timing files (stimuli.block.onsets.1D)ROI mask (final.mask.nii)training da原创 2021-03-20 10:50:19 · 1799 阅读 · 0 评论 -
如何在 surface file画ROI(tksurfer)
GIfTIit is the surface-file format complement to the NIfTI volume-file format.In Freesurfer, the GUI utilities freeview and tksurfer can open and display .gii files directly.mris_convertThe tool ‘mris_convert’ can be used to convert between native Free原创 2020-11-06 15:10:05 · 956 阅读 · 0 评论 -
Dpabi数据分析的结构
如果是DICOM原始文件如果是NIFTI文件如果一个被试的一个session存在多个run原创 2020-08-02 21:12:50 · 2679 阅读 · 2 评论 -
fMRI Tutorial:FSL处理功能核磁共振数据
第一步:下载数据任务:the Flanker task数据来源:Openneuro第二步:描述the Flanker task认知心理学的经典实验,作用为评估忽略干扰刺激的认知能力。被试的任务:用按键指出图片中最中间的箭头的方向。图片分为两类:一类是中间箭头方向与左右不一致(Incongruent);一类是中间箭头方向与左右两边一致(Congruent)。如果想自己体验这个认知实验...原创 2020-04-08 10:14:17 · 2355 阅读 · 4 评论 -
fmri分析教程:组分析Group Analysis
Overview 我们分析神经影像数据集的目的是将个体水平的结果推广到抽样的总体。换句话说,如果我们在样本中看到大脑活动的变化,我们能说在人群中也可能看到这些变化吗? 为了测试这一点,我们将运行一个组级分析(也称为a second-level analysis)。在AFNI中,这意味着我们计算标准误差和对比估计的平均值,然后测试平均值的估计是否具有统计意义。我们将以两种方式进行组分析:...原创 2020-02-29 12:07:45 · 3151 阅读 · 0 评论 -
AFNI program:3dREMLfit
首先运行3dDeconvolve生成input matrix (.xmat.1D) file;3dDeconvolve also prints out a cognate command line for running3dREMLfit, which should get you going with relative ease原创 2019-12-28 17:05:52 · 331 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振成像资料分享汇总
一本书Functional Magnetic Resonance ImagingAuthor(s): Scott A. Huettel; Allen W. Song; Gregory McCarthyPublisher: Sinauer, Year: 2014ISBN: 0878936270,9780878936274并且该书有一个配套的网址:Functional Magnetic R...原创 2019-12-27 19:45:52 · 1281 阅读 · 0 评论 -
afni界面没有Plugin,导致无法画ROI
如何在afni界面添加Plugin首先;明确的你的shell编程环境,运行以下命令echo $SHELL如果得到的反馈是 /bin/csh or /bin/tcsh;然后执行以下命令setenv AFNI_PLUGINPATH=/home/neurohyper/abin如果得到的反馈是/bin/bash;然后执行以下命令export AFNI_PLUGINPATH=/home/ne...原创 2019-12-14 19:29:04 · 203 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu安装软件,E: Unable to correct problems, you have held broken packages
首先键盘输入Alt+F2输入software-properties-gtk并且回车;sudo apt-get updatesudo apt-get install r-base-dev原创 2019-11-22 14:50:10 · 358 阅读 · 0 评论 -
设置afni环境变量—打开afni加载默认的大脑模板
打开afni的默认安装目录~/abin,里面有个对afni环境变量描述的文件README.environment。根据该文件对环境变量的功能描述,可以设置各种环境变量使得afni的操作简洁。举个例子;Variable: AFNI_GLOBAL_SESSION-----------------------------This variable, if it exists, is the na...原创 2019-11-10 16:14:18 · 509 阅读 · 0 评论 -
AFNI program: 3dDeconvolve
Output consists of an AFNI ‘bucket’ type dataset containing[-stim_times k tname Rmodel]Generate the k-th response model from a set of stimulus times given in file ‘tname’从tname文件中产生第k个响应模型`'BLO...原创 2019-11-08 15:26:27 · 484 阅读 · 0 评论 -
味觉感知的生物学知识
味觉信息一旦从舌和喉的味觉感受器细胞流出,就沿着三条颅神经XII(鼓索)、IX(舌咽神经)和X(舌神经)流向孤束核(NST)在啮齿动物中,信息在分裂为情感性(下丘脑、中央灰质、腹侧纹状体)和感觉性(丘脑)流之前,会流向臂旁核.In contrast, in primates, as well as humans, information flows from the NST to the ven...原创 2019-11-08 09:50:00 · 452 阅读 · 0 评论 -
脑功能影像分析工具包afni指令-3dcalc-做体素之间的计算
3dcalc - AFNI’s calculator program用法1:3dcalc -a dsetA [-b dsetB…] \-expr EXPRESSION \[options]例子:计算三个afni文件的对应像素的均值, 3dcalc -a fred+tlrc -b ethel+tlrc -c lucy+tlrc \ -expr '(a...原创 2019-11-05 19:49:48 · 1135 阅读 · 0 评论 -
多元线性回归分析示例
GLM模型应用于脑功能影像分析时,在某个因素影响下,由beta图,经过t检验得到脑区显著激活的区域。应用于其他地方也可加深我们对于模型的理解。clc,clear;X=[ 136.5 215 136.5 250 136.5 180 138.5 250 ...原创 2019-11-04 21:37:08 · 5439 阅读 · 2 评论 -
afni GLM模型分析激活的脑区 (FMRI Data Analysis at Individual Level)
对于fmri实验的简单描述:实验设计:Rapid event-related一共有4种类型的实验刺激实验数据的参数:数据分析的第一部分为个体水平的分析:首先对数据进行预处理然后3dDeconvolve实验数据下载为 AFNI_data2.tgz,网址为Afni_data2...原创 2019-10-27 21:53:40 · 1797 阅读 · 0 评论 -
matlab如何批量读取文件
此方法无需重命名文件,只需要把文件放在同一文件夹了即可。其方法是利用dir把目录下的的文件名保存的一个数组中,然后挨个调用就可以了。clc;clearaddpath('shuju')n=166;I=cell(1,n);file_path ='F:\zdmatlab\data\data1\Subj01\SAG_T1_FSPGR_BRAVO_3\shuju';% 图像文件夹路径 img_...原创 2018-11-03 22:28:50 · 4028 阅读 · 1 评论 -
利用matlab的SPM12进行功能核磁共振成像数据处理_Auditory fMRI data(一)
大脑成像的每次采样包括64个连续的切片。大脑的三维图像大小为646464,每个像素的大小为333立方毫米。TR时间设置为7s。(TR是指第一個RF到下一個相同RF出現時,中間間隔的時間。RF,射频脉冲)。a single project 进行了96次mri数据收集,总共6个block,每个block进行16次acquisitions。一开始的设定为休息,然后给予受试者听觉刺激,然后再休息,再刺激。...原创 2018-11-06 20:40:02 · 15904 阅读 · 6 评论 -
利用matlab的SPM12功能核磁共振成像数据处理_Auditory fMRI data(二)
2.3 Segmentation图像分割第一步:Highlight the “Volumes” field and then select the subject’s registered anatomical image eg.sM00223_002.img.第二步:Highlight “Save Bias Corrected” and select “Save Bias Correcte...原创 2018-11-06 21:54:01 · 6187 阅读 · 0 评论 -
利用matlab的SPM12功能核磁共振成像数据处理_Auditory fMRI data(三)
**3 Model specification, review and estimation模型估计**Press the “Specify 1st-level” button,然后按以下步骤操作即可。SPM will then write an SPM.mat file to the DIR/classical directory,SPM还可以绘制出实验设计矩阵。...原创 2018-11-07 10:54:59 · 4818 阅读 · 3 评论 -
利用matlab的SPM12进行功能核磁共振成像数据处理_Auditory fMRI data(四)
懒癌患者可以直接利用SPM12 batch script的代码对数据处理进行操作,连数据都不需要下载,直接打开matlab,运行以下代码即可。data_path = fileparts(mfilename('fullpath'));if isempty(data_path), data_path = pwd; endfprintf('%-40s:', 'Downloading Auditor...原创 2018-11-07 16:29:48 · 4209 阅读 · 0 评论 -
MRI血管造影技术之最大密度投影法(maximum intensity projection)重建
首先,利用核磁共振仪器得到3D TOF MRA序列的图像,利用不同切片的二维数据进行血管的三维重建对临床医生的诊断疾病具有重要重要意义。现在简要介绍一下MIP(maximum intensity projection)的原理。如上图所示,136张血管的切片影像,假设以slice方向从后到前射出一条光线并投影到一个二维平面,光线所经过的像素值的最大值即为该二维平面上的图像的像素值。右图即为sli...原创 2019-01-12 10:57:04 · 17847 阅读 · 5 评论 -
如何理解fMRI BOLD信号的神经起源?
Functional magnetic resonance imaging (fMRI) is becoming a popular non-invasive tool for imaging functionally active brain regions in health and in disease.功能磁共振成像最常见的方法是血氧水平相关(BOLD)成像,自发现以来一直主导着这一领域。...原创 2019-06-28 16:41:30 · 10804 阅读 · 0 评论 -
使用fsl处理dti数据(ubuntu16.04)
得到“FA”的文件,和三个正交矢量(V1,V2,V3)。步骤如下:从Unix命令行,将目录更改为包含DTI数据的文件夹(例如’cd~ / tutorial’)从命令行键入“FSL&”启动FSL。按下FSL主菜单中的“FDT Diffusion”按钮,显示扩散处理窗口。在顶部,选择EDDY CURRENT CORRECTION。按文件夹图标选择图像(例如DTI30s010.nii.gz)...原创 2019-07-05 19:38:19 · 2790 阅读 · 1 评论 -
一般线性模型之功能磁共振成像(the general linear model applied to fmri)
功能磁共振影像数据统计分析的目标主要包括:localizing brain areas activated by the taskdetermining networks corresponding to brain functionmaking predictions about psychological or disease statesThe general linear mo...原创 2019-09-12 15:22:42 · 2339 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振影像分析AFNI教程(1)
AFNI有丰富的学习资源,但是可能入门需要编程基础。理解每个语句的含义以及掌握一些基本的Linux系统语句就可以完成。首先,介绍一个学习网址,https://www.youtube.com/playlist?list=PLIQIswOrUH6-v5EWwFdMsTZttt4407KW9首先,需要下载基本的学习资料以及一些范例教程。介绍第一个fmri实验,Speech Perception...原创 2019-09-25 12:02:52 · 3672 阅读 · 2 评论 -
功能核磁共振影像分析AFNI教程(2)
符号#代表对shell程序的注释,# set list of runsset runs = (`count -digits 2 1 3`)这是第一个tcat模块,这是将输入数据复制到结果目录的最后一步。该3dTcat程序用于将EPI数据复制到结果目录,而从每次运行中删除第一个TR(根据afni_proc.py选项,-tcat_remove_first_trs)。 即使没有删除TR,也可以...原创 2019-09-26 16:51:44 · 1607 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振影像分析AFNI教程(3)
Processing block: regress预处理模块:回归这是单被试分析中的主要步骤-对我们的模型进行回归分析。我们的回归模型由几个简单的部分组成:1.多项式基线,用于说明扫描的平均值以及缓慢的基线漂移2.对兴趣刺激的反应3.运动参数,意在解决残余运动影响 ,3dvolreg无法完美纠正The proc.FT script: 3dDeconvolve -inpu...原创 2019-09-28 10:15:31 · 1426 阅读 · 0 评论 -
matlab如何读取.dicom文件
functional mri data analysis 功能核磁数据分析 (一)从核磁共振成像等医疗仪器采集到的数据类型大多是DICOM形式(Digital Imaging and Communication in Medicine),matlab有自带的函数读取.dicom文件的信息。dicom文件的信息,不仅仅包括被试者的图像信息,还有采集的mri机器的有关信息,如核磁共振的场强等。还包括...原创 2018-11-01 22:20:29 · 7267 阅读 · 1 评论